Examkin

Soru

Zorluk: Çok zorMoleküler Genetik Teknikler

Epigenetik araştırmalarda DNA metilasyon paternlerini belirlemek için kullanılan sodyum bisülfit dizileme yönteminde; saflaştırılmış genomik DNA örneği sodyum bisülfit ile muamele edilir. Bu işlem sonucunda metillenmemiş sitozin (CC) kalıntıları urasile (UU) dönüşürken, metillenmiş sitozinler (5−mC5-mC) kimyasal olarak korunur. İşlem görmüş bu DNA ipliği, daha sonra PCR amplifikasyonu için kalıp (template) olarak kullanılır.

Tamamen metillenmemiş olduğu bilinen 5′−GACCGTAC−3′5'-G A C C G T A C-3' dizisine sahip bir DNA ipliğine sodyum bisülfit işlemi uygulandıktan hemen sonra (henüz PCR döngüleri başlamadan) oluşan ve kalıp görevi görecek olan ipliğin dizisi aşağıdakilerden hangisidir?

  1. 5′−GAUUGTAU−3′5'-G A U U G T A U-3'Cevap
  2. B
    5′−GATTGTAT−3′5'-G A T T G T A T-3'
  3. C
    5′−GACCGTAC−3′5'-G A C C G T A C-3'
  4. D
    5′−CTGGCATG−3′5'-C T G G C A T G-3'

Cevap

Urasil (UU) içeren 5′−GAUUGTAU−3′5'-G A U U G T A U-3' dizisi doğrudur, çünkü bisülfit işleminin doğrudan ürünü urasildir.
Sodyum bisülfit işlemi, DNA'daki metillenmemiş sitozinleri deaminasyon reaksiyonu ile urasile dönüştürür. Bu işlem genomik DNA'nın baz dizilimini epigenetik duruma göre değiştirir. Soruda 'henüz PCR yapılmadan' ve 'hemen sonra' ifadeleri kullanıldığı için, sitozinlerin yerini alan baz urasil (UU) olmalıdır. Bu nedenle 5′−GAUUGTAU−3′5'-G A U U G T A U-3' dizisi doğru cevaptır.

Adım Adım Çözüm

1
Orijinal dizideki sitozin (CC) pozisyonlarını belirle.
3,43, 4 ve 8.8. pozisyonlar sitozindir.
Sodyum bisülfit sadece sitozin bazları üzerinde etkilidir.
2
Metilasyon durumuna göre kimyasal dönüşümü uygula.
Sitozinler (CC) urasile (UU) dönüşür (C→UC \rightarrow U).
Soruda bölgenin tamamen metillenmemiş olduğu belirtilmiştir.
3
Dönüşüm sonrası oluşan ara ürün molekülünü tanımla.
Dizi 5′−GAUUGTAU−3′5'-G A U U G T A U-3' halini alır.
Bisülfit reaksiyonu deaminasyon yoluyla urasil oluşturur; timin oluşumu ise daha sonraki PCR aşamasında gerçekleşir.

Anahtar Kavram

Bisülfit Dönüşüm Mekanizması

İpuçları

1
Bisülfit işlemi hangi bazın kimyasal yapısını değiştirir?
2
Metillenmemiş sitozinlerin dönüşüm ürünü, RNA'da bulunan ancak normal DNA'da bulunmayan bir bazdır.
3
DNA polimeraz urasili (UU) bir timin (TT) gibi okur, ancak bisülfit tüpünden çıkan ilk molekül urasil içerir.

Daha Fazla Pratik

Metillenmiş sitozinlerin neden değişmediğini ve CpG adacıklarının biyolojik önemini gözden geçirin.
Tahmini Süre:2m 0s
Bu soruyu puanla

Konular

Moleküler Genetik Teknikler

Bu konudan daha fazla soru