Examkin

Soru

Zorluk: Çok zorProteinlerin Yapısal Organizasyonu (Primer-Kuaterner)

Proteinlerin hiyerarşik yapısal organizasyonu, yapısal birimler (motif, domain) ve bu yapıları stabilize eden biyokimyasal kuvvetler ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi yanlıştır?

  1. A
    Peptid bağının parsiyel çift bağ karakteri, polipeptid omurgasındaki C−NC-N bağı etrafında serbest dönmeyi kısıtlayarak yapıya rijitlik ve düzlemsellik kazandırır.
  2. B
    Protein katlanmasının temel termodinamik itici gücü olan hidrofobik etki, non-polar yan zincirlerin iç kısımda toplanmasıyla çevreleyen su moleküllerinin entropisinin artmasına dayanır.
  3. Motifler (süpersekonder yapılar), polipeptid zinciri içerisinde bağımsız olarak katlanabilen, proteoliz sonrası yapısal ve fonksiyonel bütünlüğünü koruyan en küçük yapısal birimlerdir.Cevap
  4. D
    Sekonder yapı düzeyindeki α\alpha-heliksler, polipeptid omurgasındaki bir amino asidin karbonil oksijeni ile dört sonraki amino asidin amid hidrojeni arasındaki hidrojen bağları ile stabilize edilir.
  5. E
    Kuaterner yapıda alt birimler arasındaki etkileşimler esas olarak non-kovalan olsa da, immünoglobulinler gibi bazı kompleks proteinlerde zincirler arası disülfit köprüleri de stabilizasyona katılır.

Cevap

Motiflerin (süpersekonder yapılar) bağımsız olarak katlanabilen ve fonksiyonel bütünlüğünü koruyan birimler olduğu ifadesi yanlıştır; bu özellikler proteinlerin 'domain' yapılarına aittir.
Yanlış olan ifade, motiflerin bağımsız katlanabilen ve fonksiyonel bütünlüğünü koruyan birimler olduğunu iddia etmektedir. Biyokimyada bu tanım 'domain' (alan) yapısına aittir. Motifler (süpersekonder yapılar), örneğin 'helix-turn-helix' veya 'β\beta-meander' gibi, sekonder yapıların yan yana gelmesiyle oluşan basit geometrik desenlerdir ve genellikle büyük bir protein yapısı içerisinde yer almadıkça kendi başlarına stabil bir konformasyon sergilemezler.

Adım Adım Çözüm

1
Peptid bağının kimyasal özelliklerini değerlendir.
Peptid bağının rezonans nedeniyle çift bağ karakteri taşıdığı ve bu durumun düzlemselliği (rigidity) sağladığı doğrulanır.
Primer yapıdan sekonder yapıya geçişteki kısıtlamaları anlamak için gereklidir.
2
Protein katlanmasının termodinamik temellerini incele.
Sulu ortamda katlanmanın itici gücünün suyun entropisindeki artış (hidrofobik etki) olduğu doğrulanır.
Tersiyer yapıyı stabilize eden en önemli kuvvetin doğasını belirlemek için gereklidir.
3
Motif ve domain kavramları arasındaki farkları karşılaştır.
Domainlerin bağımsız yapısal/işlevsel birimler olduğu, motiflerin ise sadece geometrik düzenlemeler olduğu belirlenir.
Sorudaki kavramsal hatayı tespit etmek için kritik adımdır.
4
Kuaterner yapı stabilizasyon yöntemlerini kontrol et.
Zincirler arası etkileşimlerin sadece non-kovalan değil, bazen kovalent (disülfit) olabileceği teyit edilir.
İstisnai durumların (antikorlar vb.) kuaterner yapı tanımına dahil olup olmadığını doğrulamak içindir.

Anahtar Kavram

Protein yapı düzeylerinde domainlerin bağımsız yapısal ve fonksiyonel birimler olması, motiflerin ise bu özelliği taşımaması.

Daha Fazla Pratik

Proteinlerin tersiyer yapısını bozan denatüre edici ajanların (üre, guanidin hidroklorür vb.) disülfit bağları üzerindeki etkisi ile indirgeyici ajanların (merkaptoetanol) farkını inceleyebilirsiniz.
Tahmini Süre:2m 0s
Bu soruyu puanla

Konular

Proteinlerin Yapısal Organizasyonu (Primer-Kuaterner)

Bu konudan daha fazla soru