Examkin

Nükleik Asit Yapısı ve Organizasyonu

21 soru

Soru 1Soru →

Bir araştırmacı, laboratuvarda saflaştırdığı bir nükleik asit örneğini alkali (NaOHNaOH) çözeltisi ile muamele ettiğinde, polimer yapısının bozulmadığını ve hidrolize karşı direnç gösterdiğini saptamıştır. Bu nükleik asit molekülünün alkaliye karşı gösterdiği bu direncin temel yapısal nedeni aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Pentoz şekerinin 2′2' karbonunda hidroksil (−OH-OH) grubunun bulunmaması

Cevap

Pentoz şekerinin 2′2' karbonunda hidroksil (−OH-OH) grubunun bulunmaması nükleik asitlere alkali direnci kazandırır.
DNA'nın (deoksiribonükleik asit) alkali hidrolize karşı dirençli olmasının temel nedeni, şeker yapısında (deoksiriboz) 2′2' karbonunda bir hidroksil (−OH-OH) grubunun bulunmamasıdır. RNA'da bulunan 2′−OH2'-OH grubu, alkali ortamda komşu fosfodiester bağına nükleofilik bir saldırı başlatarak zincirin kopmasına neden olur. DNA'da bu grubun yerine hidrojen (−H-H) bulunması, bu reaksiyonu imkansız kılar.

Adım Adım Çözüm

1
Nükleik asitlerin alkali ortamdaki davranışlarını karşılaştır.
RNA alkali ortamda kolayca hidrolize olurken, DNA hidrolize karşı dirençlidir.
Alkali direnci, molekülün kimyasal stabilitesinin bir göstergesidir.
2
RNA'nın alkali duyarlılığının kimyasal nedenini analiz et.
RNA'daki riboz şekerinin 2′2' karbonunda serbest bir hidroksil (−OH-OH) grubu bulunur.
Alkali ortamda bu −OH-OH grubu nükleofilik bir saldırı başlatarak fosfodiester bağını koparır.
3
DNA'nın (deoksiribonükleik asit) yapısındaki farkı belirle.
DNA'da deoksiriboz şekeri bulunur ve 2′2' konumunda −OH-OH yerine −H-H atomu vardır.
Hidroksil grubunun yokluğu, alkali ortamda nükleofilik saldırının gerçekleşmesini engeller ve molekülü stabilize eder.

Anahtar Kavram

Nükleik asitlerin alkali stabilitesi ve 2'-OH grubunun rolü
Soru 2Soru →

DNA'nın B-formu çift sarmal yapısında, şeker-fosfat omurgalarının asimetrik yerleşimi sonucu majör (büyük) ve minör (küçük) oluklar (groove) oluşur. Bu olukların yapısal özellikleri ve biyolojik önemi ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Majör oluk, glikozidik bağların birbirine yaklaşık 240° açıyla bakması sonucu oluşur ve proteinlerin baz dizisini tanıması için minör oluğa göre daha fazla kimyasal bilgi sunar.

Cevap

Majör oluk, glikozidik bağların asimetrik (240°) yerleşimi sonucu oluşur ve sekans spesifik protein tanınması için zengin kimyasal bilgi sunar.
B-DNA çift sarmalında, pürin ve pirimidin bazlarını deoksiriboz şekerlerine bağlayan N-glikozidik bağlar sarmal eksenine göre simetrik yerleşmemiştir. Bu bağlar arasındaki açı sarmalın bir tarafında yaklaşık 120° (minör oluk tarafı), diğer tarafında ise yaklaşık 240° (majör oluk tarafı) değerindedir. Majör oluk hem daha geniş bir alan sağlar hem de bazların hidrojen bağı yapabilen atomlarını (donör ve akseptör grupları) daha açık bir şekilde sergiler. Bu sayede transkripsiyon faktörleri gibi düzenleyici proteinler, DNA sarmalını açmadan majör oluk üzerinden baz dizisini yüksek doğrulukla okuyabilirler.

Adım Adım Çözüm

1
DNA çift sarmalındaki glikozidik bağların geometrisini değerlendir.
Glikozidik bağlar pürin veya pirimidin bazlarını deoksiriboz şekerine bağlarken tam 180° karşı karşıya gelmezler; bir tarafta 120°, diğer tarafta 240° açı yaparlar.
Bu açısal asimetri, şeker-fosfat omurgaları arasında farklı genişlikte iki boşluk (majör ve minör oluklar) oluşmasına yol açar.
2
Olukların sunduğu kimyasal bilgi yoğunluğunu karşılaştır.
Majör olukta her baz çifti (A-T, T-A, G-C, C-G) kendine özgü bir hidrojen bağı donör/akseptör paterni sunarken, minör olukta bu farklar proteinler tarafından ayırt edilemeyecek kadar benzerdir.
Gen ifadesini düzenleyen proteinlerin doğru baz dizisine bağlanabilmesi için majör oluktaki bu yüksek bilgi içeriği gereklidir.

Anahtar Kavram

B-DNA'da glikozidik bağ asimetrisi (120° vs 240°) majör ve minör olukları oluşturur; majör oluk sekans spesifik tanınma için temel mecradır.
Soru 3Soru →

Polinükleotid zincirlerinin oluşumu sırasında, bir nükleotid biriminin 3′3' hidroksil (OHOH) grubu ile bir sonraki nükleotidin 5′5' fosfat grubu arasında kurulan ana kovalent bağ aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: 3′,5′3',5'-fosfodiester bağı

Cevap

Polinükleotid zincirlerinde nükleotidleri birbirine bağlayan kovalent bağ 3',5'-fosfodiester bağıdır.
Polinükleotid zincirlerinde (DNA ve RNA), her bir nükleotid bir sonraki nükleotide 3′,5′3',5'-fosfodiester bağı ile bağlanır. Bu bağ, bir nükleotidin pentoz şekerindeki 3′−OH3'-OH grubu ile diğer nükleotidin 5′5'-fosfat grubu arasında su çıkışıyla (kondansasyon) oluşur.

