Examkin

Viroloji

458 soru

Soru 1Soru →

Viral genomların infeksiyöz kapasiteleri, genomun nükleik asit tipi ve replikasyon stratejisi ile doğrudan ilişkilidir. Bazı virüslerin saflaştırılmış genomları, konak hücreye transfekte edildiklerinde herhangi bir virion proteini bulunmasa dahi tüm bir replikasyon döngüsünü tamamlayarak yeni infeksiyöz partiküller oluşturabilirler. Bu duruma 'infeksiyöz nükleik asit' özelliği adı verilir.

Buna göre, aşağıdaki virüslerden hangisinin saflaştırılmış genomik nükleik asidi infeksiyöz özellik gösterir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Coxsackie B virüsü

Cevap

Saflaştırılmış genomu infeksiyöz özellik gösteren virüs Coxsackie B virüsüdür.
Coxsackie B virüsü bir Picornavirus'tür ve pozitif polariteli tek iplikli RNA ((+)(+) ssRNA) genomuna sahiptir. Bu genom, konak hücrenin ribozomları tarafından doğrudan tanınarak viral proteinlerin sentezlenmesini (translasyonu) sağlar. Replikasyonu başlatmak için virion içinde taşınan bir enzime ihtiyaç duymaz; bu nedenle saflaştırılmış nükleik asidi infeksiyözdür.

Adım Adım Çözüm

1
İnfeksiyöz nükleik asit kavramını tanımla.
Hücreye giren çıplak genomun, virion proteini (enzim) olmadan replikasyonu başlatabilmesidir.
Hücrenin kendi ribozomları tarafından doğrudan okunabilen (mRNA gibi davranan) genomlar bu özelliğe sahiptir.
2
Seçeneklerdeki virüslerin genom yapılarını ve enzim gereksinimlerini değerlendir.
Pozitif polariteli RNA virüsleri (Retrovirüsler hariç) infeksiyöz genoma sahiptir. Negatif polariteli ve çift iplikli RNA virüsleri ise virionda RNA'ya bağımlı RNA polimeraz (RdRp) taşımak zorundadır.
Konak hücrede RNA'dan RNA sentezleyen veya RNA'yı DNA'ya çeviren enzimler doğal olarak bulunmaz.
3
Retrovirüs istisnasını kontrol et.
HTLV-1 gibi Retrovirüslerin genomu pozitif RNA olsa da revers transkriptaz olmadan replike olamazlar.
Genomun önce DNA'ya çevrilip konağın çekirdeğine entegre olması replikasyonun devamı için şarttır.

Anahtar Kavram

Pozitif polariteli tek iplikli RNA ((+)(+) ssRNA) virüslerinin (Retrovirüsler hariç) genomları doğrudan mRNA olarak işlev gördüğü için 'infeksiyöz nükleik asit' özelliğine sahiptir.
Tahmini Süre:1m 0s
Soru 2Soru →

Biyogüvenlik düzeyi yüksek bir laboratuvarda izole edilen bir virüsün; yaklaşık 200−400200-400 nm boyutlarında, kompleks kapsid simetrisine sahip, zarflı ve çift iplikli lineer DNA genomu içerdiği saptanmıştır. Yapılan ileri incelemelerde, bu virüsün replikasyon döngüsü için gerekli olan DNA'ya bağımlı RNA polimeraz dahil birçok enzimi kendi yapısında taşıdığı ve replikasyonunu konak hücrenin sitoplazmasında tamamladığı gözlenmiştir.

Bu özelliklere sahip olan virüs ailesi aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Poxviridae

Cevap

Poxviridae ailesi, kompleks simetriye sahip olan, sitoplazmada replike olan ve bu sebeple kendi DNA'ya bağımlı RNA polimeraz enzimini virion yapısında taşıyan tek büyük DNA virüsü grubudur.
Poxviridae ailesi (örn. Variola, Molluscum contagiosum), DNA virüsleri arasında sitoplazmada replike olan tek önemli gruptur. Sitoplazmada replike oldukları için, konak hücrenin çekirdeğinde bulunan transkripsiyon enzimlerine erişemezler ve bu nedenle mRNA sentezi için gerekli olan DNA'ya bağımlı RNA polimeraz enzimini virion içerisinde taşımak zorundadırlar. Ayrıca kompleks (tuğla benzeri) simetriye sahip olmaları ve oldukça büyük boyutları tipiktir.

Adım Adım Çözüm

1
Genom tipini ve replikasyon yerini belirle
Virüs çift iplikli DNA genomuna sahip ve sitoplazmada replike oluyor.
DNA virüslerinin çoğu çekirdekte replike olurken, bu virüsün sitoplazmada olması önemli bir ayırt edici özelliktir.
2
Enzim gereksinimini analiz et
Sitoplazmada replike olduğu için konak hücrenin çekirdeğindeki RNA polimeraz II'yi kullanamaz; kendi DNA'ya bağımlı RNA polimerazını taşımalıdır.
Konak hücrenin transkripsiyon mekanizması çekirdeğe lokalizedir.
3
Morfolojik özellikleri eşleştir
Kompleks simetri ve büyük boyut (200−400200-400 nm) Poxviridae ile uyumludur.
Diğer DNA virüsleri genellikle ikozahedral simetriye sahiptir.

Anahtar Kavram

DNA virüsleri içinde Poxviridae istisnai olarak sitoplazmada replike olur ve kendi transkripsiyon enzimlerini taşır.
Tahmini Süre:50s
Soru 3Soru →

Kene tutunması öyküsü olan, ateş, şiddetli kas ağrısı ve yaygın peteşi/ekimoz bulgularıyla başvuran bir hastada Kırım-Kongo Kanamalı Ateşi (KKKA) virüsü saptanmıştır. Bu virüsün moleküler yapısı incelendiğinde; SS, MM ve LL olarak adlandırılan üç adet segmenter negatif polariteli RNARNA genomuna sahip olduğu, nükleokapsidinin helikal simetri gösterdiği ve konak hücreden köken alan lipit bir zarfla çevrili olduğu görülmüştür. Ancak bu virüsün, diğer birçok zarflı negatif polariteli RNARNA virüsünün aksine, nükleokapsid ile zarf arasında yer alan spesifik bir yapısal bileşene sahip olmadığı belirlenmiştir.

