Amino Asitler ve Proteinler

Laboratuvar şartlarında saflaştırılmak istenen üç farklı proteinin izoelektrik noktaları ($pI$) aşağıda verilmiştir:

- Protein K: $pI = 5.0$
- Protein L: $pI = 7.0$
- Protein M: $pI = 9.0$

Bu protein karışımı $pH = 7.0$ değerindeki bir tampon çözelti içerisinde DEAE-selüloz (anyon değiştirici) kolonuna uygulandığında, proteinlerin kolon üzerindeki davranışı ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Peptid bağının biyokimyasal özellikleri ve vücutta fizyolojik rolleri bulunan aktif peptidler ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Proteinlerin hiyerarşik yapısal organizasyonu ve bu yapıları stabilize eden biyokimyasal kuvvetler dikkate alındığında, sekonder yapı ($\alpha$-heliks, $\beta$-kırmalı tabaka) ile tersiyer yapı arasındaki temel stabilizasyon farkı aşağıdakilerin hangisinde doğru olarak verilmiştir?

Proteinlerin hiyerarşik organizasyonunda yer alan yapısal birimler, bu birimlerin katlanma dinamikleri ve stabilizasyonları dikkate alındığında; 'motifler' (süpersekonder yapılar) ve 'domainler' (alanlar) ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Karaciğerde sentezlenen bir plazma proteini ile ilgili şu bilgiler verilmiştir:

- Kalsiyum ve fosfat iyonları ile etkileşime girerek 'kalsiprotein partikülleri' ($CPP$) oluşturur ve böylece hidroksiapatit çökelmesini (ektopik kalsifikasyon) sistemik olarak inhibe eder.
- Negatif bir akut faz reaktanıdır.
- İnsülin reseptör tirozin kinaz aktivitesini inhibe ederek insülin direncine katkıda bulunur.

Yukarıda özellikleri tanımlanan plazma proteini aşağıdakilerden hangisidir?

Amino asitlerin yan zincir ($R$ grubu) özellikleri, proteinlerin yapısı ve fonksiyonu üzerinde belirleyici rol oynar. Yan zincirinde bulunan imidazol halkasının $pKa$ değerinin ($\approx 6.0$) fizyolojik $pH$ ($7.4$) değerine yakın olması sayesinde vücut sıvılarında önemli bir tamponlama kapasitesine sahip olan ve insan vücudu için esansiyel kabul edilen amino asit aşağıdakilerden hangisidir?

Hemoglobin, dokulardaki düşük $pH$ ve yüksek $pCO_2$ ortamında oksijenini bırakma eğilimi gösteren (Bohr etkisi) ve $2,3-BPG$ gibi allosterik düzenleyicilerle fonksiyonu kontrol edilen tetramerik bir proteindir. Bu süreçte molekülün T (tense/gergin) ve R (relaxed/gevşek) konformasyonları arasındaki geçiş moleküler düzeydeki fonksiyonu belirler. Buna göre, aşağıdakilerden hangisi hemoglobinin T (deoksi) konformasyonunu stabilize eden veya bu formun temel yapısal özelliklerinden biri olan moleküler mekanizmalardan biri değildir?

İzoelektrik noktası ($pI$) $6,0$ olan bir amino asit, $pH$ değeri $8,0$ olan bir tampon çözelti içerisine yerleştirilmiştir. Bu amino asidin çözeltideki net yük durumu ve bir elektrik alanına maruz kaldığında göç edeceği kutup aşağıdakilerden hangisidir?

$L$-Lizin amino asidinin iyonlaşabilen gruplarının $pK_a$ değerleri sırasıyla $2,18$ ($\alpha$-karboksil), $8,95$ ($\alpha$-amino) ve $10,53$ ($\epsilon$-amino) olarak belirlenmiştir. Bu amino asit örneği, moleküllerinin tam olarak yarısının net $+1$ yüke sahip olduğu, geri kalan yarısının ise elektriksel olarak nötr (zwitterion, net yükü sıfır) bulunduğu bir tampon sistemine yerleştirilmiştir. Buna göre, bu tampon sisteminin $pH$ değeri aşağıdakilerden hangisidir?

