Examkin

Retrovirüsler

49 soru

Soru 41Soru →

HTLV−1HTLV-1 (Human T−cell Lymphotropic Virus type 1Human \ T-cell \ Lymphotropic \ Virus \ type \ 1) genomunun moleküler organizasyonu ve patogenezi üzerine yapılan çalışmalarda, proviral DNADNA’nın 'antisense' (negatif) zincirinden sentezlendiği ve 3′3' LTRLTR bölgesindeki promotoru kullandığı saptanan; hem TaxTax proteininin onkojenik aktivitelerini modüle eden hem de konak hücrenin bağışıklık yanıtından kaçışını destekleyerek Adult T-hücreli lösemi (ATLATL) gelişiminde süreklilik gösteren viral faktör aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: HBZ (HTLV−1 basic leucine zipper factorHTLV-1 \ basic \ leucine \ zipper \ factor)

Cevap

HBZ (HTLV−1 basic leucine zipper factorHTLV-1 \ basic \ leucine \ zipper \ factor)
Doğru yanıt olan protein, HTLV-1 genomunun 3' ucundan antisense yönde transkribe edilen ve Adult T-hücreli lösemi (ATL) hücrelerinde sürekli eksprese edilen tek proteindir. Bu protein, Tax'ın neden olduğu aşırı transaktivasyonu baskılayarak virüsün konak bağışıklık sisteminden gizlenmesine yardımcı olurken, aynı zamanda hücre döngüsünü uyararak lösemogeneze katkıda bulunur.

Adım Adım Çözüm

1
HTLV-1 genomunun transkripsiyonel yönlerini analiz et.
HTLV-1'de yapısal (Gag, Pol, Env) ve regülatör (Tax, Rex) genler proviral DNA'nın 'sense' (pozitif) ipliğinden kodlanırken, HBZ geni antisense iplikten kodlanır.
Antisense iplikten sentezlenme özelliği HBZ'yi diğer tüm retroviral proteinlerden ayırır.
2
HBZ proteininin fonksiyonel özelliklerini ve onkogenezdeki yerini değerlendir.
HBZ, Tax proteininin LTR üzerindeki transaktivasyonunu antagonize eder ancak aynı zamanda konak hücre proliferasyonunu uyarır.
Tax proteini immünojenik olduğu için lösemik evrede genellikle susturulur, ancak antisense kökenli HBZ ekspresyonu devam ederek hücrenin hayatta kalmasını sağlar.
3
Diğer seçeneklerdeki proteinlerin kökenini ve virüs spesifikliğini karşılaştır.
Rex ve Tax HTLV-1 kökenli olsa da 'sense' zincirden kodlanır; Vpr ve Nef ise HIV grubuna (Lentivirüsler) özgüdür.
Retrovirüs alt aileleri (Deltaretrovirüs vs. Lentivirüs) arasındaki aksesuar protein farklarını ayırt etmek tanısal ve patogenetik açıdan önemlidir.

Anahtar Kavram

HTLV-1 Antisense Transkripsiyonu ve HBZ Proteini

Daha Fazla Pratik

HTLV-1 ve HIV arasındaki aksesuar protein farklarını (Tax/Rex vs Tat/Rev) bir tablo halinde incelemek bu tip zor soruları çözmeyi kolaylaştırır.
Tahmini Süre:2m 0s
Soru 42Soru →

HIV−1HIV-1 replikasyon döngüsünde, erken dönemde sentezlenen regülatör proteinlerden biri olan; yapısal proteinleri kodlayan tam boy (split edilmemiş) veya kısmen split edilmiş viral mRNAmRNA’ların çekirdekten sitoplazmaya aktif transportunu koordine eden protein aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Rev

Cevap

Rev proteini, viral mRNA'ların nükleer eksportunu yöneten temel regülatördür.
Rev proteini, HIV−1HIV-1 replikasyonunun geç döneminde ihtiyaç duyulan büyük (split edilmemiş veya tek split edilmiş) mRNAmRNA moleküllerinin çekirdekten sitoplazmaya taşınmasından sorumludur. Bunu, viral RNARNA üzerindeki RRERRE dizisine bağlanıp konak hücrenin eksportin sistemini kullanarak gerçekleştirir.