Buna göre, KKKA virüsünde (ve genel olarak *Bunyavirales* takımında) eksik olan bu yapısal bileşen aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Matriks (M) proteini

Cevap

Matriks (M) proteini
Negatif polariteli, zarflı RNA virüslerinin (Orthomyxo, Paramyxo, Rhabdo, Filo, Retro) neredeyse tamamında nükleokapsid ile zarf arasında yapısal bütünlüğü sağlayan bir matriks (M) proteini bulunur. Ancak *Bunyavirales* takımı üyeleri (Nairovirus, Phlebovirus, Hantavirus vb.) bu yapıya sahip değildir. Bu virüslerde nükleokapsid, Golgi aygıtında tomurcuklanma sırasında doğrudan glikoproteinlerin (Gn/Gc) sitoplazmik uzantılarına bağlanır.

Adım Adım Çözüm

1
Etkenin virolojik sınıflandırmasını yapın.
Kırım-Kongo Kanamalı Ateşi (KKKA) virüsü, *Bunyavirales* takımı içerisinde yer alan zarflı, segmenter ve negatif polariteli bir RNA virüsüdür.
Klinik tablo (kene, kanama) ve genomik özellikler (3 segment) bu sınıflandırmayı doğrular.
2
Zarflı RNA virüslerinin genel yapısal bileşenlerini gözden geçirin.
Genel olarak zarflı virüslerde nükleokapsid, matriks proteini ve lipit zarf (üzerinde glikoproteinler) bulunur.
Matriks proteini, nükleokapsidin zarfla etkileşimini ve virüsün tomurcuklanarak olgunlaşmasını koordine eden kritik bir köprüdür.
3
*Bunyavirales* takımına özgü istisnai yapısal özelliği belirleyin.
*Bunyavirales* üyeleri (ve *Arenaviridae*), negatif polariteli RNA virüsleri arasında 'gerçek' bir matriks (M) proteinine sahip olmamalarıyla karakterizedir.
Bu virüslerde nükleokapsid proteinleri doğrudan zarf glikoproteinlerinin sitoplazmik kuyruklarıyla etkileşime girer.

Anahtar Kavram

Bunyavirüslerin yapısal organizasyonunda matriks (M) proteininin bulunmaması.
Soru 4Soru →

RNA virüslerinin büyük çoğunluğu replikasyon döngülerini sitoplazmada tamamlamasına rağmen, bazı istisnai gruplar konak hücre nükleusunu kullanmaktadır. Zarflı, negatif polariteli ve segment içermeyen (monopartit) bir RNA genomuna sahip olmasına karşın; hem viral transkripsiyon hem de genom replikasyonu için nükleusu kullanan ve transkriptlerini işlemek için hücresel "splicing" (uçbirleştirme) mekanizmasına gereksinim duyan virüs ailesi aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Bornaviridae

Cevap

Bornaviridae ailesi, negatif polariteli ve segmentli olmayan bir RNA genomuna sahip olmasına rağmen nükleusta replike olması ve splicing kullanmasıyla karakterizedir.
Doğru seçenek olan aile, Mononegavirales takımında yer alan, negatif polariteli, zarflı ve segmentli olmayan bir RNA genomuna sahip virüsleri içerir. Bu ailenin en benzersiz özelliği, RNA virüslerinin çoğundan farklı olarak hem transkripsiyon hem de replikasyon aşamalarını konak hücre nükleusunda gerçekleştirmesi ve viral proteinlerin ekspresyonu için hücresel splicing mekanizmasını kullanmasıdır.

Adım Adım Çözüm

1
Genomik yapının analizi
Negatif polariteli, segmentli olmayan (monopartit) RNA.
Soruda virüsün nükleik asit tipi ve segmentasyonu net olarak tanımlanmıştır.
2
Replikasyon yerinin tespiti
Nükleer replikasyon.
RNA virüsleri için alışılmadık bir durum olan nükleer replikasyon, ayırıcı tanıda kritik bir ipucudur.
3
Post-transkripsiyonel modifikasyonların incelenmesi
Hücresel splicing (uçbirleştirme) mekanizmasının kullanımı.
RNA virüsleri arasında splicing kullanımı oldukça nadirdir ve bu özellik nükleer replikasyonla ilişkilidir.
4
Verilerin sentezlenmesi
Bornaviridae ailesi (örneğin Borna disease virus).
Orthomyxoviridae nükleusta replike olsa da segmentli genomuyla ayrılırken, Bornaviridae segmentli olmayan yapısıyla bu tanıma tam uyar.

Anahtar Kavram

RNA virüslerinde nükleer replikasyon istisnaları ve Bornaviridae'nin benzersiz biyolojik özellikleri.
Soru 5Soru →

Kızamık enfeksiyonundan yıllar sonra gelişen ve merkezi sinir sisteminde ilerleyici nörolojik yıkımla seyreden Subakut Sklerozan Panensefalit (SSPE) patogenezinde; virüsün hücreden tomurcuklanarak (budding) salınmasını engelleyen ve viral persistansa yol açan temel yapısal kusur aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: MM (matriks) proteininin sentezlenememesi veya kusurlu olması

Cevap

MM (matriks) proteininin sentezlenememesi veya kusurlu olması SSPE patogenezindeki temel defekttir.
Subakut Sklerozan Panensefalit (SSPE), kızamık virüsünün merkezi sinir sisteminde persistans göstermesiyle karakterizedir. Bu tablonun temel nedeni, virüsün montajı ve hücreden tomurcuklanarak (budding) salınması için gerekli olan Matriks (MM) proteininin sentezindeki defekttir. MM proteini işlev görmediğinde, virionlar tam olarak olgunlaşamaz ve hücre içinde nükleokapsitler halinde birikerek kronik enfeksiyona yol açar.

