Moleküler Biyoloji

Bir araştırmacı, laboratuvarda saflaştırdığı bir nükleik asit örneğini alkali ($NaOH$) çözeltisi ile muamele ettiğinde, polimer yapısının bozulmadığını ve hidrolize karşı direnç gösterdiğini saptamıştır. Bu nükleik asit molekülünün alkaliye karşı gösterdiği bu direncin temel yapısal nedeni aşağıdakilerden hangisidir?

Ökaryotik hücrelerde gen ifadesinin epigenetik ve transkripsiyonel düzeyde düzenlenmesi süreçleri ile ilgili olarak aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Hücre döngüsünün denetlenmesinde görev alan ve kanser hücrelerinde sıklıkla inaktive edildiği saptanan $p16$ ($INK4a$) proteini, aşağıdaki moleküler mekanizmalardan hangisi aracılığıyla hücre proliferasyonunu baskılamaktadır?

Ökaryotik hücrelerde $mRNA$ sentezi sırasında $\alpha$-amanitin'e yüksek duyarlılık gösteren $RNA$ polimeraz $II$’nin karboksi-terminal domaini ($CTD$), transkripsiyonun farklı aşamalarında dinamik fosforilasyon kalıpları sergiler. Transkripsiyonel başlangıç kompleksinin oluşumunu takiben, enzimin promotörün yaklaşık $20-60$ nükleotid ilerisinde duraksadığı ($promoter$ $proximal$ $pausing$) bilinmektedir. Bu duraksamayı ortadan kaldırarak transkripsiyonun üretken uzama ($productive$ $elongation$) aşamasına geçmesini sağlayan, $CTD$ üzerindeki serin 2 ($Ser2$) kalıntılarını fosforilleyen ve aynı zamanda ekleme ($splicing$) faktörlerinin katılımını koordine eden temel protein kompleksi aşağıdakilerden hangisidir?

Ökaryotik hücrelerde transkripsiyon süreçleri, RNA polimeraz enzimlerinin $\alpha$-amanitin toksinine karşı gösterdiği farklı duyarlılık dereceleri ile karakterize edilebilir. Laboratuvar ortamında yapılan bir analizde, $mRNA$ sentezinin pikomolar düzeylerde ($10^{-9}$ M) inhibe olduğu, $tRNA$ ve $5S$ rRNA sentezinin ise ancak mikromolar ($10^{-6}$ M) konsantrasyonlarda durduğu saptanmıştır. Buna karşın, nükleolusta gerçekleşen ribosomal RNA sentezinin bu toksinden etkilenmeden devam ettiği gözlenmiştir.

Buna göre, söz konusu toksine en dirençli olan RNA polimeraz tarafından sentezlenen ve sitoplazmada protein sentezi sırasında ribozomun küçük alt biriminin ($40S$) yapısına katılan molekül aşağıdakilerden hangisidir?

DNA replikasyonunun hem prokaryotik hem de ökaryotik sistemlerdeki temel mekanizması oldukça benzerdir; ancak replikasyon çatalında görev alan enzimlerin isimlendirmeleri ve bazı yapısal özellikleri farklılık gösterir. Bu süreçte polimerazların prosesivitesini (kalıp zincirden ayrılmadan sentez yapma yeteneği) artıran protein yapıları her iki sistem için de kritiktir.

DNA replikasyonu sırasında görev alan proteinler ve bu proteinlerin fonksiyonel karşılıkları ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Ökaryotik hücrelerde gen ifadesinin kontrolünde histon modifikasyonları merkezi bir rol oynar. Histon $H3$ ve $H4$ kuyruklarındaki lizin kalıntılarının asetillenmesi, genellikle gevşek kromatin yapısı (ökromatin) ve aktif transkripsiyon ile ilişkilidir. Bu asetillenmiş bölgeler, belirli proteinlerin kromatini tanıması ve bağlanması için "bağlanma bölgeleri" ($docking$ $sites$) işlevi görür. Buna göre; asetillenmiş lizin kalıntılarını spesifik olarak tanıyan ve transkripsiyonel koaktivatörler ile kromatin yeniden düzenleme komplekslerinde sıklıkla bulunan protein domaini aşağıdakilerden hangisidir?

DNA'da alkilleyici ajanların etkisiyle oluşan $O^6$-metilguanin hasarını onarmak için, DNA zincirinden herhangi bir baz veya nükleotid kesilip çıkarılmadan, metil grubunun doğrudan bir protein üzerindeki sistein kalıntısına aktarılmasıyla gerçekleşen tamir mekanizması aşağıdakilerden hangisidir?

İnsan vücudunda tek bir gen kopyasından ($ApoB$) sentezlenen apolipoprotein B proteini; karaciğerde 4563 amino asitlik tam boy bir yapıda ($ApoB-100$) iken, ince bağırsak enterositlerinde proteinin sadece ilk %48'lik kısmını içeren daha kısa bir formdadır ($ApoB-48$). İnce bağırsakta gerçekleşen ve bu doku özgüllüğünü sağlayan transkripsiyon sonrası (post-transkripsiyonel) düzenleme mekanizması aşağıdakilerden hangisidir?