Adım Adım Çözüm

1
Viral mRNA tiplerini tanımla.
HIV−1HIV-1 transkripsiyonu sonucu üç tip mRNAmRNA oluşur: Çoklu split edilmiş (küçük), tek split edilmiş ve split edilmemiş (büyük).
Küçük mRNAsmRNAs (Rev, Tat, Nef kodlayanlar) çekirdekten kendiliğinden çıkabilirken, büyükler nükleer retansiyon sinyalleri nedeniyle çekirdekte tutulur.
2
Rev proteininin fonksiyonunu belirle.
Rev, sitoplazmada sentezlendikten sonra tekrar çekirdeğe girer ve viral RNARNA üzerindeki RRERRE (*Rev Response Element*) bölgesine bağlanır.
Bu bağlanma, konak hücrenin CRM1CRM1 (Exportin-1) nükleer eksport yolunun kullanılmasını sağlar.
3
Sonucu değerlendir.
Gag, Pol ve Env gibi yapısal proteinleri kodlayan büyük mRNAmRNA’lar sitoplazmaya taşınır ve yeni virionların oluşumu başlar.
Rev eksikliğinde bu büyük mRNAmRNA’lar çekirdekte parçalanır veya daha fazla split edilir, bu da replikasyonun durmasına neden olur.

Anahtar Kavram

HIV-1 Rev proteininin RRE dizisine bağlanarak mRNA nükleer eksportunu sağlaması.
Soru 43Soru →

İnsan immün yetmezlik virüsü tip 1 (HIV−1HIV-1) replikasyon döngüsü sırasında, konak hücrenin doğal savunma mekanizmalarından biri olan APOBEC3GAPOBEC3G (sitidin deaminaz) enzimini ubikuitin-proteazom yoluyla yıkarak viral genomun hipermutasyona uğramasını engelleyen aksesuar protein aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: VifVif

Cevap

VifVif proteini, konak hücredeki APOBEC3GAPOBEC3G enzimini etkisiz hale getirerek virüsün enfektivitesini koruyan temel aksesuar proteindir.
VifVif (viral infectivity factor) proteini, konak hücrenin doğal immün yanıtının bir parçası olan APOBEC3GAPOBEC3G enzimini hedef alır. VifVif, bir E3E3 ubikuitin ligaz kompleksi oluşturarak APOBEC3GAPOBEC3G'nin polyubikuitinlenmesini ve ardından 26S26S proteazomda yıkılmasını sağlar. Bu işlem gerçekleşmezse, APOBEC3GAPOBEC3G yeni virionların içine paketlenir ve bir sonraki enfeksiyonda viral eksi iplik DNADNA'sındaki sitozinleri urasile dönüştürerek (C→UC \rightarrow U) viral genomda ölümcül hipermutasyonlara yol açar.

Adım Adım Çözüm

1
Konak hücre kısıtlayıcı faktörü olan APOBEC3GAPOBEC3G'nin fonksiyonu belirlenir.
APOBEC3GAPOBEC3G, bir sitidin deaminazdır ve viral revers transkripsiyon sırasında nükleotid değişimlerine (hipermutasyon) neden olur.
Soruda belirtilen etki mekanizmasının hangi enzimle ilişkili olduğunu anlamak için.
2
HIV−1HIV-1'in bu savunmaya karşı kullandığı spesifik protein hatırlanır.
VifVif (viral infectivity factor) proteininin APOBEC3GAPOBEC3G'yi ubikuitinleyerek proteazoma gönderdiği saptanır.
Viral protein ve konak faktörü arasındaki spesifik etkileşimi eşleştirmek için.
3
Diğer seçeneklerdeki aksesuar proteinlerin görevleri elenir.
Vpu,Vpr,NefVpu, Vpr, Nef ve TatTat proteinlerinin farklı hücresel ve viral hedefleri olduğu doğrulanır.
Benzer isimli proteinler arasındaki fonksiyonel farkları ayırt etmek için.

Anahtar Kavram

VifVif proteininin host kısıtlayıcı faktör APOBEC3GAPOBEC3G üzerindeki antagonistik etkisi.

