Proteinlerin hiyerarşik yapısal organizasyonu ve bu yapıların kararlılığını belirleyen biyokimyasal prensipler dikkate alındığında, aşağıdakilerden hangisi doğrudur?
- ASekonder yapı düzeyindeki -heliks oluşumu, polipeptid zincirindeki amino asitlerin yan zincirleri (R grupları) arasındaki hidrojen bağlarına dayanır.
- Globüler proteinlerin tersiyer yapısının oluşumundaki temel itici güç; apolar yan zincirlerin iç kısımda kümelenmesiyle çevreleyen su moleküllerinin entropisinin artmasıdır.Cevap
- CTek bir polipeptid zinciri içinde bağımsız katlanabilen fonksiyonel bölgeler "alt birim" (subunit) olarak tanımlanırken, birden fazla zincirin birleşmesi "domain" yapısını oluşturur.
- DPrimer yapı, proteinin doğal konformasyonuna ait bilgiyi taşımasına rağmen, yüksek sıcaklıkla yapılan denatürasyon işlemi peptid bağlarını kopardığı için bu bilgi kaybolur.
Cevap
Globüler proteinlerin tersiyer yapısının oluşumundaki temel itici güç, apolar yan zincirlerin iç kısımda kümelenmesiyle çevreleyen su moleküllerinin entropisinin artmasıdır.
Globüler proteinlerin katlanmasında en önemli faktör hidrofobik etkidir. Apolar yan zincirler suyla temas etmemek için içe gömülürken, onları çevreleyen su molekülleri daha serbest hale gelir ve sistemin toplam entropisi artar. Bu durum tersiyer yapının kararlılığını sağlayan temel itici güçtür.
Adım Adım Çözüm
Anahtar Kavram
Protein Organizasyon Düzeyleri ve Hidrofobik Etki
İpuçları
1
Protein organizasyon düzeylerini (primer, sekonder, tersiyer, kuaterner) ve her birini stabilize eden bağ türlerini hatırlayın.
2
Sekonder yapıda (heliks/tabaka) hidrojen bağlarının hangi atomlar arasında kurulduğuna odaklanın: Omurga mı yoksa yan zincirler mi?
3
Denatürasyonun kovalent olmayan bağları etkilediğini ancak peptid bağlarını etkilemediğini, ayrıca hidrofobik etkinin termodinamik temelinin suyun entropisi olduğunu düşünün.
Daha Fazla Pratik
Proteinlerin katlanmasına yardımcı olan şaperon proteinlerin çalışma mekanizmasını ve proteostaz kavramını inceleyebilirsiniz.
Tahmini Süre:1m 30s