Soru

Zorluk: OrtaGen İfadesinin Düzenlenmesi

Steroid hormonlar, retinoidler ve D vitamini gibi lipofilik ligandlar tarafından aktive edilen nükleer reseptör süper ailesi üyeleri, hedef genlerin promotör bölgelerindeki spesifik dizilere bağlanarak transkripsiyonu düzenlerler. Bu reseptörlerin DNA bağlayıcı bölgelerinde (DBD) yapısal bütünlüğü stabilize etmek için Zn2+Zn^{2+} iyonlarını kullanan ve DNA çift sarmalının majör oluğuna (major groove) yerleşen karakteristik motif aşağıdakilerden hangisidir?

  1. Çinko parmak (Zinc finger)Cevap
  2. B
    Lösin fermuar (Leucine zipper)
  3. C
    Heliks-dönüş-heliks (Helix-turn-helix)
  4. D
    Heliks-ilmek-heliks (Helix-loop-helix)
  5. E
    Beta-barel (Beta-barrel)

Cevap

Nükleer reseptörlerin DNA'ya bağlanmasını sağlayan ve çinko iyonu içeren motif çinko parmak (zinc finger) motifidir.
Çinko parmak (zinc finger) motifi, steroid hormon reseptörleri, retinoid reseptörleri ve D vitamini reseptörü gibi nükleer reseptörlerin DNA bağlayıcı bölgelerinde karakteristik olarak bulunur. Bu motifte bir veya daha fazla çinko iyonu, protein yapısındaki sistein ve histidin yan zincirleri tarafından koordine edilerek proteinin katlanmasını stabilize eder ve bir alfa heliksin DNA'nın majör oluğuna yerleşerek spesifik dizileri tanımasını sağlar.

Adım Adım Çözüm

1
Nükleer reseptörlerin yapısal özelliklerini belirle.
Bu reseptörlerin ligand bağlama, DNA bağlama ve transaktivasyon bölgeleri vardır.
Reseptörün hangi kısmının DNA ile etkileşime girdiğini anlamak için gereklidir.
2
DNA bağlayıcı bölgedeki (DBD) metal koordinasyonunu analiz et.
Yapısal stabilite için sistein ve/veya histidin kalıntıları tarafından koordine edilen Zn2+Zn^{2+} iyonları bulunur.
Çinko parmak motifi ismini bu metal koordinasyonundan alır.
3
Motifin DNA ile nasıl etkileşime girdiğini değerlendir.
Alfa heliks yapısı DNA'nın majör oluğuna yerleşerek baz dizisini tanır.
Transkripsiyon faktörlerinin DNA'ya özgü bağlanma mekanizması budur.

Anahtar Kavram

Nükleer reseptörlerde Çinko Parmak (Zinc Finger) motifi
Tahmini Süre:1m 15s
Bu soruyu puanla