Daha Fazla Pratik

HIV-1 ve HIV-2 arasındaki aksesuar protein farklarını (Vpu vs Vpx) inceleyiniz.
Tahmini Süre:1m 30s
Soru 44Soru →

HIV-1 enfeksiyonu sırasında, konak hücrede bulunan ve viral DNA sentezi sırasında sitozin deaminasyonu yaparak genomda hipermutasyonlara neden olan APOBEC3G (apolipoprotein B mRNA-editing enzyme, catalytic polypeptide-like 3G) proteinini proteozomal yıkıma yönlendirerek etkisiz hale getiren viral aksesuar protein aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Vif

Cevap

Vif proteini, konak hücrenin doğal savunma proteini olan APOBEC3G'yi inhibe ederek viral genomun bütünlüğünü korur.
Doğru seçenek olan protein (Vif), konak hücrede bulunan APOBEC3G enzimine bağlanır ve onu bir E3 übikuitin ligaz kompleksine hedefleyerek proteozomda parçalanmasını sağlar. Bu sayede viral genomun hipermutasyona uğraması engellenmiş olur.

Adım Adım Çözüm

1
HIV-1 aksesuar proteinlerinin (Vif, Vpu, Vpr, Nef) işlevlerini hatırlayın.
Aksesuar proteinler, virüsün konak bağışıklık yanıtından kaçmasına ve replikasyon verimliliğini artırmasına yardımcı olur.
TUS mikrobiyoloji sorularında aksesuar genlerin fonksiyonları sıkça sorgulanır.
2
Konak hücrenin APOBEC3G proteininin etkisini belirleyin.
APOBEC3G, sitozin deaminaz aktivitesi ile viral DNA'da C → U değişimlerine (hipermutasyon) neden olarak virüsü inaktive eder.
Virüsün bu savunmayı aşmak için spesifik bir proteini (Vif) bulunmaktadır.
3
Vif proteininin etki mekanizmasını eşleştirin.
Vif, APOBEC3G'ye bağlanarak onu proteozomal yıkıma uğratır.
Vif eksikliğinde virionlar APOBEC3G içerir ve bir sonraki konak hücrede replikasyon yapamazlar.

Anahtar Kavram

HIV-1 Vif proteini ve APOBEC3G etkileşimi
Tahmini Süre:50s
Soru 45Soru →

HIV−1HIV-1 replikasyon döngüsünde, proviral DNADNA’dan transkripsiyonu başlatıldıktan sonra sentezlenen viral mRNAmRNA’ların 5′5' ucunda yer alan TAR (*trans-activation response*) bölgesine bağlanarak, RNARNA polimerazın transkripsiyonel elongasyon (uzama) yeteneğini yaklaşık bin kat artıran regülatör protein aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Tat

Cevap

Tat proteini, HIV-1 replikasyonunda transkripsiyonel elongasyonu artıran temel regülatör proteindir.
Tat proteini (*trans-activator of transcription*), HIV−1HIV-1 proviral DNADNA’sından sentezlenen mRNAmRNA’ların 5′5' ucundaki TAR bölgesine bağlanır. Bu bağlanma, konak hücre proteinleri olan CDK9CDK9 ve SiklinT1Siklin T1’den oluşan P−TEFbP-TEFb kompleksini aktive eder. Aktive olan kompleks, RNARNA polimeraz IIII’yi fosforilleyerek transkripsiyonun kesintiye uğramadan devam etmesini (uzamasını) sağlar. Bu mekanizma viral gen ekspresyonunu devasa oranda artırır.

Adım Adım Çözüm

1
Viral regülatör proteinlerin görevlerini tanımla.
Tat, Rev ve Nef gibi proteinlerin replikasyon döngüsünün hangi aşamasında (transkripsiyon, taşıma, kaçış) görev aldığı belirlendi.
Soruda spesifik olarak transkripsiyonun uzama (elongasyon) aşamasına odaklanılmıştır.
2
TAR bölgesi ve Tat etkileşimini analiz et.
Tat proteininin mRNA'nın 5' ucundaki TAR halkasına bağlandığı ve transkripsiyon verimliliğini 1000 kat artırdığı teyit edildi.
Tat, transkripsiyonu başlatan değil, başlamış olan transkripsiyonun yarım kalmasını engelleyip verimini artıran bir faktördür.