Adım Adım Çözüm

1
Nükleik asit polimerizasyonunun incelenmesi
Nükleotidlerin bir araya gelerek DNA veya RNA zincirlerini oluşturduğu belirlenir.
Zincir yapısının nasıl kurulduğunu anlamak için bağlantı noktalarını tanımlamak gerekir.
2
Kovalent bağın konumunun belirlenmesi
Bir nükleotidin 3′3' karbonundaki OHOH grubu ile diğerinin 5′5' karbonundaki fosfatı arasında bağ kurulduğu görülür.
Bu spesifik bağlantı, nükleik asitlerin 5′5' ucundan 3′3' ucuna doğru yönelmesini sağlar.
3
Bağ türünün isimlendirilmesi
Bu yapı fosfodiester bağı olarak adlandırılır.
Fosfat grubunun iki farklı şeker molekülüyle ester bağı kurması nedeniyle bu isim verilir.

Anahtar Kavram

Nükleotidlerin polinükleotid zinciri oluşturmak üzere birbirine bağlanması.

İpuçları

1
Nükleik asitlerin omurgasını (iskeletini) hangi grup ve şekerler oluşturur?
2
Bu bağ, şekerlerin 3′3' ve 5′5' karbonları arasında fosfat aracılığıyla kurulur.

Daha Fazla Pratik

Nükleozid ve nükleotid arasındaki yapısal farkları gözden geçirebilirsiniz.
Tahmini Süre:45s
Soru 4Soru →

Ökaryotik hücrelerde genomik DNA'nın paketlenmesi, DNA molekülünün histon oktameri adı verilen protein yapısı etrafına sarılmasıyla oluşan nükleozomlar ile başlar. DNA molekülü ile histon proteinleri arasındaki bu sıkı bağlanmayı ve yapısal stabiliteyi sağlayan temel etkileşim aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: DNA'nın negatif yüklü fosfat omurgası ile histonların lizin ve arginin gibi pozitif yüklü amino asitleri arasındaki elektrostatik çekim

Cevap

DNA'nın negatif yüklü fosfat omurgası ile histonların lizin ve arginin gibi pozitif yüklü amino asitleri arasındaki elektrostatik çekim
DNA molekülü, yapısındaki fosfat grupları nedeniyle her nükleotid başında bir negatif yük taşır. Histon proteinleri ise özellikle lizin ve arginin gibi bazik amino asitler bakımından çok zengindir ve bu yan zincirler fizyolojik pH'da pozitif yüklüdür. Bu zıt yükler arasındaki güçlü elektrostatik çekim, DNA'nın histon oktameri etrafında sıkıca sarılarak nükleozom yapısını oluşturmasını sağlayan ana kuvvettir.

Adım Adım Çözüm

1
Moleküllerin yük durumunu analiz etme
DNA'nın fosfat grupları nedeniyle fizyolojik pH'da kuvvetli negatif (-), histonların ise bazik amino asitleri nedeniyle pozitif (+) yüklü olduğu saptanır.
Zıt yükler arasındaki çekim kuvveti biyolojik makromoleküllerin bir araya gelmesinde temel rol oynar.
2
Etkileşim tipini belirleme
Pozitif yüklü histon lizin/arginin kalıntıları ile negatif yüklü DNA fosfat omurgası arasındaki etkileşim 'elektrostatik etkileşim' (iyonik bağ benzeri) olarak tanımlanır.
Nükleozom yapısında DNA'nın protein etrafına sarılması spesifik bir baz dizisinden ziyade genel yük dengesine dayanır.

Anahtar Kavram

Nükleozom yapısında DNA-protein etkileşiminin doğası
Tahmini Süre:45s
Soru 5Soru →

Ökaryotik hücrelerde DNA molekülü, fizyolojik koşullar altında genellikle sağ el sarmalı yapısındaki B-DNA formunda bulunur. Ancak yüksek tuz konsantrasyonu veya ardışık d(CpG)nd(CpG)_n dizileri gibi özel dizilimlerin varlığında, sarmalın dönüş yönünün değiştiği ve şeker-fosfat omurgasının karakteristik bir zig-zag görünümü aldığı farklı bir konformasyon saptanabilir. Bu yapısal özelliklere sahip olan nükleik asit formu aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Z-DNA

Cevap

Sol el sarmalı yapısına sahip olan ve zig-zag şeker-fosfat omurgası içeren konformasyon Z-DNA'dır.
Z-DNA, biyolojik olarak saptanan majör DNA formları arasında sol el sarmalı (left-handed) yapısına sahip olan tek formdur. Şeker-fosfat omurgasının zig-zag yapısı, ardışık pürin-pirimidin dizilerindeki nükleotidlerin konformasyonel özelliklerinden kaynaklanır.

Adım Adım Çözüm

1
DNA'nın helis yönünü (helicity) ve sarmal tipini değerlendirin.
B-DNA ve A-DNA sağ el sarmalı (right-handed) iken, Z-DNA sol el sarmalı (left-handed) yapısındadır.
Sarmalın dönüş yönü, nükleik asit konformasyonlarını ayıran temel bir fiziksel özelliktir.
2
Şeker-fosfat omurgasının geometrik dizilimini inceleyin.
Z-DNA'da pürin ve pirimidin nükleotidlerinin farklı glikozid bağ açıları (syn ve anti) alması, omurgada zig-zag bir görünüme yol açar.
Bu yapısal zorunluluk, moleküle karakteristik zig-zag formunu ve ismini verir.

Anahtar Kavram

DNA Yapısal Polimorfizmi (A, B ve Z Formları)
Tahmini Süre:50s
Soru 6Soru →

Nükleik asitlerin yapısal organizasyonunda, azotlu bazlar ile pentoz şekeri arasındaki NN-glikozidik bağın özellikleri nükleotid konformasyonunu ve sarmal yapının stabilitesini belirlemektedir. Pürin nükleotidlerinde bu bağın pürin halkası üzerindeki konumu ve B-formundaki DNA sarmalı içindeki baskın konformasyonu aşağıdakilerin hangisinde birlikte verilmiştir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: N−9N-9 atomu / 'anti' konformasyonu

Cevap

Pürin nükleotidlerinde NN-glikozidik bağ N−9N-9 atomu üzerinden kurulur ve B-DNA yapısında 'anti' konformasyonu baskındır.
Pürin nükleotidlerinde (Adenin ve Guanin), azotlu baz pentoz şekerinin C−1′C-1' karbonuna pürin halkasındaki N−9N-9 azotu üzerinden bir NN-glikozidik bağ ile bağlanır. B-formundaki DNA molekülünde, bazların şeker halkası ile çakışmasını (sterik engel) önlemek amacıyla bazlar şekerden dışarı doğru yönlenir ve bu duruma 'anti' konformasyonu denir.

