Ökaryotik hücrelerde genomik DNA'nın organizasyonu ve topolojik durumu, replikasyon ve transkripsiyon gibi işlemler sırasında dinamik olarak değişir. Kapalı halkasal bir DNA molekülünün topolojik özelliklerini tanımlayan denklemi (Linking Number, Twist ve Writhe) dikkate alındığında, bu yapısal organizasyon ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?
- Fosfodiester bağlarından en az biri geçici olarak kırılmadığı sürece, DNA molekülünün konformasyonu ne kadar değişirse değişsin değeri sabit kalır.Cevap
- BNegatif süperkıvrımlı bir DNA molekülünde "Writhe" () değeri pozitif bir sayıdır ve bu durum baz dizilerinin açılmasını zorlaştırır.
- CTip I topoizomerazlar, çift zincirli DNA'nın her iki zincirini de eş zamanlı keserek değerini ikişerli birimler () halinde değiştirir.
- DDNA molekülünün ikincil yapısındaki heliks dönüş sayısını temsil eden "Twist" (), sadece DNA'nın uzaydaki üçüncül paketlenme biçimine bağlıdır.
- EEtidyum bromür gibi bazlar arasına giren interkale ajanlar, sarmalı daha sıkı sararak "Twist" () değerini artırır ve değerini yükseltir.
Cevap
Fosfodiester bağları kırılmadığı sürece kapalı halkasal DNA'nın Linking Number () değeri sabittir.
Kapalı halkasal DNA moleküllerinde, fosfodiester bağları kovalent olarak kapalı olduğu için, zincirlerin birbirini kesip geçmesine izin veren bir enzim (topoizomeraz) müdahalesi olmadığı sürece toplam düğüm sayısı () geometrik değişikliklerden etkilenmez ve sabit kalır.
Adım Adım Çözüm
Anahtar Kavram
DNA Topolojisi ve Linking Number İnvaryantlığı