Adım Adım Çözüm

1
Klinik tablonun ve ilişkili virüsün tanımlanması
SSPE'nin kızamık virüsünün merkezi sinir sistemindeki kalıcı (persistan) enfeksiyonu olduğu belirlenir.
SSPE, geçirilmiş kızamık öyküsünden yıllar sonra ortaya çıkan defektif viral bir komplikasyondur.
2
Persistansın moleküler mekanizmasının analizi
Virüsün tam bir virion oluşturup hücreden çıkamadığı (tomurcuklanamadığı) saptanır.
Nöronlarda saptanan viral yapılar sadece nükleokapsid formundadır; bu durum montaj (assembly) kusuruna işaret eder.
3
Montajdan sorumlu proteinin belirlenmesi
Zarf altı matriks (MM) proteininin sentezindeki kusur temel neden olarak tanımlanır.
MM proteini, nükleokapsid ile viral zarf arasındaki bağlantıyı kurarak tomurcuklanmayı sağlayan köprü proteindir.

Anahtar Kavram

SSPE Patogenezinde Matriks (M) Proteini Defekti
Tahmini Süre:1m 0s
Soru 6Soru →

Epstein-Barr Virüsü (EBV), B lenfositleri enfekte ettiğinde genomu dairesel bir epizom olarak kalır ve latens fazına girer. Bu süreçte eksprese edilen ve konak hücredeki CD40 reseptörünü taklit ederek tümör nekroz faktörü reseptörü (TNFR) sinyal yolağını sürekli aktif tutan, böylece hücrenin apoptozdan kaçınmasını ve sürekli proliferasyonunu sağlayan viral onkoprotein aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: LMP-1

Cevap

EBV onkogenezinde CD40 molekülünü taklit eden protein Latent Membran Proteini 1 (LMP-1) 'dir.
LMP-1 (Latent Membrane Protein 1), B lenfosit membranında kümelenerek konak hücrenin CD40 reseptörünün sürekli aktif halini taklit eder. Bu durum, antijen uyarısı olmaksızın NF-κB ve JNK sinyal yolaklarının aktivasyonuna, dolayısıyla hücrenin sürekli bölünmesine ve yaşamasına (ölümsüzleşmesine) yol açar. Bu mekanizma, EBV ilişkili lenfomaların patogenezinde temeldir.

Adım Adım Çözüm

1
EBV'nin B lenfositlerdeki latens proteinlerini tanımlayın.
EBNA serisi (1, 2, 3) ve LMP serisi (1, 2) proteinleri belirlenir.
Soru, latens fazındaki onkojenik mekanizmayı sormaktadır.
2
Onkojenik sinyal yolaklarını ve moleküler taklitçilik (mimicry) özelliklerini karşılaştırın.
LMP-1'in CD40 reseptörünü, LMP-2'nin ise B hücre reseptörünü (BCR) taklit ettiği ayırt edilir.
CD40 mimikrisi, B hücre aktivasyonu ve proliferasyonu için spesifik bir mekanizmadır.
3
CD40 taklidi üzerinden NF-κB aktivasyonu yapan proteini seçin.
LMP-1 proteinine ulaşılır.
LMP-1, TNFR-ilişkili faktörler (TRAF'lar) üzerinden sinyal göndererek hücrenin apoptoza girmesini engeller.

Anahtar Kavram

EBV Latent Membran Proteinlerinin (LMP) moleküler mimikri yoluyla hücre döngüsünü manipüle etmesi.
Soru 7Soru →

Hücresel prion proteininin (PrPCPrP^C), patojenik form olan PrPScPrP^{Sc}'ye dönüşümü sırasında meydana gelen değişimler ve bu yeni formun biyofiziksel özellikleri dikkate alındığında, aşağıdakilerden hangisi prionların karakteristik bir özelliğidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Moleküler yapısındaki β\beta-tabaka (beta-sheet) oranının artması, proteinin proteazlara karşı direncini ve agregasyon eğilimini artırır.

Cevap

Moleküler yapısındaki beta-tabaka oranının artmasıyla proteazlara direnç kazanmaları ve agregasyon eğilimi göstermeleri prionların temel özelliğidir.
Doğru seçenek, prionların patogenezindeki en temel mekanizmayı ve biyofiziksel sonucu açıklar. Normalde baskın olarak alfa-heliks yapısında olan PrPCPrP^C proteini, patolojik süreçte β\beta-tabaka yapısının baskın olduğu PrPScPrP^{Sc} formuna dönüşür. Bu yapısal değişim proteinin suda çözünürlüğünü azaltır, proteazlar tarafından sindirilmesini zorlaştırır ve beyinde agregatlar (amiloid plaklar) oluşturmasına neden olur.

Adım Adım Çözüm

1
Prion proteinlerinin temel yapısını analiz et.
Normal hücresel protein (PrPCPrP^C) alfa-heliks yapısındadır.
Hastalık süreci, bu yapının değişmesiyle başlar.
2
Konformasyonel değişim sonucunu değerlendir.
Patojenik formda (PrPScPrP^{Sc}) beta-tabaka oranı %40'ın üzerine çıkar.
Beta-tabaka yapısı, proteinin fiziksel stabilitesini ve kimyasal direncini belirleyen ana faktördür.
3
Biyokimyasal direnç özelliklerini kontrol et.
Prionlar proteazlara (Proteaz K), UV ışınlarına ve standart sterilizasyon koşullarına dirençlidir.
Nükleik asit yokluğu ve sıkı paketlenmiş protein yapısı bu direnci sağlar.

Anahtar Kavram

Prionlarda konformasyonel değişim (Alfa-heliks → Beta-tabaka) ve biyokimyasal direnç.

Daha Fazla Pratik

Prionların inaktivasyonunda kullanılan sodyum hipoklorit ve sodyum hidroksit gibi kimyasal yöntemlerin mekanizmalarını inceleyebilirsiniz.
Tahmini Süre:1m 0s
Soru 8Soru →

Mikrobiyoloji laboratuvarında bir hastadan izole edilen virüsün nükleik asit analizi yapıldığında genomunun DNA yapısında olduğu saptanmıştır. Aşağıdaki virüslerden hangisi bu bulguyla uyumlu bir etken olabilir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Adenovirüs

Cevap

Adenovirüs, genom yapısı olarak çift iplikli DNA içeren bir virüstür.
Adenovirüs, Adenoviridae ailesine ait, çift iplikli (dsDNAdsDNA) ve doğrusal genom yapısına sahip, zarfsız bir virüstür. Tıbbi mikrobiyolojide temel DNA virüs aileleri arasında yer alır.