Adım Adım Çözüm

1
Pürin halkasının pentoz şekeri ile yaptığı bağın konumunu belirle.
Pürin nükleotidlerinde azotlu baz, pentoz şekerinin C−1′C-1' karbonuna pürin halkasının N−9N-9 atomu üzerinden bağlanır.
Bu, nükleik asit kimyasında pürin nükleotidleri için değişmez bir yapısal özelliktir.
2
B-DNA sarmal yapısındaki konformasyonel tercihi analiz et.
Baz ve şeker halkası arasındaki sterik engellenmeyi minimize etmek için bazın şekerden uzağa yöneldiği 'anti' konformasyonu tercih edilir.
Fizyolojik koşullardaki B-DNA yapısında bazlar sarmalın iç kısmına doğru 'anti' pozisyonunda uzanarak hidrojen bağlarını stabilize eder.

Anahtar Kavram

Nükleosid yapısında baz-şeker bağlantı noktaları ve nükleotidlerin 'syn/anti' konformasyonel özellikleri.

Daha Fazla Pratik

Z-DNA yapısındaki pürin ve pirimidinlerin konformasyonel farklarını ve bu farkın sarmalın 'sol el' yönelimine etkisini inceleyin.
Tahmini Süre:45s
Soru 7Soru →

Laboratuvar ortamında hazırlanan alkali (bazik) bir çözeltide, RNA moleküllerinin DNA'ya kıyasla kimyasal olarak çok daha kararsız olduğu ve hızla nükleotidlerine ayrıştığı gözlenmektedir. RNA'nın bu alkali hidroliz hassasiyetinden sorumlu olan temel yapısal fark aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Pentoz şekerinin 2′2' pozisyonunda bulunan hidroksil (−OH-OH) grubunun varlığı

Cevap

Pentoz şekerinin 2' pozisyonunda bulunan hidroksil (-OH) grubunun varlığı
Doğru yanıt olan seçenek, RNA'nın yapısındaki riboz şekerinin 2′2' karbonunda bir hidroksil (−OH-OH) grubu taşıdığını belirtir. Alkali bir ortamda bu −OH-OH grubu nükleofilik bir saldırı başlatarak fosfodiester bağlarını parçalar. DNA'da ise 2′2' pozisyonunda hidroksil grubu bulunmadığı (deoksiriboz) için bu kimyasal mekanizma gerçekleşemez ve DNA alkali ortamda çok daha stabildir.

Adım Adım Çözüm

1
DNA ve RNA arasındaki şeker yapısı farkını belirleyin.
RNA riboz, DNA ise deoksiriboz şekeri içerir.
Ribozda 2' karbonunda -OH grubu varken, deoksiribozda sadece -H bulunur.
2
Alkali ortamın (yüksek pH) hidroksil grubu üzerindeki etkisini analiz edin.
Alkali ortamda 2'-OH grubu protonunu kaybederek (deprotonasyon) aktif bir nükleofil haline gelir.
Bazik ortamdaki hidroksit iyonları (OH−OH^-) protonu çekerek alkoksit iyonu oluşumunu tetikler.
3
Nükleofilik saldırı mekanizmasını ve bağ kopmasını inceleyin.
Aktifleşen 2'-oksijen atomu, bitişikteki fosfodiester bağındaki fosfor atomuna saldırarak 2',3'-siklik fosfat ara ürünü oluşturur ve zinciri koparır.
Molekül içi (intramoleküler) saldırı, fosfodiester omurgasının hidrolizine yol açan temel kimyasal süreçtir.

Anahtar Kavram

RNA Alkali Hidrolizi ve 2'-OH Grubunun Rolü
Soru 8Soru →

Ökaryotik hücrelerde genomik DNA'nın organizasyonu ve topolojik durumu, replikasyon ve transkripsiyon gibi işlemler sırasında dinamik olarak değişir. Kapalı halkasal bir DNA molekülünün topolojik özelliklerini tanımlayan Lk=Tw+WrL_k = T_w + W_r denklemi (Linking Number, Twist ve Writhe) dikkate alındığında, bu yapısal organizasyon ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Fosfodiester bağlarından en az biri geçici olarak kırılmadığı sürece, DNA molekülünün konformasyonu ne kadar değişirse değişsin LkL_k değeri sabit kalır.

Cevap

Fosfodiester bağları kırılmadığı sürece kapalı halkasal DNA'nın Linking Number (LkL_k) değeri sabittir.
Kapalı halkasal DNA moleküllerinde, fosfodiester bağları kovalent olarak kapalı olduğu için, zincirlerin birbirini kesip geçmesine izin veren bir enzim (topoizomeraz) müdahalesi olmadığı sürece toplam düğüm sayısı (LkL_k) geometrik değişikliklerden etkilenmez ve sabit kalır.

Adım Adım Çözüm

1
Linking Number tanımını analiz et.
LkL_k topolojik bir invaryanttır.
Topolojik olarak kapalı bir sistemde, bir zincirin diğeri etrafındaki toplam dönüş sayısı dış müdahale (bağ kırılması) olmadan değişemez.
2
Lk=Tw+WrL_k = T_w + W_r denklemini yorumla.
TwT_w ve WrW_r birbirini dengeler.
Eğer LkL_k sabitse, heliksin kendi etrafındaki dönüşü (TwT_w) değişirse, bu durum süperkıvrım sayısında (WrW_r) zıt yönlü bir değişime yol açar.
3
Topoizomeraz mekanizmalarını değerlendir.
LkL_k sadece topoizomerazlar ile değişebilir.
Topoizomerazlar fosfodiester bağlarını geçici olarak kırıp tekrar birleştirerek LkL_k değerini değiştirebilen yegane enzimlerdir.

Anahtar Kavram

DNA Topolojisi ve Linking Number İnvaryantlığı
Soru 9Soru →

Ökaryotik kromatin organizasyonunun temel birimi olan nükleozomlarda, DNA sarmalının histon oktameri üzerine sarılma geometrisi ve bu etkileşimin termodinamik stabilitesi ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi biyokimyasal açıdan doğrudur?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: DNA sarmalındaki minör oluğun daralması, AT zengin dizilerin histon oktamer yüzeyine bakan iç kısımlarda konumlanmasını kolaylaştırarak bükülme enerjisini düşürür.

