Examkin

Soru

Zorluk: Çok zorMoleküler Genetik Teknikler

Moleküler genetik araştırmalar yapan bir ekip, 5.05.0 kilobaz (kbkb) uzunluğundaki dairesel bir DNA molekülünü Southern Blot yöntemiyle haritalandırmaktadır. DNA örneği farklı restriksiyon endonükleazları ile kesildikten sonra elektroforez yapılmış ve dairesel DNA üzerinde tek bir bölgeye spesifik radyoaktif işaretli bir prob ile hibridize edilmiştir. Otoradyografi sonuçları şu şekildedir:

* EcoRIEcoRI kesimi: 5.05.0 kb'lık tek bant
* BamHIBamHI kesimi: 3.03.0 kb'lık tek bant
* EcoRI+BamHIEcoRI + BamHI kesimi: 0.50.5 kb'lık tek bant

Bu verilere göre, restriksiyon siteleri ve probun konumu ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

  1. A
    DNA molekülü üzerinde iki adet EcoRIEcoRI, bir adet BamHIBamHI kesim bölgesi bulunmaktadır.
  2. EcoRIEcoRI kesim bölgesi ile buna en yakın BamHIBamHI kesim bölgesi arasındaki mesafe 0.50.5 kb'dır.Cevap
  3. C
    Probun hibridize olduğu bölge, BamHIBamHI kesimiyle oluşan 2.02.0 kb'lık fragman içerisinde yer almaktadır.
  4. D
    Her iki enzimin de DNA üzerinde sadece birer adet kesim bölgesi bulunmaktadır.

Cevap

Dairesel DNA üzerinde EcoRIEcoRI sitesi ile en yakın BamHIBamHI sitesi arasındaki mesafe 0.50.5 kb'dır.
Southern Blot analizinde sadece probun hibridize olduğu fragmanlar görünür hale gelir. 5.05.0 kb'lık dairesel DNA'da EcoRIEcoRI tek bir noktadan keserek molekülü lineerize etmiş (5.05.0 kb bant), BamHIBamHI ise en az iki noktadan keserek molekülü 3.03.0 kb ve 2.02.0 kb'lık parçalara ayırmıştır. Prob 3.03.0 kb'lık fragmana bağlandığı için otoradyografide bu bant görülür. Her iki enzimle yapılan çift kesimde 0.50.5 kb'lık bandın görülmesi, EcoRIEcoRI sitesinin, probun üzerinde bulunduğu 3.03.0 kb'lık fragmanı bir ucu EcoRIEcoRI diğer ucu BamHIBamHI olacak şekilde 0.50.5 kb ve 2.52.5 kb'lık iki parçaya böldüğünü ve probun 0.50.5 kb'lık tarafta kaldığını kanıtlar.

Adım Adım Çözüm

1
Toplam molekül uzunluğunun belirlenmesi
DNA toplamda 5.05.0 kb'dır.
Dairesel bir molekülün tek bir enzimle (EcoRIEcoRI) kesilmesi sonucu oluşan 5.05.0 kb'lık lineer bant, molekülün çevresinin toplam uzunluğunu verir.
2
BamHI kesim sitelerinin ve prob konumunun analizi
En az iki BamHIBamHI sitesi mevcuttur ve prob 3.03.0 kb'lık fragmandadır.
Sadece BamHIBamHI kesiminde 3.03.0 kb bant görülmesi, DNA'nın 3.03.0 kb ve 2.02.0 kb (görülmeyen) olmak üzere iki parçaya ayrıldığını ve probun 3.03.0 kb'lık parçaya hibridize olduğunu gösterir.
3
Çift kesim (EcoRI + BamHI) verilerinin yorumlanması
EcoRIEcoRI sitesi, probun üzerinde bulunduğu 3.03.0 kb'lık bölgeyi bölmektedir.
Çift kesimde probun 0.50.5 kb'lık bir fragmanda kalması, EcoRIEcoRI sitesinin probun bulunduğu bölgeyi bir ucu EcoRIEcoRI diğer ucu BamHIBamHI olan 0.50.5 kb'lık bir parçaya ayırdığını gösterir.
4
Haritalandırma sonucunun doğrulanması
EcoRIEcoRI - BamHIBamHI mesafesi 0.50.5 kb.
Probun bağlandığı 0.50.5 kb'lık parça, iki enzim sitesi arasındaki mesafeyi doğrudan temsil eder.

Anahtar Kavram

Restriksiyon haritalandırması ve Southern Blot yorumlama
Bu soruyu puanla

Konular

Moleküler Genetik Teknikler

Bu konudan daha fazla soru