Peptid bağının ($C-N$) elektronik delokalizasyonu sonucu oluşan rezonans hibrit karakteri ve bu durumun polipeptid omurgasının konformasyonel kısıtlılığı ile biyolojik aktif peptidlerin yapısal özellikleri dikkate alındığında, aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Kronik inflamatuar bir hastalık olan romatoid artrit tanısıyla izlenen 45 yaşındaki bir kadın hastada, belirgin halsizlik ve demir eksikliği anemisi bulguları mevcuttur. Laboratuvar incelemesinde serum demiri düşük, ferritin düzeyi ise inflamasyon nedeniyle yüksek ($350 \text{ ng/mL}$) bulunmuştur. Ancak hastanın total demir bağlama kapasitesinin (TDBK), demir eksikliğinde beklenen belirgin artışı göstermediği ve referans aralığın alt sınırına yakın ($210 \text{ \mu g/dL}$) kaldığı saptanmıştır.

Bu hastada TDBK'nın (transferrin) yükselmemesinin temel biyokimyasal nedeni aşağıdakilerden hangisidir?

Proteinlerin hiyerarşik yapısal organizasyonu, katlanma dinamikleri ve bu süreçleri stabilize eden termodinamik kuvvetler dikkate alındığında; polipeptid zincirinin katlanması ve yapısal birimlerin özellikleri hakkında aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Proteinlerin biyolojik aktif konformasyonlarını kazanmasında amino asitlerin uzaysal yönelimleri ve stereokimyasal özellikleri belirleyici bir rol oynar. Standart amino asitlerin büyük çoğunluğu sadece bir adet asimetrik merkez (alfa-karbon) içermesine rağmen, bazı amino asitler yapısal özellikleri gereği ek şiral merkezler barındırırlar.

Buna göre, aşağıdaki amino asit çiftlerinden hangisinin her iki üyesi de yapısında birden fazla asimetrik karbon atomu bulundurması nedeniyle teorik olarak dört farklı stereoizomer oluşturma potansiyeline sahiptir?

Hücre içerisinde yeni sentezlenen polipeptid zincirlerinin uygun üç boyutlu yapıya katlanmasını sağlayan ve bu süreçte protein agregasyonunu önleyen şaperon proteinlerinin (örneğin $Hsp70$) fonksiyonel mekanizması ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Proteinlerin sentez sonrası hiyerarşik olarak katlanarak fonksiyonel konformasyonlarını kazanmaları ve yapısal organizasyon düzeyleri ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Amino asitlerin polimerizasyonu ile oluşan peptid bağı, sadece bir bağlayıcı birim değil, aynı zamanda proteinlerin üç boyutlu konformasyonunu dikte eden elektronik bir 'kilit' görevi görür. Bu bağın rezonans hibrit yapısı ve biyolojik aktif peptidlerdeki yapısal varyasyonlar dikkate alındığında, aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Proteinlerin hiyerarşik organizasyonunda, polipeptid zincirinin kendi üzerine katlanarak globüler bir form kazanmasında kritik rol oynayan ve sekonder yapı elemanlarını birbirine bağlayan $\beta$-dönüş ($\beta$-turn) yapıları ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Klinik biyokimya laboratuvarına gönderilen kan örneklerinde 'serum' ve 'plazma' ayrımı büyük önem taşır. Pıhtılaşmış kandan elde edilen serum ile antikoagülanlı kandan elde edilen plazma arasındaki temel fark, serumda aşağıdaki plazma proteinlerinden hangisinin bulunmamasıdır?

İyonize olabilen üç farklı gruba sahip olan histidin amino asidinin $pK_a$ değerleri $pK_{a1}$ ($\alpha$-karboksil) = $1,8$, $pK_{a2}$ ($\alpha$-amino) = $9,2$ ve $pK_{aR}$ (imidazol yan zinciri) = $6,0$ olarak verilmiştir. Buna göre, $pH$ değeri tam olarak $6,0$ olan bir tampon çözeltide bulunan histidin moleküllerinin iyonizasyon durumu ve net yükü ile ilgili aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Proteinlerin moleküler ağırlıklarını saptamak amacıyla laboratuvarlarda yaygın olarak kullanılan **$SDS-PAGE$ (Sodyum Dodesil Sülfat - Poliakrilamid Jel Elektroforezi) tekniği ve bu yöntemde kullanılan reaktiflerin işlevleri ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi yanlıştır**?