Adım Adım Çözüm

1
Virüslerin nükleik asit tiplerini (DNA/RNA) sınıflandırın.
Adenovirüsün DNA; İnfluenza, Kızamık, Hepatit A ve Rinovirüsün RNA virüsü olduğu hatırlanır.
Tıbbi önemi olan virüsler nükleik asit tiplerine göre iki ana gruba ayrılır.
2
Seçeneklerdeki DNA virüsünü belirleyin.
Adenovirüsün Adenoviridae ailesinin bir üyesi ve bir DNA virüsü olduğu teyit edilir.
Soruda DNA genomu saptanan etken sorulmaktadır.

Anahtar Kavram

Virüslerin nükleik asit tiplerine göre (DNA vs RNA) temel sınıflandırılması.

Alternatif Yöntem

DNA virüslerini 'HHAPPPy' (Herpes, Hepadna, Adeno, Papilloma, Polyoma, Pox, Parvo) akronimi ile ezberlemek, RNA virüslerinden hızlıca ayırt etmenizi sağlar.
Tahmini Süre:35s
Soru 9Soru →

Creutzfeldt-Jakob hastalığı (CJD) tanısı düşünülen bir olguda, hastalık etkeni olan prionların (PrPscPrP^{sc}) biyokimyasal özellikleri incelenmektedir. Bu patojenik formun, normal hücresel prion proteininden (PrPcPrP^{c}) yapısal ve biyokimyasal olarak en önemli farkı aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Yüksek oranda β\beta-tabaka yapısı içermesi ve proteinaz K sindirimine kısmi direnç göstermesi

Cevap

Patojenik prion proteini (PrPscPrP^{sc}), hücresel prion proteininden (PrPcPrP^{c}) farklı olarak yüksek oranda β\beta-tabaka yapısı içermesi ve proteinaz K sindirimine dirençli olması ile karakterizedir.
Patojenik prion proteinleri (PrPscPrP^{sc}), normal formun (PrPcPrP^{c}) aksine yüksek oranda β\beta-tabaka yapısı içerir. Bu yapısal değişim, proteinin deterjanlarda çözünmez hale gelmesine, amiloid plaklar oluşturmasına ve proteinaz K gibi proteolitik enzimlere karşı kısmi direnç kazanmasına neden olur. Laboratuvar tanısında bu direnç, normal ve patojenik formun ayrımında kullanılır.

Adım Adım Çözüm

1
Prion hastalıklarının moleküler patogenezini hatırla.
Normal hücresel protein olan PrPcPrP^{c}'nin konformasyonel değişime uğrayarak patojenik PrPscPrP^{sc} formuna dönüşmesi esastır.
Hastalık, nükleik asit aktarımıyla değil, proteinin yanlış katlanmasıyla yayılır.
2
Normal ve patojenik form arasındaki yapısal farkları karşılaştır.
PrPcPrP^{c} ağırlıklı olarak α\alpha-heliks yapısındayken, PrPscPrP^{sc} ağırlıklı olarak β\beta-tabaka yapısındadır.
β\beta-tabakaların artışı, proteinin agregasyonuna ve amiloid benzeri plak oluşumuna neden olur.
3
Yapısal farkın biyokimyasal sonuçlarını değerlendir.
β\beta-tabaka zenginliği, patojeni proteinaz K gibi enzimlere dirençli ve deterjanlarda çözünmez hale getirir.
Bu direnç, prionların standart sterilizasyon yöntemlerine karşı dayanıklılığının ve tanıda kullanılan proteaz testlerinin temelidir.

Anahtar Kavram

Prionların patojenik formu (PrPscPrP^{sc}), normal hücresel formun (PrPcPrP^{c}) α\alpha-heliks yapısının β\beta-tabaka yapısına dönüşmesiyle oluşur ve bu durum proteaz direncine yol açar.
Soru 10Soru →

Sistemik Lupus Eritematozus (SLE) tanısı ile takip edilen ve yüksek doz (>20>20 mg/gün) kortikosteroid tedavisi alan bir hastanın, sarı humma (Yellow Fever) hastalığının endemik olduğu bir bölgeye seyahati planlanmaktadır. Bu hastada sarı humma aşısının uygulanmasının kontrendike olma nedeni ve aşının normalde indüklediği immünolojik süreçle ilgili aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Aşının canlı atenüe olması; virüsün konak hücresinde replike olarak endojen yolla MHC Sınıf I üzerinden sunulması

Cevap

Sarı humma aşısı canlı atenüe bir aşıdır; konak hücresinde replike olarak endojen antijen sentezine yol açar ve bu antijenler MHC Sınıf I aracılığıyla sunulur.
Doğru yanıt olan seçenek, sarı humma aşısının canlı atenüe karakterini ve bu karakterin gerektirdiği hücresel işleme mekanizmasını tam olarak açıklamaktadır. Canlı aşılar hücreyi enfekte eder, viral proteinler sitoplazmada sentezlenir (endojen), proteazomlarda peptidlere parçalanır, TAP proteinleri ile endoplazmik retikuluma taşınır ve burada MHC Sınıf I molekülleri ile birleşerek yüzeye çıkarılır. Bu süreç, immün sistemi baskılanmış hastalarda aşının neden riskli olduğunu (kontrolsüz replikasyon) da açıklar.

Adım Adım Çözüm

1
Vaka analizi ve aşı tipi belirleme
Sarı humma aşısının canlı atenüe (17D suşu) olduğu belirlendi.
Aşı türünü bilmek, kontrendikasyonları ve immünolojik yolağı anlamanın ilk adımıdır.
2
Klinik kontrendikasyon değerlendirmesi
Yüksek doz kortikosteroid alan hastanın immün sistemi baskılanmıştır; canlı aşılar bu durumda kontrendikedir.
Canlı aşılar immünsüpresiflerde kontrolsüz replikasyon riski taşır.
3
Antijen işleme yolağının analizi
Canlı aşılar hücre içi replikasyon ile endojen antijen üretir; bu antijenler proteazom/TAP yolağı ile MHC Sınıf I'e yüklenir.
MHC Sınıf I sunumu için antijenin sitoplazmada (endojen) bulunması gerekir.