Cevap

DNA sarmalındaki minör oluğun daralması, AT zengin dizilerin histon oktamer yüzeyine bakan iç kısımlarda konumlanmasını kolaylaştırarak bükülme enerjisini düşürür.
Nükleozom oluşumu sırasında DNA'nın bükülmesi, minör ve majör olukların periyodik olarak daralıp genişlemesini gerektirir. AT zengin diziler, minör oluğun daralmasına daha elverişli bir fiziksel yapıya sahiptir. Bu nedenle, nükleozom etrafındaki DNA'nın en keskin büküldüğü ve minör oluğun histon oktamerine baktığı bölgelerde AT zengin dizilerin bulunması, toplam bükülme enerjisini (bending energy) düşürerek yapıyı stabilize eder.

Adım Adım Çözüm

1
Nükleozom yapısındaki DNA bükülmesinin enerjetik maliyetini değerlendiriniz.
DNA'nın nükleozom etrafındaki keskin bükülmesi (yaklaşık 11 nm11\text{ nm} çap), fosfat omurgasındaki negatif yüklerin itilmesi nedeniyle enerjetik olarak zordur.
Bükülme, sarmalın iç kısmında kalan olukların sıkışmasını gerektirir.
2
Baz diziliminin (AT vs GC) bükülme kapasitesine etkisini analiz ediniz.
AT zengin dizilerde minör oluk daha dar ve esnektir, bu da sarmalın iç bükey kısmında sıkışmaya daha toleranslı olmasını sağlar.
AT çiftleri arasındaki hidrojen bağlarının GC'ye göre azlığı ve baz istiflenme özellikleri bu esnekliği sağlar.
3
Olukların histon oktamerine göre oryantasyonunu belirleyiniz.
Termodinamik stabilite için, AT zengin bölgelerin minör olukları oktamer yüzeyine bakarken (içe), GC zengin bölgelerin minör olukları dışa doğru bakar.
Bu oryantasyon, DNA-protein etkileşiminin toplam serbest enerjisini minimize eder.

Anahtar Kavram

DNA Bükülme Enerjetiği ve Sekans Spesifik Olmayan Nükleozom Organizasyonu

Daha Fazla Pratik

Histon modifikasyonlarının (asetilasyon, metilasyon) bu elektrostatik etkileşimler üzerindeki etkisini ve kromatini nasıl gevşettiğini inceleyiniz.
Tahmini Süre:2m 30s
Soru 10Soru →

DNA çift sarmalında nükleotidler birbirlerine fosfodiester bağlarıyla bağlanarak şeker-fosfat omurgasını oluşturur. Ancak sarmalın termodinamik stabilitesine, bazlar arasındaki hidrojen bağlarından daha fazla katkı sağlayan ve ardışık bazların dikey eksende birbiri üzerine binmesiyle karakterize edilen temel kuvvet aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Hidrofobik istiflenme (base stacking) etkileşimleri

Cevap

DNA çift sarmalının stabilitesine en büyük katkıyı sağlayan kuvvet, dikey eksende bazların birbiri üzerine yerleşmesiyle oluşan hidrofobik istiflenme (base stacking) etkileşimleridir.
DNA çift sarmalının iç kısmında yer alan azotlu bazlar hidrofobiktir. Bu bazların dikey bir sütun oluşturacak şekilde üst üste binmesi (stacking), su moleküllerinin sarmalın iç kısmından dışlanmasını sağlar ve van der Waals kuvvetleri aracılığıyla sarmalın termodinamik stabilitesine en büyük katkıyı sunar.

Adım Adım Çözüm

1
DNA sarmalını bir arada tutan dikey ve yatay etkileşimleri analiz et.
Yatayda hidrojen bağları, dikeyde ise istiflenme kuvvetleri bulunur.
Sarmalın bütünlüğünü sağlayan farklı düzlemlerdeki kuvvetleri ayırt etmek gerekir.
2
Hidrojen bağlarının temel fonksiyonunu belirle.
Hidrojen bağları baz eşleşmesinin özgüllüğünü (A-T, G-C) sağlar.
H-bağları stabiliteye katkı sağlasa da asıl görevi doğru bazların karşı karşıya gelmesini sağlamaktır.
3
İstiflenme (stacking) etkileşimlerinin termodinamik katkısını değerlendir.
Hidrofobik etkileşimler ve van der Waals kuvvetleri, sarmalın merkezindeki sudan kaçınan bazların üst üste binmesiyle toplam enerjiyi düşürür ve stabiliteyi maksimize eder.
Dikey istiflenme, sarmalın suyla temas eden yüzey alanını azaltarak entropik bir avantaj sağlar.

Anahtar Kavram

DNA Stabilitesi ve İstiflenme Kuvvetleri
Tahmini Süre:1m 15s
Soru 11Soru →

DNA'nın yapısal polimorfizmi çerçevesinde B-DNA formundan sol el dönüşlü (left-handed) Z-DNA formuna geçiş (B-to-Z transition), gen ifadesinin düzenlenmesinde ve kromatin organizasyonunda önemli bir role sahiptir. Buna göre, fizyolojik koşullarda veya laboratuvar ortamında Z-DNA yapısının oluşumunu ve kararlılığını artıran faktörler ile ilgili aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Sitozin bazlarının 5′5' pozisyonundan metillenmesi (55-metilsitozin), Z-DNA formunun termodinamik olarak daha düşük bir enerji seviyesinde stabilize edilmesine yardımcı olur.

Cevap

Sitozin bazlarının metillenmesinin Z-DNA formunu stabilize ettiğini belirten ifade doğrudur.
Doğru ifade, sitozin metillenmesinin Z-DNA'yı stabilize ettiğini belirtmektedir. 55-metilsitozin içeren DNA bölgelerinde, metil grupları Z-DNA'nın dış yüzeyindeki hidrofobik bir boşluğa yerleşerek yapıyı termodinamik olarak destekler ve B'den Z'ye geçişi kolaylaştırır.

