Amino Asitler ve Proteinler

Proteinlerin sentez sonrası doğru üç boyutlu yapılarına katlanmaları (folding) ve bu sürecin bozulması sonucu gelişen denatürasyon olayları ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Arjinin amino asidinin iyonlaşabilen gruplarına ait $pK_a$ değerleri aşağıda verilmiştir:

Buna göre, arjininin net yükünün sıfır olduğu izoelektrik nokta ($pI$) değeri kaçtır?

Proteinlerin hiyerarşik yapısal organizasyonu ve bu yapıların kararlılığını belirleyen biyokimyasal prensipler dikkate alındığında, aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Hemoglobin ve miyoglobinin hem cebinde yer alan distal histidin ($His$ $E7$) kalıntısı, ligand seçiciliğinde hayati bir rol oynar. Serbest hem molekülüne karbonmonoksit ($CO$), oksijene ($O_2$) kıyasla yaklaşık $25.000$ kat daha fazla afinite ile bağlanırken; miyoglobin veya hemoglobin protein yapısı içerisinde bu afinite farkı (seçicilik oranı) yaklaşık $250$ kata kadar düşmektedir. Bu durum, $CO$ zehirlenmesine karşı fizyolojik bir koruma sağlar. Distal histidinin $CO$ afinitesini oksijene kıyasla bu denli dramatik şekilde düşürmesinin temel yapısal ve enerjik nedeni aşağıdakilerden hangisidir?

Proteinlerin primer yapılarından biyolojik olarak aktif olan üç boyutlu natif yapılarına katlanma süreci, termodinamik olarak "katlanma hunisi" (folding funnel) modeli ile açıklanmaktadır. Bu süreç ve protein katlanmasındaki termodinamik/yapısal değişimler ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Hemoglobinin oksijenle olan etkileşimi, proteinin konformasyonel bir değişikliğe uğramasını gerektiren kooperatif bir süreçtir. Bu süreçte hemoglobin, oksijene düşük afiniteli 'T' (Gergin) durumundan, yüksek afiniteli 'R' (Gevşek) durumuna geçer. Deoksihemoglobinin oksijenlenmesi sırasında gerçekleşen moleküler ve yapısal değişikliklerle ilgili aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Protein-enerji malnütrisyonu tanısıyla hastaneye yatırılan $65$ yaşındaki bir hastada, enteral beslenme desteğine başlanmıştır. Bu hastada uygulanan nütrisyonel tedavinin etkinliğini ve karaciğerin protein sentez kapasitesindeki iyileşmeyi en erken dönemde ($2-3$ gün içinde) yansıtma potansiyeli en yüksek olan plazma proteini aşağıdakilerden hangisidir?

Eklem hipermobilitesi ve deri hiperextansibilitesi ile başvuran bir hastada, tip I kollajen moleküllerinin sentezi sırasında hidroksilizil kalıntılarına glukoz ve galaktoz birimlerinin eklenmesi basamağında bir aksama olduğu saptanmıştır. Bu post-translasyonel modifikasyon ve elastin molekülünün özellikleri dikkate alındığında, aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Nefrotik sendrom tanısı alan bir hastada glomerüler bazal membran geçirgenliğinin artması sonucu düşük molekül ağırlıklı proteinler idrarla kaybedilirken, serum protein elektroforezinde $\alpha_2$ bandında belirgin bir artış gözlenir. Bu elektroforetik paternde $\alpha_2$ fraksiyonundaki artıştan birincil derecede sorumlu olan ve yüksek molekül ağırlığı nedeniyle idrarla kaybedilemeyen plazma proteini aşağıdakilerden hangisidir?

Amino asitlerin asit-baz özelliklerine göre, bir amino asidin net elektriksel yükünün sıfır olduğu $pH$ değerine izoelektrik nokta ($pI$) denir. Buna göre, tam olarak izoelektrik nokta değerindeki bir $pH$ ortamında bulunan amino asit molekülü için aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Hemoglobin ve miyoglobinin oksijen bağlama özellikleri Hill denklemi ($\log[Y/(1-Y)] = n \log pO_2 - n \log P_{50}$) ve Hill grafikleri üzerinden analiz edildiğinde, aşağıdaki ifadelerden hangisi yanlıştır?

Aşağıdaki tabloda üç farklı amino asidin (X, Y ve Z) iyonlaşabilen gruplarına ait $pK_a$ değerleri verilmiştir:

Bu amino asitlerden oluşan bir karışım $pH = 5.1$ olan bir tampon çözeltide elektroforez işlemine tabi tutulduğunda, amino asitlerin elektriksel alandaki davranışları ile ilgili aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Fibröz proteinlerin (kollajen, elastin ve $\alpha$-keratin) yapısal stabilizasyonunu sağlayan kovalent çapraz bağlar ve amino asit bileşimleri dikkate alındığında, bu proteinler ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Periferik dokularda metabolik faaliyetler sonucunda açığa çıkan $CO_2$, eritrositlere girerek karbonik anhidraz aracılığıyla $H^+$ ve $HCO_3^-$ iyonlarına ayrışır. $HCO_3^-$ iyonlarının plazmaya çıkışı sırasında, elektriksel dengeyi korumak amacıyla eritrosit içerisine klorür ($Cl^-$) iyonları girer (klorür şifti/Hamburger fenomeni). Eritrosit içi konsantrasyonu artan klorür iyonlarının, hemoglobinin oksijen afinitesini azaltarak dokularda oksijen salınımını kolaylaştırmasındaki temel moleküler mekanizma aşağıdakilerden hangisidir?

Proteinlerin yapısal organizasyon düzeyleri, bu yapıların katlanma süreçleri ve stabilizasyonunu sağlayan etkileşimler ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Amino asitlerin kimyasal yapıları, yan zincir fonksiyonel grupları ve metabolik sınıflandırmaları arasındaki karmaşık ilişkiler değerlendirildiğinde, aşağıdakilerden hangisi yanlıştır?

Proteinlerin hiyerarşik yapısal organizasyonu, yapısal birimler (motif, domain) ve bu yapıları stabilize eden biyokimyasal kuvvetler ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi yanlıştır?

Bağ dokusunun temel bileşenleri olan kollajen ve elastin proteinleri; sentez süreçleri, post-translasyonel modifikasyonları ve yapısal organizasyonları açısından önemli benzerlikler ve farklar gösterirler. Buna göre, bu fibröz proteinlerin biyokimyasal özellikleri ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Amino asitlerin polimerizasyonu ile oluşan peptid bağının ($\text{CONH}$) fizikokimyasal özellikleri ve vücutta görev alan biyolojik aktif peptidlerin yapısal modifikasyonları göz önüne alındığında, aşağıdakilerden hangisi yanlıştır?

Proteinlerin yapısal organizasyonu, katlanma süreçleri ve bu yapıları stabilize eden bağlar ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi yanlıştır?