Anahtar Kavram

Canlı atenüe viral aşılar, inaktif aşıların aksine konak hücresini enfekte ederek endojen protein sentezine yol açar ve MHC Sınıf I aracılı CD8+CD8^+ sitotoksik T hücre yanıtını güçlü bir şekilde uyarırlar.
Soru 11Soru →

Viral aşıların üretiminde kullanılan teknolojiler, aşının immünojenitesini, güvenliğini ve uygulama kontrendikasyonlarını belirler. Günümüzde yaygın olarak kullanılan insan papillomavirüs (HPV) aşısının yapısı ve özellikleri ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: L1 majör kapsid proteininden oluşan ve viral nükleik asit içermeyen 'virüs benzeri partikül' (VLP) yapısındadır.

Cevap

HPV aşısı, L1 majör kapsid proteininden oluşan ve nükleik asit içermeyen virüs benzeri partikül (VLP) yapısındadır.
HPV aşısı, rekombinant DNA teknolojisi kullanılarak üretilen L1 majör kapsid proteinlerinin bir araya gelmesiyle oluşan virüs benzeri partiküllerden (VLP) meydana gelir. Bu partiküller, gerçek virüsün kapsid yapısını morfolojik olarak taklit eder ancak viral genetik materyal (DNA) içermezler. Bu özellikleri sayesinde enfeksiyona yol açmadan güçlü bir nötralizan antikor yanıtı indüklerler.

Adım Adım Çözüm

1
Etken virüsün sınıflandırılmasını yapın.
HPV, Papillomaviridae ailesinden zarfsız bir DNA virüsüdür.
Aşının içeriği ve hedeflediği viral komponentleri anlamak için temel mikrobiyolojik bilgi gereklidir.
2
Aşının üretim teknolojisini belirleyin.
HPV aşısı rekombinant teknoloji ile maya veya böcek hücrelerinde üretilir.
Aşının immünojenik kısmının nasıl elde edildiği, aşının tipini (canlı, inaktive, rekombinant) belirler.
3
Aşının yapısal içeriğini analiz edin.
L1 kapsid proteinleri birleşerek VLP (Virus-like particle) oluşturur; bu yapı viral DNA içermez.
VLP yapısı, virüsün dış görünüşünü taklit ederek güçlü bir bağışıklık uyarısı sağlar ancak enfeksiyöz değildir.

Anahtar Kavram

HPV aşısı, DNA içermeyen rekombinant bir 'virüs benzeri partikül' (VLP) aşısıdır.
Tahmini Süre:1m 30s
Soru 12Soru →

HIV (Human Immunodeficiency VirusHuman \ Immunodeficiency \ Virus) infeksiyonunda, virüsün kapsid (corecore) yapısını oluşturan ve erken tanıda kanda antijenemi testi ile saptanabilen majör protein aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: p24p24

Cevap

HIV virüsünün kapsid yapısını oluşturan ve tanısal önemi olan protein p24p24'tür.
HIV virüsünde p24p24 proteini, virüsün RNA genomunu ve enzimlerini içeren konik şekilli kapsid (öz) yapısını oluşturur. Enfeksiyonun erken evrelerinde antikorlar henüz oluşmadan kanda saptanabildiği için tanısal değeri yüksektir.

Adım Adım Çözüm

1
HIV virion yapısındaki temel bileşenleri ve yerleşimlerini değerlendirin.
HIV; dışta bir zarf (envelope), altında bir matris ve en içte genomu çevreleyen bir kapsid yapısından oluşur.
Proteinlerin görevlerini belirlemek için yapıdaki yerlerini bilmek gerekir.
2
Kapsid yapısında bulunan ve tanısal değeri olan proteini tanımlayın.
Kapsid yapısı p24p24 proteini tarafından oluşturulur ve bu antijen kanda virüsün en erken saptanabilen belirteçlerinden biridir.
Klinik mikrobiyolojide 'p24 antijenemi' testi HIV erken tanısının temelidir.
3
Seçeneklerdeki diğer bileşenlerin görevlerini eleyin.
gp120gp120 ve gp41gp41 zarf glikoproteinleri, revers transkriptaz ve integraz ise replikasyon enzimleridir.
Doğru yanıtı teyit etmek için yapısal proteinler ile fonksiyonel enzimler ayırt edilmelidir.

Anahtar Kavram

HIV yapısal proteinleri ve p24p24 kapsid antijeni.
Soru 13Soru →

İnsan immün yetmezlik virüsü (HIV−1HIV-1) replikasyon döngüsünde; viral genomun revers transkripsiyonu tamamlandıktan sonra oluşan ön-entegrasyon kompleksinin (PICPIC) nükleer porlardan aktif taşınmasında görev alan ve aynı zamanda enfekte hücreyi hücre döngüsünün G2G_2 fazında durdurarak viral transkripsiyon için optimal koşulları sağlayan aksesuar protein hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: VprVpr

Cevap

Viral protein R (VprVpr), ön-entegrasyon kompleksinin nükleusa girişini sağlar ve hücreyi G2G_2 fazında durdurur.
Doğru seçenek olan protein (VprVpr), HIV−1HIV-1 replikasyonunda 'Viral Protein R' olarak adlandırılır. Bölünmeyen hücrelerde (örneğin makrofajlar) nükleer lokalizasyon sinyalleri taşıyarak ön-entegrasyon kompleksinin çekirdek içine aktif geçişini sağlar. Ayrıca konak hücreyi G2/MG_2/M sınırında durdurarak viral mRNAmRNA sentezi için en verimli ortamı hazırlar.

