Amino Asitler ve Proteinler

Peptid bağının ($\text{CONH}$) elektronik özellikleri ve biyolojik aktif peptidlerin (Oksitosin, Gastrin, TRH) fonksiyonel olgunlaşma süreçleri ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Amino asitlerin yan zincir ($R$) grupları, proteinlerin sulu ortamlardaki katlanma modellerini ve biyolojik aktivitelerini belirleyen en önemli faktördür. Buna göre, fizyolojik $pH$ değerinde ($\approx 7.4$) yan zinciri yüksüz polar özellik gösteren ve insan vücudunda sentezlenemediği için besinsel olarak esansiyel kabul edilen amino asit aşağıdakilerden hangisidir?

Fetal hemoglobinin ($HbF$), erişkin hemoglobinine ($HbA$) kıyasla oksijene daha yüksek ilgi (afinite) göstermesi, plasenta aracılığıyla anneden fetüse oksijen geçişini sağlayan kritik bir adaptasyondur. $HbF$'nin bu yüksek oksijen afinitesine sahip olmasının temel yapısal nedeni aşağıdakilerden hangisidir?

Protein katlanması süreci, polipeptid zincirinin rastgele bir yumaktan (random coil) işlevsel üç boyutlu yapısına geçişini tanımlayan karmaşık bir süreçtir. Bu süreç, 'katlanma hunisi' (folding funnel) modeliyle açıklanmakta olup, proteinin konformasyonel uzayda en düşük serbest enerjili 'yerli yapıya' (native state) ulaşma eğilimini temel alır.

Hücre içi protein katlanması, moleküler şaperonlar ve bu süreçteki termodinamik/kinetik değişimler düşünüldüğünde, aşağıdakilerden hangisi yanlıştır?

Hücre içi protein katlanması süreci, şaperonların fonksiyonel mekanizmaları ve protein denatürasyonunun termodinamik temelleri düşünüldüğünde, aşağıdaki klinik ve biyokimyasal eşleştirmelerden hangisi yanlıştır?

Biyolojik sistemlerde proteinlerin yapısını oluşturan peptid bağlarının karakteristik özellikleri ve biyolojik aktif peptidlerin fonksiyonları dikkate alındığında, aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Bir amino asidin net elektriksel yükünün sıfır olduğu ve elektrik alanında herhangi bir kutba göç etmediği spesifik $pH$ değerine ne ad verilir?

Fibröz proteinlerden biri olan elastin liflerinin biyosentezi, yapısal organizasyonu ve post-translasyonel modifikasyonları ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi yanlıştır?

Peptid bağının ($\text{CONH}$) rezonans hibrit karakteri sonucunda ortaya çıkan fizikokimyasal özellikler ve biyolojik aktif peptidlerin yapısal modifikasyonları birlikte değerlendirildiğinde, aşağıdakilerden hangisi biyokimyasal açıdan doğrudur?

Fizyolojik pH değerinde yan zinciri net pozitif yüke sahip olan, insan vücudunda sentezlenemediği için besinsel olarak esansiyel kabul edilen ve metabolik yıkımı sonucunda glukoz sentezi için herhangi bir ara ürün oluşturmayan standart amino asit aşağıdakilerden hangisidir?

Bir araştırma laboratuvarında saflaştırılan ve toplam moleküler ağırlığı $150\,kDa$ olan bir proteinin yapısal analizi için üç farklı elektroforez tekniği uygulanmış ve şu sonuçlar elde edilmiştir:

1. Native-PAGE (Doğal Elektroforez): $150\,kDa$ bölgesinde tek bir bant.
2. SDS-PAGE (İndirgen madde içermeyen): $100\,kDa$ ve $50\,kDa$ bölgelerinde iki farklı bant.
3. **SDS-PAGE (İndirgen madde [$\beta$-merkaptoetanol] içeren):** Sadece $50\,kDa$ bölgesinde tek bir yoğun bant.

Bu analiz sonuçları ve protein ayrıştırma tekniklerinin prensipleri dikkate alındığında, söz konusu protein hakkında yapılabilecek aşağıdaki çıkarımlardan hangisi doğrudur?

Hücre içi sinyal iletiminde rol oynayan ve $50\text{ kDa}$ moleküler ağırlığa sahip olan bir proteinin saflaştırılmış örneği, iki boyutlu ($2D$) elektroforez yöntemiyle analiz edilmektedir. İlk boyutta ($pH\ 3-10$ gradyanlı izoelektrik odaklama) proteinin $pH\ 4.8$, $5.0$ ve $5.2$ değerlerinde üç ayrı odak oluşturduğu görülürken; ikinci boyutta ($SDS-PAGE$) tüm bu odakların $50\text{ kDa}$ seviyesinde tek bir bant oluşturduğu saptanmıştır. Protein örneği alkalin fosfataz enzimi ile muamele edildikten sonra aynı analiz tekrarlandığında, izoelektrik odaklama aşamasında sadece $pH\ 5.5$ noktasında tek bir odak gözlenmiştir.

Buna göre, proteinin yapısı ve analiz sonuçları ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Hemoglobin ve miyoglobin, oksijeni bağlama ve dokulara taşıma kapasiteleri açısından belirgin yapısal ve fonksiyonel farklılıklar gösterir. Bu iki proteinin oksijenle olan etkileşimi, fizyolojik ihtiyaçlara göre şekillenmiş disosiasyon eğrileri ve afinite parametreleri ile karakterizedir.

Buna göre, hemoglobin ve miyoglobinin oksijen bağlama özellikleri ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Proteinlerin hiyerarşik yapısal organizasyonu, bu yapıların katlanma dinamikleri ve stabilizasyonundan sorumlu olan biyokimyasal etkileşimler değerlendirildiğinde, aşağıdakilerden hangisi yanlış bir ifadedir?

Tirozin amino asidinin iyonlaşabilen gruplarına ait $pK_a$ değerleri aşağıda verilmiştir:

Bu verilere göre, tirozinin asit-baz özellikleri ve izoelektrik noktası ($pI$) ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Proteinlerin hiyerarşik yapısal organizasyonu ve bu yapıların stabilitesini belirleyen termodinamik prensipler dikkate alındığında; hem üre (non-kovalent etkileşimleri bozan) hem de $\beta$-merkaptoetanol (disülfit bağlarını indirgeyen) içeren bir ortamda tamamen denatüre edilmiş bir proteinin, tekrar doğal (native) konformasyonuna dönme süreci ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi yanlıştır?

Prion hastalıklarında (örneğin Creutzfeldt-Jakob), normal hücresel prion proteininin ($PrP^C$) patolojik izoformu olan $PrP^{Sc}$'ye dönüşümü biyokimyasal olarak karakterizedir. Bu yapısal dönüşüm ve sonuçları ile ilgili aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Plazmada bakırı bağlayarak taşıyan ve ferroksidaz aktivitesi sayesinde demir metabolizmasında da önemli rol oynayan plazma proteini aşağıdakilerden hangisidir?

Proteinlerin hiyerarşik yapısal organizasyonu ve bu yapıların kararlılığını sağlayan biyokimyasal etkileşimler düşünüldüğünde, yapı-fonksiyon ilişkisi açısından aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Histidin amino asidinin yan zincirinde bulunan imidazol grubunun $pK_a$ değeri $6,0$ olarak kabul edilmektedir. Buna göre, $pH$ değeri $5,0$ olan bir çözeltide; imidazol halkası protonlanmış (pozitif yüklü) olan histidin moleküllerinin, protonlanmamış (yüksüz) olanlara oranı aşağıdakilerden hangisidir?