Adım Adım Çözüm

1
Z-DNA ve B-DNA arasındaki yapısal farkların analiz edilmesi
B-DNA sağ el dönüşlü ve düzenli bir omurgaya sahipken, Z-DNA sol el dönüşlü ve zig-zag şeklinde bir omurgaya sahiptir.
Geçişi etkileyen faktörleri anlamak için temel yapısal parametrelerin (helis dönüşü, konformasyon) bilinmesi gerekir.
2
Çevresel faktörlerin (tuz ve süperkıvrımlanma) etkisinin değerlendirilmesi
Yüksek tuz konsantrasyonu fosfat itmesini azaltır; negatif süperkıvrımlanma ise helisi gevşeterek sol el dönüşüne (Z-DNA) zemin hazırlar.
Z-DNA'da fosfat grupları birbirine daha yakın olduğu için elektrostatik itme daha fazladır.
3
Kimyasal modifikasyonların (metilasyon) rolünün belirlenmesi
Sitozinin 55-metilasyonu, Z-DNA'daki atomik yerleşim nedeniyle bu formu stabilize eder.
Metil grupları Z-formunda, B-formuna göre daha az suyla temas eden (hidrofobik olarak korunan) bir bölgede yer alır.

Anahtar Kavram

DNA Polimorfizmi ve Z-DNA Stabilizasyonu

İpuçları

1
B-DNA sağ el, Z-DNA sol el dönüşlüdür. Bu dönüş farkı omurganın 'zig-zag' yapmasına neden olur.
2
Z-DNA'da fosfat grupları birbirine çok yakındır. Bu itmeyi dengelemek için ne tür bir ortam (tuzlu/tuzsuz) gerekir?
3
Pürin nükleotidleri Z-DNA'da 'syn' konformasyonuna geçer. Metilasyon gibi modifikasyonlar bu ekstrem yapıları stabilize edebilir.

Daha Fazla Pratik

DNA denatürasyon kinetiği ve hyperchromic shift (hiperkromisite) etkisini inceleyiniz.
Tahmini Süre:2m 0s
Soru 12Soru →

Bir biyokimya laboratuvarında saflaştırılan çift sarmallı bir DNA molekülünün baz analizi yapıldığında, toplam pürin bazlarının %40\%40'ının adenin (AA) olduğu belirlenmiştir. Buna göre, bu DNA molekülündeki toplam sitozin (CC) bazlarının tüm bazlara oranı yüzde kaçtır?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: 3030

Cevap

Sitozin bazlarının tüm bazlara oranı %30\%30 olarak hesaplanır.
Çift sarmallı DNA'da pürinlerin (A+GA+G) toplamı toplam bazların %50\%50'sidir. Pürinlerin %40\%40'ı adenin ise, bu tüm bazların %20\%20'sine denk gelir (%50×0,4\%50 \times 0,4). Geriye kalan %30\%30'luk pürin kısmı guanindir (%50−%20\%50 - \%20). Baz eşleşme kuralları gereği guanin miktarı sitozin miktarına eşit olduğundan, sitozin oranı da %30\%30 olarak bulunur.

Adım Adım Çözüm

1
Pürinlerin toplam bazlar içindeki oranını belirle.
Çift sarmallı DNA'da Chargaff kuralı gereği [A+G]=[T+C]=%50[A+G] = [T+C] = \%50 olur.
DNA çift sarmalında pürin bazlarının sayısı pirimidin bazlarının sayısına daima eşittir.
2
Adenin (AA) bazının toplam bazlar içindeki yüzde değerini hesapla.
%50 (Toplam Pu¨rin)×0,40=%20 Adenin\%50 \text{ (Toplam Pürin)} \times 0,40 = \%20 \text{ Adenin}.
Soruda adeninin, pürinlerin %40\%40'ını oluşturduğu belirtilmiştir.
3
Guanin (GG) bazının oranını hesapla.
%50 (Toplam Pu¨rin)−%20 (Adenin)=%30 Guanin\%50 \text{ (Toplam Pürin)} - \%20 \text{ (Adenin)} = \%30 \text{ Guanin}.
Pürin bazları sadece adenin ve guaninden oluştuğu için toplamdan adenin çıkarılır.
4
Sitozin (CC) oranını Chargaff eşleşmesine göre belirle.
G=CG = C olduğu için Sitozin oranı da %30\%30 olur.
Çift sarmallı DNA'da guanin bazları daima sitozin bazları ile hidrojen bağı kurarak eşleşir.

Anahtar Kavram

Chargaff Kuralları ve DNA Stokiyometrisi
Tahmini Süre:1m 15s
Soru 13Soru →

DNA ve RNA molekülleri, çevresel koşullara ve dizilim özelliklerine bağlı olarak farklı heliks konformasyonları alabilirler. B-DNA formu sulu ortamlarda en yaygın görülen yapı olsa da, bazı biyolojik süreçlerde farklı geometriler ortaya çıkar. Özellikle transkripsiyon sırasında oluşan RNA-DNA hibritleri ve çift sarmallı RNA (dsRNAdsRNA) molekülleri, riboz şekerindeki 2′−OH2'-\text{OH} grubunun yarattığı sterik engel nedeniyle standart B-DNA formuna giremezler. Buna göre; RNA-DNA hibritlerinde ve dsRNAdsRNA yapılarında baskın olarak gözlenen, baz çiftlerinin heliks eksenine göre yaklaşık 20∘20^{\circ} eğik (tilted) yerleştiği ve majör oluğun oldukça dar ve derin bir yapı kazandığı heliks formu aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: A-DNA (A-formu)

Cevap

RNA-DNA hibritleri ve çift sarmallı RNA molekülleri, sterik engeller nedeniyle A-DNA (A-formu) konformasyonunu benimserler.
A-DNA formu, nükleik asitlerin dehidre (su oranı düşük) durumlarında veya RNA içeren çift sarmallarda (RNA-DNA hibritleri, dsRNA) gözlenen konformasyondur. Riboz şekerinin 2′2' pozisyonundaki hidroksil grubu, B-DNA'nın gerektirdiği C2′−endoC2'-\text{endo} pucker yapısına izin vermez; bu nedenle sarmal C3′−endoC3'-\text{endo} formuna (A-formu) zorlanır. Bu yapıda bazlar heliks eksenine yaklaşık 20∘20^{\circ} eğik yerleşir.