Adım Adım Çözüm

1
Virüsün aksesuar gen ürünlerini ve fonksiyonlarını analiz et.
HIV−1HIV-1 genetiğinde vifvif, vprvpr, vpuvpu ve nefnef aksesuar genlerdir.
Soruda istenen 'nükleer taşıma' ve 'G2G_2 duraklaması' fonksiyonlarını bu gruptan bir protein üstlenir.
2
VprVpr proteininin spesifik görevlerini değerlendir.
VprVpr proteininin, makrofajlar gibi bölünmeyen hücrelerde bile viral DNADNA'nın nükleusa girmesini sağladığı ve hücre döngüsünü manipüle ettiği bilinmektedir.
G2G_2 fazında duran hücrelerde viral LTRLTR promotoru en yüksek aktiviteyi gösterir.
3
Diğer seçenekleri ele.
VifVif (APOBEC3GAPOBEC3G), VpuVpu (virion salınımı), NefNef (MHC/CD4MHC/CD4 down-regülasyonu) ve TatTat (transaktivasyon) farklı görevlere sahiptir.
Tanımlanan iki spesifik fonksiyon sadece VprVpr ile eşleşmektedir.

Anahtar Kavram

HIV-1 aksesuar proteinlerinin (VprVpr) replikasyon döngüsündeki ve hücre döngüsü üzerindeki etkileri.

Alternatif Yöntem

Aksesuar proteinleri 'VN-VVT' (Vif, Nef, Vpu, Vpr, Tat) kısaltmasıyla ve anahtar kelimeleriyle (Vif-Mutasyon, Nef-Yüzey, Vpu-Salınım, Vpr-G2/Nükleus) ezberlemek pratik bir yaklaşımdır.
Tahmini Süre:50s
Soru 14Soru →

B lenfositlerin yüzeyinde bulunan CD21CD21 (kompleman reseptörü tip 2) molekülünü hücresel reseptör olarak kullanarak enfeksiyon başlatan DNADNA virüsü aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Epstein-Barr virüsü

Cevap

Epstein-Barr virüsü (EBV), B lenfosit yüzeyindeki CD21CD21 molekülünü reseptör olarak kullanır.
Epstein-Barr virüsü (EBV), glikoprotein kompleksleri (özellikle gp350/220gp350/220) aracılığıyla B lenfositlerin yüzeyinde bulunan ve kompleman reseptörü tip 2 (CR2CR2) olarak da bilinen CD21CD21 molekülüne bağlanarak enfeksiyonu başlatır.

Adım Adım Çözüm

1
Hücresel reseptör ve hedef hücre eşleşmesini değerlendir.
B lenfositleri hedefleyen ve CD21CD21 (CR2CR2) reseptörüne bağlanan virüs aranmaktadır.
Soruda spesifik bir virüs-reseptör etkileşimi sorgulanmaktadır.
2
DNADNA virüsleri içinden bu özelliği gösteren etkeni hatırla.
Epstein-Barr virüsü (EBV), GammaherpesvirinaeGammaherpesvirinae alt ailesinden bir DNADNA virüsüdür ve bu reseptörü kullanır.
EBV'nin B lenfosit tropizmi bu reseptör etkileşimine dayanır.

Anahtar Kavram

Virüslerin hücreye girişi ve doku tropizmi (EBV - CD21CD21 etkileşimi).
Tahmini Süre:45s
Soru 15Soru →

Prionlar, klasik enfeksiyöz ajanlardan farklı olarak nükleik asit içermeyen ve konakçı proteinlerinin yapısal değişimi ile ortaya çıkan patojenlerdir. Prion hastalıklarının (örn. Creutzfeldt-Jakob Hastalığı) özellikleri ve patogenezi ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi yanlıştır?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Creutzfeldt-Jakob Hastalığı tanısı düşünülen bir hastanın beyin dokusunda, prion birikimine eşlik eden yoğun nötrofilik infiltrasyon ve mikroapseler en tipik bulgudur.

Cevap

Creutzfeldt-Jakob Hastalığı'nda yoğun nötrofilik infiltrasyon ve mikroapselerin görüldüğünü belirten ifade yanlıştır; çünkü prion hastalıklarında karakteristik olarak inflamatuar yanıt izlenmez.
Prion hastalıklarının en temel özelliklerinden biri, santral sinir sisteminde ciddi bir dejenerasyon yapmalarına rağmen klasik bir inflamatuar yanıtın (nötrofil veya lenfosit infiltrasyonu, mikroapse) eşlik etmemesidir. Bu nedenle histopatolojik incelemede inflamasyon bulgularının tipik olduğunu savunan ifade hatalıdır.

Adım Adım Çözüm

1
Prionların biyokimyasal yapısını değerlendir.
Prionlar nükleik asit içermeyen, sadece protein yapısında olan ajanlardır. Normal PrPc (α\alpha-heliks baskın) formunun patojenik PrPsc (β\beta-kırmalı tabaka baskın) formuna dönüşmesiyle oluşurlar.
Prion patogenezinin temel moleküler mekanizmasını anlamak için.
2
Direnç özelliklerini incele.
Nükleik asit içermedikleri için UV, iyonize radyasyon ve nükleazlara dirençlidirler. Ayrıca proteazlara karşı kısmi direnç gösterirler.
Ajanın sterilizasyon şartlarına ve enzimlere yanıtını belirlemek için.
3
Patolojik ve immünolojik yanıtı analiz et.
Prion birikimi beyinde spongiform (süngerimsi) dejenerasyon, vakuolizasyon ve nöron kaybı yapar. Ancak vücut bu proteinleri 'yabancı' olarak algılamadığı için inflamatuar bir yanıt veya bağışıklık cevabı (antikor üretimi, lökosit infiltrasyonu) gelişmez.
Tanısal ve klinik özelliklerin doğruluğunu kontrol etmek için.

