Amino Asitler ve Proteinler

Hemoglobinin doku düzeyinde oksijeni bırakmasını kolaylaştıran fizyolojik mekanizmalar "Bohr etkisi" olarak tanımlanır. Bu mekanizma sırasında gerçekleşen moleküler olaylar ve hemoglobinin yapısal değişimi ile ilgili aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Proteinlerin saflaştırılması ve miktar tayini süreçlerinde kullanılan ultraviyole (UV) spektrofotometre ölçümlerinde, protein çözeltilerinin $280 \text{ nm}$ dalga boyundaki ışığı karakteristik olarak absorbe etmesine en yüksek katkıyı sağlayan ve yan zincirinde indol halkası bulunduran amino asit aşağıdakilerden hangisidir?

Bir laboratuvarda saflaştırılmak istenen ve izoelektrik noktaları ($pI$) sırasıyla $4.5$, $6.2$, $7.8$ ve $9.5$ olan dört farklı proteinden oluşan bir karışım, $pH$ değeri $7.0$ olarak ayarlanmış bir tampon sisteminde Karboksimetil (CM)-selüloz kolonuna yükleniyor. Bu kromatografi işlemi sonucunda, kolon matrisine en güçlü şekilde bağlanması beklenen proteinin izoelektrik noktası ($pI$) hangisidir?

Protein saflaştırma ve analiz tekniklerinden biri olan; proteinlerin bir elektrik alanı altında, jel ortamında oluşturulmuş bir $pH$ gradyanı boyunca hareket ederek net yüklerinin sıfır olduğu $pH$ değerinde durmaları ve dar bantlar halinde toplanmaları prensibine dayanan yöntem aşağıdakilerden hangisidir?

Proteinlerin yüksek sıcaklık, ekstrem $pH$ değişimleri veya üre gibi denatüre edici ajanlara maruz kalması sonucunda üç boyutlu natif yapıları bozulurken primer yapıları korunur. Buna göre, denatürasyon sürecinde kopmayan ve proteinin primer yapısının bütünlüğünü sağlayan temel kimyasal bağ aşağıdakilerden hangisidir?

Klinik muayenesinde eritrositoz saptanan bir hastadan alınan kan örneğinde, hemoglobinin oksijen disosiasyon eğrisinin belirgin şekilde sola kaydığı ($P_{50} \approx 12$ mmHg, Normal: $26$ mmHg) ve Hill katsayısının ($n$) $1.1$ değerine (Normal: $2.8$) düştüğü belirlenmiştir. Bu bulgular ışığında, söz konusu hemoglobin varyantındaki temel fonksiyonel bozukluk aşağıdakilerden hangisidir?

İyonize olabilen üç farklı gruba ($pK_{a1}=2.0$, $pK_{a2}=9.5$ ve $pK_{aR}=10.5$) sahip bir amino asit, $pH$ değeri $9.5$ olan bir tampon çözelti içerisinde bulunmaktadır. Bu amino asidin iyonizasyon durumu ve elektriksel alandaki davranışı ile ilgili aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Periorbital ödem ve asit şikayetleriyle getirilen $4$ yaşındaki bir çocukta masif proteinüri ($>3,5$ g/gün) ve hipoalbuminemi saptanıyor. Serum protein elektroforezinde albumin bandında belirgin azalma izlenirken, $\alpha_2$-globulin bandında normalin yaklaşık $10$ katına ulaşan dramatik bir artış saptanıyor. Bu hastada söz konusu elektroforetik bant artışından sorumlu olan temel proteinin fonksiyonel etki mekanizması aşağıdakilerden hangisidir?

Proteinlerin hiyerarşik yapısal organizasyonu ve bu yapıların kararlılığını sağlayan biyokimyasal kuvvetler ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi yanlıştır?

Proteinlerin polipeptid omurgasını stabilize eden peptid bağlarının ($C-N$) elektronik özellikleri ve biyolojik aktif peptidlerin (Glutatyon, TRH, ANP vb.) yapısal karakteristikleri birlikte değerlendirildiğinde, aşağıdakilerden hangisi yanlıştır?