Adım Adım Çözüm

1
Nükleik asit konformasyonlarını belirleyen yapısal kısıtlamaları değerlendir.
RNA'daki riboz şekerinin 2′−OH2'-\text{OH} grubu, B-formundaki fosfat omurgasıyla sterik olarak çakışır.
Bu kısıtlama, RNA içeren sarmalların C2'-endo yerine C3'-endo şeker pucker konformasyonuna sahip olmasını zorunlu kılar.
2
C3'-endo şeker pucker konformasyonunun heliks geometrisine etkisini incele.
Bu yapı, bazların heliks ekseninden uzaklaşmasına ve eksene göre eğik (20∘20^{\circ}) bir açıyla yerleşmesine neden olur.
A-formu, baz istiflenmesini optimize ederken sterik engelleri minimize eden bir geometridir.
3
A-formunun ayırt edici özelliklerini diğer formlarla karşılaştır.
A-formu, B-DNA'ya göre daha geniş ve kısa bir heliks yapısı sunar; majör oluğu çok dar ve derin, minör oluğu ise geniş ve yüzeyeldir.
Bu özellikler RNA-DNA hibritlerinin tanınması ve biyolojik fonksiyonları için kritiktir.

Anahtar Kavram

Nükleik asitlerin polimorfizmi ve RNA-DNA hibritlerinin A-formu tercihi.

İpuçları

1
RNA içeren çift sarmalların B-DNA formunu almasını engelleyen yapısal farkı düşünün.
2
Şeker pucker konformasyonu (C2′−endoC2'-\text{endo} vs C3′−endoC3'-\text{endo}) nükleik asit heliks tipini belirleyen en önemli faktördür.
3
Bazların heliks eksenine dik olduğu B-DNA'nın aksine, bu formda bazlar belirgin bir açıyla eğimlidir.

Daha Fazla Pratik

A-DNA, B-DNA ve Z-DNA formlarının şeker pucker tiplerini ve glikozidik bağ konformasyonlarını (anti/syn) bir tablo üzerinde karşılaştırın.
Tahmini Süre:1m 30s
Soru 14Soru →

Ökaryotik hücrelerde nükleozom organizasyonu, gen ekspresyonunun kontrolünde dinamik bir rol oynar. Bu süreçte histon proteinlerinin amino-terminal uçlarındaki lizin kalıntıları, histon asetiltransferaz (HAT) enzimleri tarafından asetillenerek kromatin yapısının gevşemesine (ökromatin) ve transkripsiyonel aktiviteye izin verir.

Histon lizin kalıntılarının asetillenmesi sonucu DNA-protein etkileşiminin zayıflamasının altında yatan temel biyokimyasal değişim aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Lizin yan zincirindeki amino grubunun pozitif yükünün nötralize edilerek negatif yüklü DNA fosfat omurgasına olan ilginin azalması

Cevap

Lizin yan zincirindeki amino grubunun pozitif yükünün nötralize edilerek negatif yüklü DNA fosfat omurgasına olan ilginin azalması
Lizin yan zincirindeki amino grubunun pozitif yükünün nötralize edilerek negatif yüklü DNA fosfat omurgasına olan ilginin azalması seçeneği doğrudur. Çünkü fizyolojik pHpH'da lizin amino grupları pozitif yüklüdür ve DNA'nın negatif yüklü fosfat omurgasıyla güçlü elektrostatik bağlar kurar. Asetilasyon bu pozitif yükü ortadan kaldırarak çekimi zayıflatır ve kromatinin gevşemesini sağlar.

Adım Adım Çözüm

1
Histonların ve DNA'nın yük durumunu analiz etme
Histonlar bazik amino asitlerce (Lizin, Arjinin) zengin olup pozitif yüklüdür; DNA ise fosfat grupları nedeniyle negatif yüklüdür.
Etkileşimin doğasını (elektrostatik çekim) anlamak için temel bileşenlerin yükleri bilinmelidir.
2
Asetilasyon işleminin kimyasal sonucunu belirleme
Lizin yan zincirindeki −NH3+-\text{NH}_3^+ grubu, asetil grubu (−COCH3-\text{COCH}_3) eklenmesiyle yüksüz bir amit grubuna dönüşür.
Modifikasyonun amino asit yan zinciri üzerindeki net etkisini görmek gerekir.
3
Yük değişiminin DNA etkileşimi üzerindeki etkisini yorumlama
Pozitif yükün kaybı (nötralizasyon), negatif yüklü DNA fosfat omurgasına olan afiniteyi azaltır.
Afinitenin azalması, DNA'nın histonlardan gevşemesini ve transkripsiyon faktörlerinin DNA'ya erişimini açıklar.

Anahtar Kavram

Nükleozomlarda histon kuyruğu asetilasyonu ve elektrostatik yük etkileşimi

Daha Fazla Pratik

Histon deasetilaz (HDAC) enzimlerinin etkisini ve heterokromatin oluşumundaki rolünü inceleyebilirsiniz.
Tahmini Süre:1m 40s
Soru 15Soru →

DNA molekülünün denatürasyonu sırasında çift sarmal yapının çözülmesiyle birlikte 260 nm260\text{ nm} dalga boyundaki ultraviyole ışık emiliminde (absorbans) yaklaşık %30−40\%30-40 oranında bir artış gözlenir. "Hiperkromik etki" (hiperkromisite) olarak adlandırılan bu fenomenin temel biyokimyasal nedeni aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Çift sarmal yapıdaki bazların üst üste istiflenmesinin (base stacking) bozulmasıyla elektronik etkileşimlerin azalması

Cevap

Hiperkromik etki, çift sarmal yapının çözülmesiyle bazların üst üste istiflenmesinin (base stacking) bozulmasından kaynaklanır.
DNA'nın çift sarmal yapısında azotlu bazlar (pürin ve pirimidinler) birbirlerinin üzerine istiflenmiş (base stacking) haldedir. Bu istiflenme, bazların aromatik halkalarındaki elektronların UV ışığını emme kapasitesini sınırlar (hipokromik etki). Denatürasyon sırasında zincirler ayrıldığında bu istiflenme bozulur ve bazlar daha fazla ışık emmeye başlar, bu da hiperkromik etkiyle sonuçlanır.