Anahtar Kavram

HIV-1 Tat proteini, TAR (trans-activation response) dizisine bağlanarak transkripsiyonel elongasyonu stimüle eder.
Tahmini Süre:1m 15s
Soru 46Soru →

HIV−1HIV-1 replikasyon döngüsünde, virüsün konak hücre yüzeyindeki reseptör ve koreseptörlere bağlanmasını takiben, viral zarf ile konak hücre membranının füzyonundan (kaynaşmasından) doğrudan sorumlu olan viral protein aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: gp41gp41

Cevap

Membran füzyonunu gerçekleştiren protein gp41gp41'dir.
Doğru yanıt olan protein, HIV−1HIV-1 zarfının transmembran kısmını oluşturan ve konak hücre zarıyla kaynaşmayı sağlayan füzyon peptidini içeren gp41gp41'dir.

Adım Adım Çözüm

1
Bağlanma ve füzyon aşamalarını ayırt edin.
gp120gp120 bağlanmayı, gp41gp41 ise füzyonu gerçekleştirir.
Retrovirüslerde zarf proteinleri öncül bir molekülden (gp160gp160) sentezlenir ve farklı işlevler için özelleşmiş iki parçaya ayrılır.
2
Proteinlerin yapısal konumlarını belirleyin.
gp120gp120 yüzeyde (surface), gp41gp41 ise transmembran konumdadır.
gp41gp41 yapısındaki füzyon peptidi, konak hücre zarına saplanarak viral zarfın hücre zarıyla birleşmesini sağlar.

Anahtar Kavram

HIV−1HIV-1 zarf glikoproteinlerinden gp41gp41, transmembran parçadır ve membran füzyonundan sorumludur.
Soru 47Soru →

HIV−1HIV-1 replikasyon döngüsünün sonunda, yeni sentezlenen virionun konak hücreden tomurcuklanarak ayrılmasından sonra gerçekleşen olgunlaşma (matürasyon) sürecinde; büyük prekürsör poliproteinleri (GagGag ve Gag−PolGag-Pol) spesifik bölgelerinden keserek virüsün enfektif hale gelmesini sağlayan enzim aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Proteaz

Cevap

Retrovirüslerde tomurcuklanma sonrası olgunlaşma sürecinden sorumlu olan enzim proteazdır.
Proteaz enzimi, HIVHIV partikülü konak hücreden ayrıldıktan sonra aktifleşerek büyük poliprotein zincirlerini parçalar. Bu işlem sonucunda virüsün karakteristik konik kapsidi oluşur ve virüs başka hücreleri enfekte edebilecek 'olgun' forma kavuşur. Proteaz inhibitörü ilaçlar bu basamağı bozarak enfektif olmayan virionların oluşmasına neden olur.

Adım Adım Çözüm

1
Replikasyon döngüsünün evrelerini belirle.
HIVHIV replikasyonu; tutunma, giriş, revers transkripsiyon, entegrasyon, transkripsiyon, translasyon, montaj, tomurcuklanma ve olgunlaşma basamaklarından oluşur.
Soruda sorulan enzim fonksiyonunun hangi evreye ait olduğunu anlamak için döngüyü bilmek gerekir.
2
Tomurcuklanma sonrası gerçekleşen 'olgunlaşma' (maturation) basamağını analiz et.
Bu evrede, virüs partikülü içindeki GagGag ve Gag−PolGag-Pol poliproteinleri spesifik bölgelerden kesilmelidir.
Poliproteinler kesilmeden virüs yapısal proteinleri (kapsid, matriks vb.) ve enzimleri fonksiyonel hale gelemez.
3
Bu proteolitik kesimi yapan spesifik virüs enzimini tanımla.
Bu işlemden sorumlu olan enzim viral proteazdır.
Proteaz enzimi, polpol geni tarafından kodlanan ve virüsün enfektivitesi için zorunlu olan son basamak enzimidir.

