Examkin

Soru

Zorluk: Çok zorMoleküler Genetik Teknikler

Sanger (dideoksi) yöntemi ile gerçekleştirilen bir DNADNA dizi analizinde; 3′−TCGGATCGCCATG−5′3'-T C G G A T C G C C A T G-5' dizisine sahip bir kalıp DNADNA fragmanı ve bu fragmana komplementer olan 5′−AGCCT−3′5'-A G C C T-3' dizisindeki bir primer kullanılmaktadır. Reaksiyon ortamına dört çeşit dNTPdNTP (dATP,dTTP,dCTP,dGTPdATP, dTTP, dCTP, dGTP) ve yeterli miktarda DNADNA polimerazın yanı sıra, sadece ddGTPddGTP (dideoksiguanozin trifosfat) eklendiği varsayıldığında; primerden itibaren sentezlenen ve zinciri sonlandırılan fragmanların toplam nükleotid uzunlukları aşağıdakilerden hangisidir?

  1. 7, 9 ve 10Cevap
  2. B
    2, 4 ve 5
  3. C
    6, 8 ve 9
  4. D
    8 ve 13
  5. E
    11, 12 ve 13

Cevap

Sentezlenen fragmanların toplam uzunlukları 7, 9 ve 10 nükleotiddir.
Doğru yanıt olan seçenek, primerin (5 nükleotid) üzerine eklenen nükleotidleri doğru bir şekilde komplementer olarak eşleştirmiş ve ddGTP'nin durduracağı noktaları (7., 9. ve 10. pozisyonlar) doğru hesaplamıştır.

Adım Adım Çözüm

1
Primer ve kalıp dizinin eşleştiği bölgeyi belirleyin.
5 nükleotidlik primer (5′−AGCCT−3′5'-A G C C T-3'), kalıbın 3′−TCGGA−5′3'-T C G G A-5' kısmına bağlanır.
Sentezin nereden başladığını ve başlangıçtaki nükleotid sayısını saptamak için gereklidir.
2
Primerden sonra sentezlenecek nükleotidleri kalıp diziye göre (komplementerlik kuralı) sıralayın.
Kalıp dizinin devamı (3′→5′3' \rightarrow 5' yönünde): T-C-G-C-C-A-T-G. Yeni zincir (5′→3′5' \rightarrow 3' yönünde): A-G-C-G-G-T-A-C.
Hangi pozisyonlara hangi nükleotidlerin geleceğini belirlemek için.
3
ddGTP'nin hangi pozisyonlarda sentezi durduracağını saptayın.
Yeni zincirde Guanin (G) nükleotidinin sentezlenmesi gereken yerlerde (kalıptaki C'lerin karşısında) ddGTP gelerek sentezi sonlandırır. Bu pozisyonlar yeni sentezlenen kısımdaki 2., 4. ve 5. sıralardır.
Sanger yönteminde dideoksinükleotidler zincir uzamasını durdurur.
4
Toplam fragman uzunluklarını hesaplayın (Primer + Eklenenler).
Primer (5) + 2 = 7; Primer (5) + 4 = 9; Primer (5) + 5 = 10.
Sonuç olarak elde edilen bantların uzunlukları primer dizisini de kapsar.

Anahtar Kavram

Sanger dizileme yönteminde zincir sonlanması, dideoksinükleotidlerin (ddNTP) komplementer bazın karşısına gelmesiyle gerçekleşir ve fragman boyutu 'primer + eklenen nükleotidler' toplamıdır.

İpuçları

1
Sentezin başladığı primer dizisinin 5 nükleotid uzunluğunda olduğunu unutmayın.
2
ddGTP, kalıp zincirdeki hangi bazın (A, T, G, C) karşısına gelirse sentez durur?
3
Primerden sonraki ilk durak, kalıptaki ilk C nükleotidinin olduğu yerdir. Bu nokta toplamda kaçıncı nükleotide denk gelir?

Daha Fazla Pratik

Farklı ddNTP'lerin (örneğin ddATP) kullanıldığı durumlar için fragman boyutu hesaplamaları yaparak konuyu pekiştirin.
Tahmini Süre:3m 0s
Bu soruyu puanla

Konular

Moleküler Genetik Teknikler

Bu konudan daha fazla soru