Soru

Zorluk: ZorBakteri Genetiği

Klinik bir örnekten izole edilen çoklu antibiyotik dirençli bir bakteri suşunun, farklı direnç paternlerine sahip iki ayrı R-plazmidi taşıdığı saptanmıştır. Ancak laboratuvar ortamında yapılan pasajlar sırasında, bu plazmidlerden birinin kararlı bir şekilde korunurken diğerinin seçici bir baskı olmaksızın hücreden dışlandığı ve 'uyumsuzluk' (incompatibilityincompatibility) gösterdiği fark edilmiştir. İki plazmidin aynı bakteri hücresi içerisinde stabil olarak barınamamasına (IncInc grubu çakışması) yol açan temel moleküler süreç aşağıdakilerden hangisidir?

  1. Replikasyon kopya sayısını denetleyen negatif regülatörlerin veya DNA bölüştürülme (partitioningpartitioning) sistemlerinin ortak olmasıCevap
  2. B
    Plazmidlerin yüzey dışlama (surfacesurface exclusionexclusion) proteinleri sentezleyerek birbirinin hücreye girişini engellemesi
  3. C
    Plazmidlerden birinin sentezlediği restriksiyon endonükleazların diğer plazmidin oriVoriV bölgesini spesifik olarak tanıması
  4. D
    Plazmidlerin konjugatif aktarımından sorumlu olan tratra genlerinin ekspresyonu için aynı sitoplazmik transkripsiyon faktörlerine ihtiyaç duyması
  5. E
    Her iki plazmidin de replikasyon başlatabilmek için konak hücrenin kromozomal oriCoriC bölgesine entegre olma zorunluluğu

Cevap

Plazmid uyumsuzluğunun temel nedeni, replikasyon kopya sayısını denetleyen negatif regülatörlerin (örneğin antisense RNA veya Rep proteinleri) veya DNA bölüştürülme (partitioning) sistemlerinin ortak olmasıdır.
Doğru yanıt olan seçenek, plazmidlerin replikasyon kontrol mekanizmalarının veya bölüştürülme sistemlerinin aynı olmasının uyumsuzluğa yol açtığını belirtmektedir. Aynı 'Uyumsuzluk' (IncInc) grubuna dahil plazmidler, kopya sayılarını kontrol etmek için aynı negatif regülatörleri (örneğin RNARNA II veya RepRep proteinleri) kullanırlar. Hücre içindeki bu regülatörlerin toplam konsantrasyonu, her iki plazmidin toplam sayısını denetler; bu durum, plazmidlerden birinin replikasyonunun rastgele baskılanmasına ve zamanla popülasyondan kaybolmasına neden olur.

Adım Adım Çözüm

1
Plazmid uyumsuzluğu (Incompatibility - Inc) kavramını tanımlayın.
Aynı Inc grubundaki iki plazmid aynı hücrede stabil olarak kalamaz.
Plazmidler, replikasyonlarını kontrol etmek için negatif feedback mekanizmaları kullanırlar.
2
Replikasyon kontrol elemanlarını inceleyin.
Hücredeki negatif regülatörler (antisense RNA gibi) iki plazmidin toplam kopya sayısını tek bir plazmidmiş gibi algılar.
Regülatörler özdeş olduğu için sistem hangi plazmidin replike olduğunu ayırt edemez.
3
Bölüştürülme (Partitioning) sisteminin etkisini değerlendirin.
Hücre bölünürken Par proteinleri iki plazmidi rastgele dağıtır, bu da bir süre sonra yavruların birinde sadece tek tip plazmid kalmasına neden olur.
Aynı bölüştürülme aparatını kullanan plazmidler birbiriyle rekabete girer.

Anahtar Kavram

Plazmid Uyumsuzluğu (Incompatibility - Inc)
Tahmini Süre:2m 0s
Bu soruyu puanla