Anahtar Kavram

Prion hastalıklarında nükleik asit yokluğu ve inflamatuar yanıtın eksikliği.
Tahmini Süre:1m 15s
Soru 16Soru →

4444 yaşında, kronik hepatit BB (HBVHBV) ve kronik hepatit DD (HDVHDV) ko-enfeksiyonu tanısıyla izlenen bir kadın hastanın tedavi rejimine, virüsün hepatositlere girişinde anahtar rol oynayan sodyum-taurokolat kotransporting polipeptit (NTCPNTCP) reseptörünü bloke eden yeni bir ajan (Bulevirtide) eklenmiştir. Bu ilacın, HBVHBV zarf yapısındaki belirli bir protein bölgesini taklit ederek reseptöre kompetitif olarak bağlandığı bilinmektedir. Buna göre, bu antiviral ajanın sentetik bir analoğu olduğu ve NTCPNTCP reseptörü ile doğrudan etkileşime girerek hem HBVHBV hem de HDVHDV girişini engelleyen viral yapı aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Büyük (LL) yüzey antijeninin (L−HBsAgL-HBsAg) myristoyillenmiş N-terminal pre−S1pre-S1 alanı

Cevap

Büyük (LL) yüzey antijeninin (L−HBsAgL-HBsAg) myristoyillenmiş N-terminal pre−S1pre-S1 alanı
Doğru yanıt olan büyük (LL) yüzey antijeninin (L−HBsAgL-HBsAg) myristoyillenmiş N-terminal pre−S1pre-S1 alanı, virüsün hepatosit yüzeyindeki NTCPNTCP (sodyum-taurokolat kotransporting polipeptit) reseptörüne bağlanmasını sağlayan en kritik yapıdır. Bu bölgedeki 2−482-48. amino asitler arasındaki dizi ve buraya eklenen myristoyl yağ asidi zinciri, reseptör tanınması ve viral giriş için zorunludur. Bulevirtide gibi yeni nesil antiviral ilaçlar bu bölgeyi taklit ederek reseptörü bloke eder.

Adım Adım Çözüm

1
Hastanın klinik tablosunu ve kullanılan ilacın mekanizmasını analiz et.
Hasta kronik HBVHBV ve HDVHDV ko-enfeksiyonuna sahiptir; ilaç (NTCPNTCP inhibitörü) virüsün hücreye girişini engellemektedir.
İlacın hedefi olan NTCPNTCP, virüsün hepatosite girişi için zorunlu olan reseptördür.
2
HBVHBV zarf proteinlerinin yapılarını ve fonksiyonlarını hatırla.
HBVHBV zarfında üç tip yüzey proteini bulunur: LL (Büyük), MM (Orta) ve SS (Küçük). L−HBsAgL-HBsAg, diğerlerinden farklı olarak pre−S1pre-S1 alanını içerir.
Reseptör bağlanma bölgeleri genellikle virüsün en dış yüzeyinde yer alan spesifik protein alanlarıdır.
3
NTCPNTCP reseptörü ile etkileşime giren spesifik moleküler bölgeyi belirle.
NTCPNTCP reseptörüne bağlanan ana yapı, L−HBsAgL-HBsAg üzerindeki pre−S1pre-S1 alanının N-terminalindeki myristoyillenmiş segmenttir.
Bu bölge, virüsün doku tropizmini belirleyen ve enfeksiyonu başlatan kritik liganddır.

Anahtar Kavram

Hepatit B ve D virüsleri, hepatosite giriş için L−HBsAgL-HBsAg üzerindeki pre−S1pre-S1 alanı aracılığıyla NTCPNTCP reseptörünü kullanırlar.
Tahmini Süre:2m 0s
Soru 17Soru →

Multipl skleroz (MS) tanısıyla natalizumab tedavisi görmekteyken progresif multifokal lökoensefalopati (PML) tablosu gelişen bir hastanın beyin omurilik sıvısında (BOS) JC virüs (JCV) saptanmıştır. Tanı konulan bu etkenin replikasyon ve yapısal özellikleri dikkate alındığında, aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: DNA replikasyonu sürecinde konak hücrenin DNA polimeraz enzimini kullanır.

Cevap

JC virüsün de dahil olduğu Polyomaviridae ailesi üyeleri, genomları çok küçük olduğu için replikasyon için konak hücrenin DNA polimerazına bağımlıdırlar.
JC virüsü, Polyomaviridae ailesinin bir üyesidir. Bu ailedeki virüsler yaklaşık 5 kb büyüklüğünde, oldukça küçük genomlara sahiptir. Kendi DNA polimerazlarını kodlayacak kapasiteleri olmadığı için, Large T antijeni aracılığıyla konak hücreyi S fazına sokarak hücrenin DNA polimeraz (alfa ve delta) sistemini replikasyon için kullanırlar.

Adım Adım Çözüm

1
Klinik tabloyu analiz et
Natalizumab kullanımı ve PML gelişimi, etkenin JC virüsü (Polyomaviridae) olduğunu gösterir.
PML, JC virüsünün reaktivasyonu sonucu gelişen ve demiyelinizasyonla karakterize tipik bir tablodur.
2
Virüsün genomik ve replikatif özelliklerini hatırla
JC virüs; zarfsız, dairesel çift iplikli DNA genomuna sahip bir virüstür.
Polyomavirüsler ve Papillomavirüsler küçük, zarfsız ve dairesel DNA genomuna sahip virüs gruplarıdır.
3
Enzimatik gereksinimleri karşılaştır
Polyomavirüsler kendi DNA polimerazını kodlamaz, konak hücrenin S fazı enzimlerini kullanır.
Büyük DNA virüsleri (Herpes, Pox, Adeno) kendi polimerazlarını kodlarken, küçük olanlar (Polyoma, Papilloma) konak sistemine bağımlıdır.

Anahtar Kavram

DNA virüslerinde genom büyüklüğü ve replikasyon enzimi kaynağı arasındaki ilişki (Küçük DNA virüsleri konak DNA polimerazını kullanır).
Tahmini Süre:2m 0s
Soru 18Soru →

İnfluenza virüs replikasyon döngüsünde, yeni sentezlenen virionların konak hücre yüzeyindeki sialik asit reseptörlerinden ayrılmasını ve komşu hücrelere yayılmasını sağlayan nöraminidaz enzimini kompetitif olarak inhibe eden antiviral ilaç aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Oseltamivir

Cevap

İnfluenza virüsünün nöraminidaz enzimini inhibe ederek viral salınımı engelleyen ilaç Oseltamivir'dir.
Oseltamivir, influenza virüsünün yüzeyinde bulunan nöraminidaz enzimini kompetitif ve geri dönüşümlü olarak inhibe eder. Bu enzim, virüsün konak hücre yüzeyindeki sialik asit reseptörlerine olan bağını kopararak yeni sentezlenen virionların serbest kalmasını sağlar. İnhibisyon sonucunda virüsler hücre yüzeyinde kümelenmiş halde kalır ve enfeksiyonun yayılımı durur.