Adım Adım Çözüm

1
DNA denatürasyonunun etkisini analiz et
Isı veya alkali etkisiyle hidrojen bağları kopar ve iki zincir birbirinden ayrılır.
Çift sarmalın stabilitesi bozulduğunda yapısal organizasyon değişir.
2
Baz istiflenmesi (base stacking) ile ışık emilimi arasındaki ilişkiyi kur
Çift sarmalda bazlar birbirine çok yakın istiflendiği için aromatik halkaların π\pi elektronları birbirini maskeler ve UV ışık emilimi azalır (hipokromisite).
İstiflenme, bazların elektronik ortamını değiştirerek foton absorpsiyonunu sınırlar.
3
Denatürasyon sonucunu değerlendir
Zincirler ayrıldığında istiflenme bozulur, maskelenme kalkar ve bazlar tek zincirde serbestçe ışığı emerek absorbansı artırır.
Hiperkromik etkinin fiziksel temeli aromatik bazların optik özelliklerindeki bu değişimdir.

Anahtar Kavram

Hiperkromisite ve Baz İstiflenmesi (Base Stacking)

Daha Fazla Pratik

DNA'nın Tm (erime sıcaklığı) değerini etkileyen faktörleri (GC içeriği, iyonik güç) tekrar ediniz.
Tahmini Süre:50s
Soru 16Soru →

Nükleik asitlerin yapı taşları olan nükleotidler; bir azotlu baz, bir pentoz şekeri ve bir fosfat grubundan meydana gelir. Bu yapıda, nükleozid (baz + şeker) birimine fosfat grubunun eklenmesiyle nükleotit oluşur. Buna göre, standart bir nükleotit molekülünde fosfat grubunun pentoz şekerine bağlandığı karbon atomu aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: 5′5' karbonu

Cevap

Standart bir nükleotit molekülünde fosfat grubu pentoz şekerinin 5′5' karbonuna bağlanır.
5′5' karbonu, nükleozid yapısına fosfatın eklenerek nükleotit (nükleozid monofosfat) oluşturduğu standart bağlanma bölgesidir.

Adım Adım Çözüm

1
Nükleotit bileşenlerini tanımlayın.
Nükleotit = Azotlu Baz + Pentoz Şekeri (Riboz/Deoksiriboz) + Fosfat Grubu.
Yapı taşlarının birbirine nasıl bağlandığını anlamak için temel bileşenlerin bilinmesi gerekir.
2
Şeker karbonlarının numaralandırılmasını ve bağ bölgelerini belirleyin.
1′1' karbonuna baz bağlanır; 3′3' ve 5′5' karbonları ise fosfat bağları için kritiktir.
Bağların spesifik yönlerini ve bölgelerini belirlemek nükleik asit organizasyonunu açıklar.
3
Monomerik nükleotit yapısındaki fosfat konumunu saptayın.
Serbest bir nükleotitte (örn. ATP veya dATP), fosfat grubu şekerin 5′5' karbonuna ester bağı ile bağlıdır.
Nükleozidi nükleotide dönüştüren temel kimyasal modifikasyon budur.

Anahtar Kavram

Nükleotitlerin monomerik yapısı ve karbon numaralandırması

Daha Fazla Pratik

Nükleozid ve nükleotit arasındaki farkları ve fosfodiester bağının yönünü tekrar edin.
Tahmini Süre:45s
Soru 17Soru →

Ökaryotik hücrelerde genomik DNA, histon proteinleri ile birleşerek nükleozom adı verilen temel paketleme birimlerini oluşturur. Nükleozomun yapısal organizasyonu ve DNA ile proteinler arasındaki etkileşimlerin doğası düşünüldüğünde, aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Histon proteinleri, fizyolojik pHpH'da pozitif yüklü olan lizin ve arjinin amino asit kalıntılarından zengindir.

Cevap

Histon proteinleri, fizyolojik pHpH değerlerinde pozitif yük taşıyan lizin ve arjinin amino asitleri bakımından zengindir; bu durum DNA'nın negatif yüklü fosfat omurgasıyla güçlü iyonik etkileşimler kurulmasını sağlar.
Histon proteinleri, fizyolojik koşullarda pozitif yüklü olan lizin ve arjinin amino asitleri açısından son derece zengindir. Bu pozitif yükler, DNA'nın fosfodiester bağlarındaki negatif yüklü fosfat grupları ile iyonik etkileşimler kurarak DNA'nın histon oktameri etrafında sıkıca paketlenmesini sağlar.

Adım Adım Çözüm

1
Nükleozom bileşenlerini analiz et.
Nükleozom kor parçacığı H2A,H2B,H3,H4H2A, H2B, H3, H4 proteinlerinden ikişer adet içerir (oktamer). H1H1 dışarıdadır.
Yapısal organizasyonun anlaşılması için çekirdek ve bağlayıcı protein ayrımı yapılmalıdır.
2
DNA ve protein etkileşim tipini belirle.
DNA fosfatları negatif (-), histon yan zincirleri pozitif (+) yüklüdür.
Nükleik asit organizasyonunda ana stabilize edici kuvvet elektrostatik (iyonik) çekimdir.
3
Histon amino asit kompozisyonunu değerlendir.
Lizin ve arjinin bazik (pozitif yüklü) amino asitlerdir.
Proteinlerin yükü, içerdikleri amino asitlerin yan zincirlerinin pKapKa değerlerine bağlıdır.

Anahtar Kavram

Nükleozom yapısı ve histon-DNA elektrostatik etkileşimi

İpuçları

1
DNA'nın fosfat omurgasının net yükünü ve bu yükü dengelemek için proteinlerin ne tür amino asitler içermesi gerektiğini düşünün.

Daha Fazla Pratik

Histonların asetilasyon ve metilasyon gibi post-translasyonel modifikasyonlarının DNA paketlenmesi üzerindeki etkilerini inceleyin.
Tahmini Süre:1m 15s
Soru 18Soru →

Hücre bölünmesi ve genetik bilginin korunması süreçlerinde, DNA polimeraz enzimi tarafından gerçekleştirilen nükleik asit sentezi belirli kimyasal kurallara ve yönelimlere tabidir. Bu sentez süreci ve oluşan polinükleotid zincirinin yapısal özellikleri dikkate alındığında, aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Yeni eklenen her nükleotid, büyümekte olan zincirin 3′3' ucundaki serbest hidroksil (−OH-OH) grubuna bağlanır.