Anahtar Kavram

HIV proteaz enziminin olgunlaşma (maturation) evresindeki kritik rolü.
Soru 48Soru →

Retrovirüsler, replikasyon döngüleri sırasında genetik materyallerini farklı formlara dönüştürmeleriyle diğer birçok RNARNA virüsünden ayrılırlar. Virion içerisinde taşınan ve sitoplazmada viral tek iplikli RNARNA genomunu kalıp olarak kullanarak çift iplikli proviral DNADNA sentezini gerçekleştiren enzim aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Revers transkriptaz (RNA bağımlı DNA polimeraz)

Cevap

Retrovirüslerde viral RNA'dan çift iplikli DNA sentezini gerçekleştiren enzim Revers transkriptazdır.
Revers transkriptaz (RNA bağımlı DNA polimeraz), retrovirüslerin replikasyon döngüsünde sitoplazmada gerçekleşen ve viral RNA'dan proviral DNA sentezlenmesini sağlayan kritik enzimdir. Bu enzim virion içerisinde hazır halde bulunur.

Adım Adım Çözüm

1
Viral genomun tespiti
Retrovirüsler pozitif polariteli, tek iplikli ve diploid RNARNA genomuna sahiptir.
Replikasyonun başlangıç noktasını anlamak için genom tipi bilinmelidir.
2
Revers transkripsiyon basamağının analizi
Virion içindeki Revers transkriptaz enzimi, sitoplazmada bu RNARNA'yı DNADNA'ya dönüştürür.
Retrovirüslerin ismini aldığı 'ters' (RNA'dan DNA'ya) yazılım süreci budur.

Anahtar Kavram

Retrovirüslerde Revers Transkriptaz enzimi aracılığıyla gerçekleşen RNA → DNA dönüşümü.

Daha Fazla Pratik

Revers transkriptazın üç temel fonksiyonunu (RNA bağımlı DNA polimeraz, RNase H ve DNA bağımlı DNA polimeraz) inceleyebilirsiniz.
Tahmini Süre:45s
Soru 49Soru →

Retrovirüs replikasyon döngüsünde, çift iplikli proviral DNADNA sentezlendikten ve konak hücre genomuna entegre edildikten sonra viral genlerin transkripsiyonunu yöneten; yapısında promotör ve enhansır dizileri ile poliadenilasyon sinyalini barındıran regülatuar bölge aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: LTRLTR (Long Terminal RepeatLong \ Terminal \ Repeat)

Cevap

Long Terminal RepeatLong \ Terminal \ Repeat (LTRLTR)
Doğru yanıt olan LTRLTR (Long Terminal Repeat), proviral DNADNA'nın her iki ucunda yer alan ve virüsün kendi genlerini eksprese etmesi için gerekli olan promotör, enhansır ve transkripsiyon terminasyon sinyallerini içeren temel yapıdır. Özellikle 5' ucundaki LTRLTR bölgesi, konak hücrenin RNARNA polimeraz II enzimini viral genlere yönlendirir.

Adım Adım Çözüm

1
Retrovirüs genomik organizasyonunun analiz edilmesi.
Proviral DNADNA yapısının her iki ucunda LTRLTR adı verilen tekrarlayan diziler bulunur.
Transkripsiyon ve entegrasyon için gerekli olan temel regülatuar elemanların yerini tespit etmek.
2
LTRLTR yapısının alt birimlerinin fonksiyonel olarak incelenmesi.
U3U3 bölgesinin promotör ve enhansır fonksiyonu gördüğü, RR bölgesinin transkripsiyon başlangıcını belirlediği görülür.
Viral mRNAmRNA sentezinin hangi bölge tarafından yönetildiğini doğrulamak.
3
Diğer regülatuar elemanlarla karşılaştırma yapılması.
LTRLTR transkripsiyonun başlatıcısı iken, TARTAR ve RRERRE transkripsiyon sonrası süreçlerde (uzama ve taşıma) rol oynar.
En spesifik ve doğru yanıtın seçilmesi.

Anahtar Kavram

Retrovirüslerde LTRLTR bölgeleri, viral gen ekspresyonunun ana kontrol merkezidir ve konak hücre RNARNA polimeraz II enzimi için gerekli promotör dizilerini barındırır.

Alternatif Yöntem

LTRLTR'nin açılımı olan 'Uzun Terminal Tekrar' ifadesindeki 'Terminal' (uç) kelimesi, proviral DNADNA'nın uçlarında bulunarak kapı görevi (transkripsiyon girişi) gördüğünü hatırlatabilir.
Tahmini Süre:1m 15s
ÖncekiSayfa 3 / 3
Retrovirüsler Alıştırma Soruları — TUS - Tıpta Uzmanlık Sınavı — Sayfa 3 | Examkin