Bir tıbbi genetik laboratuvarında, belirli bir genin mRNA ekspresyon düzeylerini karşılaşt… — TUS - Tıpta Uzmanlık Sınavı

Bir tıbbi genetik laboratuvarında, belirli bir genin $mRNA$ ekspresyon düzeylerini karşılaştırmak amacıyla "Reverse Transcription-Quantitative PCR" ( $RT-qPCR$ ) yöntemi kullanılmaktadır. Yapılan analizde, Hasta 1 ve Hasta 2'den alınan örneklerin eşik döngü ( $C_t$ ) değerleri sırasıyla $22$ ve $26$ olarak belirlenmiştir.

Reaksiyon verimliliğinin $\%100$ ( $E = 2$ ) olduğu kabul edildiğinde, bu verilere göre hedef $mRNA$ miktarı açısından yapılabilecek en doğru yorum aşağıdakilerden hangisidir?

Hasta 1'deki hedef $mRNA$ miktarı, Hasta 2'den $16$ kat daha fazladır.Cevap
B
Hasta 2'deki hedef $mRNA$ miktarı, Hasta 1'den $16$ kat daha fazladır.
C
Hasta 1'deki hedef $mRNA$ miktarı, Hasta 2'den $4$ kat daha fazladır.
D
Hasta 2'deki hedef $mRNA$ miktarı, Hasta 1'den $4$ kat daha fazladır.

Cevap

Hasta 1'deki hedef mRNA miktarı, Hasta 2'den 16 kat daha fazladır.

Real-time PCR yönteminde floresan sinyalinin arka plan gürültüsünü aşarak saptanabilir hale geldiği döngüye eşik döngüsü (

C_t

) denir. Başlangıçtaki hedef

mRNA

(veya

cDNA

) miktarı ne kadar fazlaysa, eşik değeri o kadar erken (düşük döngü sayısında) geçilir. Hasta 1 (

C_t=22

) ve Hasta 2 (

C_t=26

) arasındaki fark

4

döngüdür. Her döngüde ürün miktarı iki katına çıktığına göre (

2^n

kuralı), başlangıç miktarları arasındaki fark

2^4 = 16

kattır. Hasta 1 daha düşük

C_t

değerine sahip olduğu için hedef

mRNA

miktarı 16 kat daha fazladır.

Adım Adım Çözüm

C_t

(Threshold Cycle) kavramının yorumlanması

C_t

değeri düşük olan örnekte başlangıç kalıp miktarı daha yüksektir.

Floresan sinyalinin eşik değeri daha erken (daha az döngüde) geçmesi, ortamda daha fazla hedef molekül olduğunu gösterir.

Döngü farkının (

\Delta C_t

) hesaplanması

\Delta C_t = 26 - 22 = 4

İki hasta arasındaki nükleik asit miktar farkını hesaplamak için döngü farkı bulunur.

Miktar farkının üstel olarak hesaplanması

2^{\Delta C_t} = 2^4 = 16

kat fark

%100 verimlilikte her döngüde miktar iki katına çıkar, bu nedenle fark

2

tabanında üsteldir.

Anahtar Kavram

Real-time PCR (

qPCR

) analizinde

C_t

değeri ile başlangıç nükleik asit konsantrasyonu arasındaki ters logaritmik ilişki.

Soru

Cevap

Adım Adım Çözüm

Anahtar Kavram

Sık Yapılan Hatalar

Konular

Bu konudan daha fazla soru