Cevap

Yeni eklenen nükleotidlerin büyümekte olan zincirin 3′3' ucundaki serbest hidroksil grubuna bağlanması
DNA sentezi sırasında her yeni nükleotid, halihazırdaki zincirin en sonundaki deoksiriboz şekerinin 3′3' karbonunda bulunan serbest hidroksil (−OH-OH) grubuna bağlanır. Bu süreçte nükleozid trifosfatın (dNTP) α\alpha-fosfat grubu ile 3′−OH3'-OH arasında bir fosfodiester bağı kurulur ve pirofosfat (PPiPP_i) açığa çıkar.

Adım Adım Çözüm

1
DNA sentez yönünün belirlenmesi
Sentez her zaman 5′→3′5' \rightarrow 3' yönünde gerçekleşir.
DNA polimeraz enziminin kimyasal aktivitesi sadece serbest bir 3′−OH3'-OH grubuna nükleotid eklenmesine izin verir.
2
Bağ yapısının analizi
Ardışık nükleotidler arasında 3′,5′3',5'-fosfodiester bağı kurulur.
Bir nükleotidin şekerindeki 3′3' hidroksil grubu ile sonraki nükleotidin 5′5' fosfat grubu arasında esterleşme reaksiyonu gerçekleşir.

Anahtar Kavram

DNA sentezinin yönelim ve kimyasal bağlanma kuralları
Soru 19Soru →

Ökaryotik hücrelerde telomer uçlarının korunmasında ve bazı onkogenlerin promotör dizilerinde transkripsiyonel regülasyonda görev alan, guanin bazlarından zengin dizilerin oluşturduğu G-quadruplex (G-dörtlüsü) yapılarının stabilizasyonunda, standart Watson-Crick eşleşmesinden farklı olarak gözlenen temel biyokimyasal özellik aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Pürin halkasının N7N7 atomunun dahil olduğu Hoogsteen hidrojen bağlarının kurulması

Cevap

Pürin halkasının N7N7 atomunun dahil olduğu Hoogsteen hidrojen bağlarının kurulması
G-quadruplex yapıları, dört guanin bazının bir düzlem üzerinde (G-tetrad) kare şeklinde organize olmasıyla oluşur. Bu organizasyonun merkezinde pürin halkasının N7N7 atomu ve ekzosiklik oksijen atomları (O6O6) ile kurulan Hoogsteen hidrojen bağları yer alır. Bu bağlar, standart DNA heliksindeki Watson-Crick eşleşmesinden farklı bir geometriye sahiptir ve yapının yüksek stabilite kazanmasını sağlar.

Adım Adım Çözüm

1
G-quadruplex (G-dörtlüsü) yapısının temel bileşenini tanımlama
Bu yapıların guanin bazlarından zengin dizilerde oluştuğu ve dört guaninin bir düzlemde (G-tetrad) toplandığı belirlenir.
Sorunun odaklandığı yapının spesifik baz içeriğini anlamak için gereklidir.
2
Baz eşleşme mekanizmalarını karşılaştırma
Standart Watson-Crick eşleşmesinin (N1N1-N3N3 ve C6C6-C4C4 arası) aksine, bu yapıda Hoogsteen eşleşmesinin (N7N7 atomunun kullanımı) devreye girdiği saptanır.
Nükleik asit organizasyonundaki non-kanonik etkileşimleri ayırt etmek gerekir.
3
Stabilizasyon faktörlerini analiz etme
Merkezdeki bir monovalan katyon (K+K^+) ve pürin halkasının N7N7 atomunu içeren hidrojen bağ ağının yapıyı kararlı kıldığı sonucuna varılır.
Yapısal bütünlüğün biyokimyasal temelini doğrulamak için gereklidir.

Anahtar Kavram

Hoogsteen baz eşleşmesi ve G-quadruplex organizasyonu
Soru 20Soru →

RNA moleküllerinin, özellikle de tRNA'nın yapısal organizasyonunda standart nükleozidlerin yanı sıra çeşitli post-transkripsiyonel modifikasyonlara uğramış bazlar da yer alır. Bu modifikasyonlar arasında, azotlu bazın riboz şekeriyle yaptığı bağın alışılagelmiş azot (NN) atomu yerine karbon (CC) atomu üzerinden (C5−C1′C5-C1') kurulmasıyla (C-glikozidik bağ) diğerlerinden ayrılan nükleozid aşağıdakilerden hangisidir?

Cevabı ve açıklamayı göster

Cevap: Psödouridin

Cevap

Psödouridin, urasil bazının karbon atomu (C−5C-5) üzerinden riboz şekerine bağlanmasıyla oluşan ve alışılagelmiş N-glikozidik bağ yerine C-glikozidik bağ içeren modifiye bir nükleoziddir.
Psödouridin, standart nükleozidlerin aksine baz ile riboz şekeri arasında azot-karbon (N−CN-C) bağı yerine karbon-karbon (C5−C1′C5-C1') bağı içeren tek yaygın RNA modifikasyonudur. Bu yapısal özellik ona 'C-glikozidik bağ' tanımını kazandırır.

Adım Adım Çözüm

1
Nükleozidlerin temel yapısal bağını hatırla.
Standart nükleozidlerde (adenozin, guanozin, sitidin, uridin) baz ile şeker arasında bir azot (NN) atomu üzerinden glikozidik bağ kurulur.
Bu bağ pürinlerde N−9N-9, pirimidinlerde ise N−1N-1 atomu ile ribozun C−1′C-1' atomu arasındadır.
2
tRNA'daki modifiye bazların özelliklerini karşılaştır.
İnozin, dihidrouridin ve ribotimidin gibi bazlar modifiye olsa da bağ yapıları halen azot üzerindendir.
Modifikasyonlar genellikle halkadaki atomların (metilasyon, deaminasyon, hidrojenasyon) değişimiyle ilgilidir.
3
İstisnai olan C-glikozidik bağ yapısını belirle.
Psödouridin (ψ\psi), urasil halkasının dönerek C−5C-5 atomu üzerinden ribozun C−1′C-1' atomuna bağlandığı tek yaygın nükleoziddir.
Bu yapı tRNA'nın üçüncül yapısını stabilize etmede ve katlanmasında kritik rol oynar.

Anahtar Kavram

Psödouridin (ψ\psi), nükleik asitlerdeki nadir 'C-glikozidik' bağ yapısının prototipidir.
Sayfa 1 / 2Sonraki