Hücre içi protein katlanmasında, yeni sentezlenen polipeptid zincirlerinin 'erimiş kürecik' (molten globule) formundayken agregasyona uğramasını engelleyen $Hsp70$ (prokaryotik $DnaK$) döngüsü; ATP hidrolizi ve konformasyonel değişimlerle dinamik bir kontrol sağlar. Bu döngüde görev alan yardımcı proteinlerin (eş-şaperonlar) rolleri ve nükleotid durumunun substrat afinitesine etkisi düşünüldüğünde, aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

$14$ yaşında bir çocuk; el titremesi, konuşma bozukluğu ve halsizlik şikayetleriyle getiriliyor. Fizik muayenede korneada Kayser-Fleischer halkası saptanıyor ve karaciğer enzimlerinde yükseklik gözleniyor. Yapılan laboratuvar tetkiklerinde serum seruloplazmin düzeyi $5$ mg/dL (Normal: $20-40$ mg/dL) olarak ölçülüyor.

Buna göre, bu hastada seruloplazmin düzeyinin düşük olmasının temel biyokimyasal nedeni aşağıdakilerden hangisidir?

Fibröz proteinlerin (kollajen ve elastin) biyosentezi ve yapısal organizasyonları, bağ dokusunun fonksiyonel özelliklerini belirleyen kritik biyokimyasal farklar içerir. Bu iki proteinin post-translasyonel modifikasyonları, hücresel kompartmanlardaki işlenişleri ve çapraz bağ yapıları dikkate alındığında, elastin molekülü ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Yan zincirinde bulunan fonksiyonel grubun $pKa$ değerinin ($\approx 12.5$) diğer bazik amino asitlerden belirgin şekilde yüksek olması nedeniyle fizyolojik $pH$ şartlarında daima pozitif yüklü bir katyon olarak bulunan; üre döngüsü sırasında sentezlenebilmesine rağmen özellikle çocukluk çağındaki hızlı büyüme dönemlerinde vücut sentezi yeterli gelmediği için 'yarı-esansiyel' (kondisyonel esansiyel) olarak sınıflandırılan standart amino asit aşağıdakilerden hangisidir?

Kollajen ve elastin liflerinin biyosentez basamakları ve yapısal özellikleri karşılaştırıldığında, bu proteinlerin modifikasyonları ve doku dağılımları hakkında yapılan aşağıdaki yorumlardan hangisi biyokimyasal olarak doğrudur?

Bağ dokusunun temel bileşenlerinden olan kollajen ve elastin proteinlerinin biyokimyasal özellikleri ile sentez süreçleri karşılaştırıldığında, elastin liflerine özgü olan ve onu kollajenden ayıran yapısal özellik aşağıdakilerden hangisidir?

Bağ dokusunun temel bileşenlerinden olan kollajen ve elastin proteinleri, benzer amino asit kompozisyonuna sahip olmalarına rağmen yapısal organizasyonları ve post-translasyonel modifikasyonları açısından belirgin farklar gösterirler. Her iki proteinin sentezinde de $Cu^{2+}$ bağımlı lizil oksidaz enzimi rol almasına rağmen, oluşan çapraz bağ yapıları birbirinden farklıdır. Buna göre, elastin liflerini kollajen liflerinden ayıran temel biyokimyasal özellik aşağıdakilerden hangisidir?

Proteinlerin yapısına katılan standart amino asitler; yan zincirlerinin kimyasal yapısı, polarite özellikleri, metabolik yıkım yolları ve besinsel gereksinimlerine göre çeşitli kriterlere dayanılarak sınıflandırılırlar. Buna göre; yan zincirinde indol halkası içeren, metabolize edildiğinde hem glukojenik hem de ketojenik özellik gösteren ve besinsel olarak esansiyel olan amino asit aşağıdakilerden hangisidir?

Histidin amino asidinin iyonlaşabilen gruplarına ait $pK_a$ değerleri aşağıda verilmiştir:

Buna göre, histidin amino asidinin izoelektrik noktası ($pI$) aşağıdakilerden hangisidir?

Klinik tablosunda eklem hipermobilitesi, deri hiperextansibilitesi ve vasküler rüptür riski bulunan bir hastada, Tip III kollajen sentezini etkileyen moleküler bir defekt saptanmıştır. Bu patolojinin biyokimyasal temeli ve fibröz proteinlerin genel özellikleri göz önüne alındığında, aşağıdakilerden hangisi doğrudur?