Real-Time PCR (kantitatif PCR) analizinde, floresan sinyalinin arka plan gürültüsünü aşarak eşik değerini (threshold) geçtiği döngü sayısı olan eşik döngüsü (), başlangıçtaki hedef nükleik asit miktarı ile ters orantılıdır. Bir araştırma projesinde, aynı gen bölgesini hedefleyen iki farklı hücre kültüründen elde edilen DNA örneklerinin analizi sonucunda Örnek 1'in değeri 22, Örnek 2'nin değeri ise 25 olarak saptanmıştır. PCR verimliliğinin her döngüde (tam katlanma) olduğu kabul edildiğinde, bu sonuçlara göre başlangıç hedef DNA miktarları arasındaki ilişki hakkında aşağıdakilerden hangisi doğrudur?
- Örnek 1, Örnek 2'den yaklaşık 8 kat daha fazla başlangıç DNA'sı içermektedir.Cevap
- BÖrnek 2, Örnek 1'den yaklaşık 3 kat daha fazla başlangıç DNA'sı içermektedir.
- CÖrnek 2'nin değerinin yüksek olması, örnekte polimeraz aktivitesini artıran kofaktörlerin daha fazla olduğunu gösterir.
- DHer iki örneğin başlangıç DNA miktarları eşittir, farkı nükleotit sentez yönündeki varyasyonlardan kaynaklanmaktadır.
Cevap
Örnek 1'in başlangıç hedef DNA miktarı Örnek 2'den 8 kat fazladır.
Real-Time PCR'da miktar her döngüde teorik olarak iki katına çıkar ( katlanma). Örnek 1 (22 döngü), Örnek 2'den (25 döngü) 3 döngü önce eşik değerine ulaşmıştır. Bu durum, Örnek 1'in başlangıçta kat daha fazla DNA içerdiği anlamına gelir. Daha düşük değeri, eşiğe daha erken ulaşıldığını ve dolayısıyla daha fazla kalıp bulunduğunu gösterir.
Adım Adım Çözüm
Anahtar Kavram
Real-Time PCR'da eşik döngüsü () ile başlangıç DNA miktarı arasındaki ters logaritmik ilişki.