Amino Asitler ve Proteinler

İzoelektrik noktaları ($pI$) sırasıyla $4.8$, $7.0$ ve $9.5$ olan serum albümin, miyoglobin ve kimotripsinojen içeren bir protein karışımı, $pH = 8.0$ tamponu ile dengelenmiş olan dietilaminoetil (DEAE)-selüloz kolonuna uygulanmıştır.

Buna göre, proteinlerin kolona bağlanma durumları ve kolondan elüsyon sıraları (kolondan ilk ayrılan $\rightarrow$ son ayrılan) ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Prion hastalıklarının (örneğin Creutzfeldt-Jakob hastalığı) patogenezinde, proteinlerin katlanma bozukluğu sonucu ortaya çıkan yapısal değişiklikler temel rol oynar.

Buna göre, normal hücresel prion proteininin ($PrP^C$) hastalık yapıcı izoforma ($PrP^{Sc}$) dönüşümü ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Amino asitlerin yan zincir ($R$) grupları, proteinlerin hem yapısal kararlılığını hem de katalitik fonksiyonlarını belirleyen temel bileşenlerdir. Yan zincirinde azot atomu içeren bir heterosiklik halka taşıyan, fizyolojik pH'da ($pH \approx 7.4$) yan zincirinin büyük çoğunluğu (%90'dan fazlası) iyonize olmamış (net yükü sıfır) formda bulunan ve bu özelliği sayesinde enzimlerin aktif merkezlerinde proton alışverişini kolaylaştıran esansiyel amino asit aşağıdakilerden hangisidir?

Saf olarak elde edilen bir proteinin fizikokimyasal analizleri sonucunda aşağıdaki bulgular saptanmıştır:

- Fizyolojik pH'da ($7.4$) net negatif yüke sahiptir.
- pH $5.0$ tamponunda katyon değişim kromatografisi kolonuna bağlanmaktadır.
- Denatüre edici koşullarda gerçekleştirilen elektroforez sonuçları şu şekildedir:

Bu proteinin yapısal ve biyokimyasal özellikleri dikkate alındığında, aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Hemoglobin molekülünde oksijenin bağlanmasıyla tetiklenen $T$ (gergin) $\rightarrow$ $R$ (gevşek) konformasyonel geçişi, Bohr etkisinin moleküler mekanizması ile doğrudan ilişkilidir. Bu allosterik değişim sırasında, polipeptid zincirlerinin terminal bölgelerindeki amino asit kalıntılarının iyonizasyon durumları ve çevreleriyle yaptıkları etkileşimler karakteristik bir değişim gösterir. Hemoglobinin oksijenlenmesi sırasında gerçekleşen bu moleküler değişikliklerle ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Proteinlerin ve biyolojik aktif peptidlerin yapısal bütünlüğünü sağlayan peptid bağının ($CONH$) elektronik özellikleri, torsiyonel kısıtlamaları ve termodinamik kararlılığı dikkate alındığında, aşağıdakilerden hangisi yanlıştır?

Protein omurgasının konformasyonel stabilitesi, monomerik birimlerin stereokimyasal kısıtlamaları ve fonksiyonel grupların iyonizasyon davranışları ile doğrudan ilişkilidir. Özellikle, bir amino asidin yan zincirinin kendi $\alpha$-amino grubuyla kovalent bir halka oluşturarak ikincil (sekonder) amino grubu yapısı kazanması, peptid bağının hidrojen bağı kapasitesini ve proteinlerin sekonder yapı kararlılığını diğer tüm standart amino asitlerden farklı bir şekilde etkiler. Bu yapısal özellik ve amino asitlerin sınıflandırılması dikkate alındığında, aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Laboratuvarda bir protein saflaştırma çalışması sırasında, sistein amino asidinin farklı $pH$ ortamlarındaki iyonizasyon davranışları ve net yük değişimleri analiz edilmektedir. Sistein amino asidinin iyonlaşabilen gruplarına ait $pK_a$ değerleri; $\alpha$-karboksil grubu ($pK_1$) için $1.92$, yan zincir sülfhidril grubu ($pK_R$) için $8.33$ ve $\alpha$-amino grubu ($pK_2$) için $10.78$ olarak bildirilmiştir.

Buna göre, sistein amino asidinin izoelektrik noktası ($pI$) ve $pH$ $9.5$ değerindeki bir çözeltide taşıdığı net elektriksel yük aşağıdakilerin hangisinde doğru olarak verilmiştir?

$45$ yaşında, günde $2$ paket sigara içen bir erkek hasta, ilerleyici nefes darlığı şikayetiyle başvuruyor. Yapılan fizik muayene ve radyolojik tetkiklerde panasinler amfizem saptanıyor. Hastanın laboratuvar incelemesinde serum $\alpha_1$-antitripsin ($AAT$) düzeyi kantitatif olarak normal sınırlarda ($150$ $mg/dL$) ölçülüyor. Bu hastada $AAT$ düzeyinin normal olmasına rağmen amfizem gelişmesinin temel biyokimyasal mekanizması aşağıdakilerden hangisidir?

Lizin amino asidinin iyonlaşabilen gruplarına ait $pK_a$ değerleri şöyledir: $\alpha$-karboksil grubu için $2,2$, $\alpha$-amino grubu için $9,0$ ve yan zincir (epsilon-amino) grubu için $10,5$. Buna göre, lizinin izoelektrik noktası ($pI$) değeri ve fizyolojik $pH$ ($7,4$) ortamındaki baskın olan net elektriksel yükü aşağıdakilerin hangisinde doğru olarak verilmiştir?

Laboratuvar koşullarında $pH$ değeri $4,25$ olarak sabitlenmiş bir tampon sisteminde elektroforez işlemine tabi tutulan glutamik asit molekülü ($pK_{a1} = 2,19$, $pK_{a2} = 9,67$, $pK_R = 4,25$) için beklenen net elektriksel yük ve elektrik alanındaki göç yönü aşağıdakilerin hangisinde doğru olarak verilmiştir?

Proteinlerin primer yapısını stabilize eden peptid bağlarının biyokimyasal karakteristikleri ve insan fizyolojisinde kritik rolleri bulunan biyolojik aktif peptidler ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Haptoglobin ($Hp$), hemoglobinin ($Hb$) intravasküler yıkımı sonucu ortaya çıkan serbest hemoglobinin temizlenmesinde kritik rol oynayan bir plazma proteinidir. Haptoglobinin biyokimyasal özellikleri, polimorfizmleri ve temizlenme mekanizmaları ile ilgili aşağıdakilerden hangisi yanlıştır?

Amino asitlerin yan zincir (R) yapıları, onların hem kimyasal özelliklerini hem de vücuttaki metabolik kaderlerini belirler. Buna göre; yan zincirinde sülfür (kükürt) atomu içeren, insan vücudunda sentezlenemediği için besinsel olarak esansiyel kabul edilen ve biyolojik metilasyon reaksiyonlarında 'evrensel metil vericisi' olarak görev yapan $S$-adenozilmetiyonin ($SAM$) öncülü olan amino asit aşağıdakilerden hangisidir?