Examkin

Soru

Zorluk: Çok zorProtein Ayrıştırma ve Analiz Teknikleri

Bir polimerik proteinin yapısal organizasyonunu inceleyen bir araştırmacı, saflaştırdığı örnek üzerinde şu analizleri gerçekleştirmiştir:

* Jel filtrasyon kromatografisi: Proteinin doğal (native) moleküler ağırlığı 160160 kDa olarak hesaplanmıştır.
* SDS-PAGE (indirgeyici ajan içermeyen): Jel üzerinde 8080 kDa ağırlığında tek bir bant gözlenmiştir.
* **SDS-PAGE (β\beta-merkaptoetanol ilaveli):** Jel üzerinde 3030 kDa ve 5050 kDa ağırlığında iki ayrı bant gözlenmiştir.

Bu verilere dayanarak, incelenen proteinin alt birim yapısı ve moleküler organizasyonu hakkında aşağıdakilerden hangisi söylenebilir?

  1. A
    Protein, her biri 4040 kDa ağırlığında olan ve birbirine disülfit bağlarıyla bağlı dört özdeş alt birimden oluşmaktadır.
  2. Protein, kovalent olmayan etkileşimlerle bir arada tutulan iki adet 8080 kDa'lık heterodimerden oluşur; her bir dimer ise disülfit bağlarıyla birbirine bağlanmış birer 3030 ve 5050 kDa'lık alt birim içerir.Cevap
  3. C
    Protein, birbirine disülfit köprüleriyle bağlı bir adet 110110 kDa'lık ve bir adet 5050 kDa'lık iki farklı polipeptit zincirinden meydana gelmektedir.
  4. D
    3030 ve 5050 kDa'lık alt birimler ana yapıda kovalent olmayan bağlarla tutunurken, 8080 kDa'lık dimerik yapılar disülfit köprüleri ile stabilize edilmiştir.
  5. E
    Protein, 160160 kDa ağırlığında tek bir polipeptit zinciridir ve β\beta-merkaptoetanol etkisiyle spesifik peptit bağlarının kopması sonucu parçalara ayrılmıştır.

Cevap

İncelenen protein, kovalent olmayan bağlarla birleşmiş iki heterodimerden oluşan bir tetramerdir; her bir heterodimer ise disülfit bağıyla bağlı 3030 ve 5050 kDa'lık alt birimlerden meydana gelir.
Jel filtrasyonunda 160160 kDa olan proteinin SDS (non-redükte) ortamında 8080 kDa'ya düşmesi, yapının non-kovalan bağlarla bağlı iki ana parçadan oluştuğunu gösterir. Bu 8080 kDa'lık parçaların indirgeyici ortamda (β\beta-ME) 3030 ve 5050 kDa'ya ayrılması ise, bu dimerlerin disülfit bağlarıyla bağlı farklı alt birimlerden oluştuğunu kanıtlar. Bu durum (30+50)×2(30+50) \times 2 organizasyonunu doğrular.

Adım Adım Çözüm

1
Jel filtrasyon verisini analiz et
Proteinin doğal (native) hali 160160 kDa'dır.
Jel filtrasyonu proteinlerin doğal konformasyonundaki toplam kütlesini ölçen bir yöntemdir.
2
İndirgeyici olmayan SDS-PAGE verisini analiz et
Protein 8080 kDa'lık birimlere ayrılmıştır.
SDS, kovalent olmayan etkileşimleri bozar ancak disülfit bağlarını koparamaz. Bantların 8080 kDa'da kalması, bu birimlerin (dimerlerin) disülfit bağlarıyla bir arada tutulduğunu gösterir.
3
İndirgeyici (indirgen) SDS-PAGE verisini analiz et
8080 kDa'lık her bir birim, 3030 kDa ve 5050 kDa'lık alt birimlere ayrılmıştır.
β\beta-merkaptoetanol disülfit bağlarını koparır. Bu sonuç, 8080 kDa'lık her bir dimerin birer 3030 ve 5050 kDa'lık polipeptitten oluştuğunu kanıtlar.
4
Tüm verileri sentezle
Protein (αβ)2(\alpha\beta)_2 yapısında bir heterotetramerdir.
3030 ve 5050 kDa alt birimleri disülfit bağıyla bağlıdır (8080 kDa); iki adet 8080 kDa'lık ünite ise non-kovalan bağlarla birleşerek 160160 kDa'lık ana yapıyı oluşturur.

Anahtar Kavram

Proteinlerin kuaterner yapısındaki kovalent (disülfit) ve kovalent olmayan (hidrofobik, iyonik) bağların SDS ve indirgeyici ajanlar kullanılarak ayırt edilmesi.
Bu soruyu puanla

Konular

Protein Ayrıştırma ve Analiz Teknikleri

Bu konudan daha fazla soru