Adım Adım Çözüm

1
Viral replikasyon basamağının belirlenmesi
Soruda tanımlanan mekanizma 'salınım' (releaserelease) ve 'yayılım' basamağına aittir.
Sialik asit bağının koparılması, virüsün hücreden ayrılması için kritik adımdır.
2
İlgili enzimin tanımlanması
Bu işlemi gerçekleştiren viral enzim nöraminidazdır (NANA).
Hemaglutinin (HAHA) tutunmayı sağlarken, nöraminidaz ayrılmayı sağlar.
3
Enzimi inhibe eden ilacın seçilmesi
Oseltamivir, nöraminidazı inhibe eden temel antiviral ajandır.
Nöraminidaz inhibitörleri (oseltamivir, zanamivir, peramivir) influenza tedavisinde bu mekanizmayla çalışır.

Anahtar Kavram

İnfluenza nöraminidaz inhibitörleri, yeni oluşan virüslerin konak hücreden ayrılmasını engelleyerek viral yayılımı durdurur.
Soru 19Soru →

Viral replikasyon döngüsü sırasında nükleokapsid ilişkili polimerazın endonükleaz aktivitesi aracılığıyla konak hücreye ait mRNA'ların 5′5' terminal uçlarını 'başlık çalma' (cap-snatching) yöntemiyle sitoplazmada kullanan; genomu zarf içerisinde, helikal simetrili nükleokapsid yapısında üç ayrı segmentten oluşan negatif polariteli (bazı cinsleri ambisense) RNA özelliğine sahip viral aile aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Bunyaviridae

Cevap

Bunyaviridae ailesi; sitoplazmada cap-snatching yapan, helikal simetrili, zarflı ve 3 segmentli negatif/ambisense RNA genomuna sahip olan gruptur.
Bunyaviridae ailesi, TUS mikrobiyoloji müfredatında cap-snatching mekanizmasını sitoplazmada gerçekleştiren ve 3 segmentli (L-Large, M-Medium, S-Small) RNA genomuna sahip olan tek zarflı virüs ailesidir. Phlebovirus gibi bazı cinslerinin ambisense (hem negatif hem pozitif kodlama kapasitesi) özellik göstermesi de tipik bir tanım bilgisidir.

Adım Adım Çözüm

1
Transkripsiyon mekanizmasının belirlenmesi
Cap-snatching kullanan aileler: Orthomyxoviridae, Bunyaviridae ve Arenaviridae.
Bu virüsler kendi başlık (cap) yapılarını sentezleyemedikleri için konak mRNA'larını kullanırlar.
2
Replikasyon lokasyonunun analizi
Bunyaviridae ve Arenaviridae sitoplazmada; Orthomyxoviridae ise çekirdekte replike olur.
Soru kökünde işlemin sitoplazmada gerçekleştiği belirtilmiştir.
3
Genomik segment sayısının kontrolü
Bunyaviridae 3 segmentli, Arenaviridae ise 2 segmentlidir.
Soru kökündeki 'üç ayrı segment' ifadesi ayırıcı tanıyı sağlar.
4
Morfolojik özelliklerin doğrulanması
Bunyaviridae; zarflı, helikal simetrili ve negatif/ambisense RNA yapısındadır.
Bu veriler soru kökündeki tüm tanımlamalarla tam uyum gösterir.

Anahtar Kavram

Segmentli RNA virüslerinin replikasyon stratejileri ve yapısal ayırımı
Tahmini Süre:2m 0s
Soru 20Soru →

Yüksek ateş, kuru öksürük ve şiddetli miyalji şikayetleriyle başvuran bir hastadan izole edilen; 88 segmentli, negatif polariteli RNARNA genomuna sahip ve zarflı bir virüsün replikasyon özellikleri incelenmektedir. Bu virüsün replikasyon döngüsünde görülen ve onu diğer birçok retrovirüs dışı RNARNA virüsünden ayıran temel özellik aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Genom replikasyonu ve transkripsiyonunun konak hücre çekirdeğinde gerçekleşmesi

Cevap

Genom replikasyonu ve transkripsiyonunun konak hücre çekirdeğinde gerçekleşmesi
Influenza virüsleri (Orthomyxoviridae), negatif polariteli ve segmentli RNA genomuna sahip zarflı virüslerdir. Çoğu RNA virüsü sitoplazmada replike olurken, Influenza virüsleri mRNA sentezi (transkripsiyon) ve genom replikasyonu için konak hücre çekirdeğini kullanırlar. Bu süreçte konak hücrenin mRNA'larından 'cap' (başlık) yapılarını kopararak kendi mRNA'ları için primer olarak kullanırlar (cap-snatching).

Adım Adım Çözüm

1
Virüsün tanımlanması
Influenza virüsü (Orthomyxoviridae)
8 segmentli, negatif polariteli RNA genomu ve klinik tablo (grip) bu virüse işaret eder.
2
Replikasyon yerinin belirlenmesi
Hücre çekirdeği
Influenza virüsü, diğer birçok RNA virüsünün aksine transkripsiyon ve genom replikasyonunu çekirdekte gerçekleştirir.
3
Ayırıcı özelliğin seçilmesi
Çekirdek fazı
Bu süreçte konak hücrenin pre-mRNA'larından 'cap-snatching' yöntemiyle başlık çalması çekirdekte gerçekleşen kritik bir adımdır.

Anahtar Kavram

Orthomyxoviridae ailesinin (Influenza) RNA virüsleri arasında istisnai olarak çekirdekte replike olması.
Sayfa 1 / 23Sonraki