Hücre döngüsü ve kanser biyokimyası süreçlerinde apoptozis (programlı hücre ölümü) kritik bir denetim mekanizmasıdır. DNA hasarı gibi hücresel stres durumlarında aktive olan $p53$, intrinsik (mitokondriyal) apoptoz yolağını tetikleyen çeşitli genlerin ekspresyonunu düzenler. Bu yolağın aktivasyonu için mitokondri dış membranında kanallar oluşturarak sitokrom c'nin sitozole salınımını sağlayan pro-apoptotik $Bcl-2$ ailesi üyesi aşağıdakilerden hangisidir?

DNA'nın B-formu çift sarmal yapısında, şeker-fosfat omurgalarının asimetrik yerleşimi sonucu majör (büyük) ve minör (küçük) oluklar (groove) oluşur. Bu olukların yapısal özellikleri ve biyolojik önemi ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Hücre içerisinde genetik bilginin $DNA$'dan $RNA$'ya aktarıldığı transkripsiyon (RNA sentezi) sürecinde, $RNA$ polimeraz enziminin substrat olarak kullandığı ve sentezlenen zincire eklediği temel yapı taşları aşağıdakilerden hangisidir?

Ökaryotik ve prokaryotik DNA replikasyonu süreçleri, benzer temel mekanizmalara sahip olsalar da replikasyon çatalındaki protein organizasyonu ve enzim polariteleri açısından önemli farklılıklar gösterirler.

Buna göre, replikasyon çatalında görev alan enzimlerin fonksiyonel ve yapısal özellikleri ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Lynch sendromu (HNPCC) patogenezinde rol oynayan $MSH2$ ve $MLH1$ gen mutasyonları, aşağıdaki DNA tamir mekanizmalarından hangisinin bozulmasına neden olur?

Kanser hücrelerinde metabolik ara ürünlerin biyosentez yolaklarına yönlendirilmesi, hızlı proliferasyon için gerekli olan makromoleküllerin sentezini optimize eder. Bu süreçte, piruvat kinaz enziminin $M2$ izoformu ($PKM2$) allosterik regülasyon ve post-translasyonel modifikasyonlar aracılığıyla kritik bir 'metabolik şalter' görevi görür.

$PKM2$'nin enzimatik aktivitesi, hücresel konumu ve tümör hücresi metabolizmasındaki rolü ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Hücrede gerçekleşen transkripsiyon sürecinde $RNA$ polimeraz enzimi, yeni $RNA$ zincirini $5' \rightarrow 3'$ yönünde sentezlemektedir. Bu işlemin gerçekleştirilebilmesi için enzimin kalıp ($template$) olarak kullandığı $DNA$ zinciri üzerindeki ilerleme (okuma) yönü aşağıdakilerden hangisidir?

Prokaryotik hücrelerde gen ifadesinin ilk basamağı olan transkripsiyonun başlatılması süreci karmaşık konformasyonel değişiklikleri içerir. RNA polimeraz holoenziminin promoter dizilerine bağlanmasıyla başlayan ve transkripsiyonun kararlı bir şekilde devam ettiği "uzama" (elongation) fazına geçişi kapsayan süreçle ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Ökaryotik $DNA$ replikasyonu sırasında replikasyon çatalında görev alan enzimler ve bu enzimlerin fonksiyonel özellikleri ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi yanlıştır?

Orak hücreli anemiye yol açan nokta mutasyonu ($\beta$-globin geninde $6.$ amino asitte gerçekleşen $Glu \rightarrow Val$ değişimi), ilgili DNA dizisindeki $MstII$ restriksiyon enziminin tanıma bölgesini bozmaktadır. Moleküler tanı amacıyla, hastadan alınan DNA örneğinin ilgili bölgesi PCR ile çoğaltılmış ve ardından $MstII$ enzimi ile kesilmiştir (RFLP analizi). Normal allelden köken alan $1.1 kb$ uzunluğundaki PCR ürünü, enzimle kesildiğinde $0.9 kb$ ve $0.2 kb$ büyüklüğünde iki fragman oluşturmaktadır.

Buna göre, heterozigot bir taşıyıcının jel elektroforezi analizi sonucunda aşağıdaki bantlardan hangilerinin gözlenmesi beklenir?

Epigenetik araştırmalarda DNA metilasyon paternlerini belirlemek için kullanılan sodyum bisülfit dizileme yönteminde; saflaştırılmış genomik DNA örneği sodyum bisülfit ile muamele edilir. Bu işlem sonucunda metillenmemiş sitozin ($C$) kalıntıları urasile ($U$) dönüşürken, metillenmiş sitozinler ($5-mC$) kimyasal olarak korunur. İşlem görmüş bu DNA ipliği, daha sonra PCR amplifikasyonu için kalıp (template) olarak kullanılır.

Tamamen metillenmemiş olduğu bilinen $5'-G A C C G T A C-3'$ dizisine sahip bir DNA ipliğine sodyum bisülfit işlemi uygulandıktan hemen sonra (henüz PCR döngüleri başlamadan) oluşan ve kalıp görevi görecek olan ipliğin dizisi aşağıdakilerden hangisidir?