Soru

Zorluk: KolayDNA Hasarı ve Tamir Mekanizmaları

DNA yapısında sitozinin deaminasyonu sonucu ortaya çıkan urasil gibi anormal bazların onarılmasında görev alan ve hasarlı baz ile şeker-fosfat omurgası arasındaki NN-glikozidik bağı kopararak Baz Eksizyon Tamiri (BERBER) yolağını başlatan ilk enzim aşağıdakilerden hangisidir?

  1. DNA glikozilazCevap
  2. B
    AP endonükleaz
  3. C
    DNA fotoliyaz
  4. D
    ABC ekzinükleaz

Cevap

DNA glikozilaz, baz eksizyon tamirini başlatan ve NN-glikozidik bağı koparan enzimdir.
DNA glikozilaz enzimi, baz eksizyon tamirinin (BERBER) ilk basamağını katalizler. Bu enzim, DNA üzerindeki anormal veya hasarlı bazları (örneğin sitozin deaminasyonu ile oluşan urasili) spesifik olarak tanır ve baz ile şeker-fosfat omurgası arasındaki NN-glikozidik bağı kopararak 'apürinik' veya 'apirimidinik' (APAP) bir bölge oluşturur.

Adım Adım Çözüm

1
Hasarlı bazın tanınması
Sitozin deaminasyonu ile oluşan urasil bazı spesifik bir DNA glikozilaz tarafından saptanır.
Tamir işleminin başlaması için hasarın doğru tanımlanması gerekir.
2
NN-glikozidik bağın koparılması
DNA glikozilaz, urasil bazı ile deoksiriboz şekeri arasındaki bağı kopararak bazı uzaklaştırır.
Baz uzaklaştırıldığında tamirin sonraki aşamaları için serbest bir bölge (APAP bölgesi) oluşur.
3
APAP bölgesinin işlenmesi
APAP endonükleaz ve fosfodiesteraz enzimleri şeker-fosfat omurgasını keserek boşluğu hazırlar.
DNA polimerazın yeni nükleotid ekleyebilmesi için omurganın açılması şarttır.

Anahtar Kavram

Baz Eksizyon Tamiri (BERBER) basamakları ve ilk enzim olan DNA glikozilazın görevi.

İpuçları

1
Soruda bahsedilen mekanizma tek bir bazın hasar görmesiyle ilgilidir (Baz Eksizyon Tamiri).
2
Bu enzim, baz ile şeker arasındaki 'glikozidik' bağı hedef alarak bir 'boşluk' (APAP bölgesi) yaratır.
3
Yolağın isminde de geçen bu enzim, doğrudan DNA üzerindeki 'glikozil' grubunu işleyen 'DNA glikozilaz'dır.

Daha Fazla Pratik

Baz eksizyon tamirinde oluşan APAP bölgesinden sonra görev alan enzim sırasını (Endonükleaz -> Polimeraz -> Ligaz) çalışabilirsiniz.
Tahmini Süre:45s
Bu soruyu puanla