Bir genetik tanı merkezinde, bir hastada bilinen bir nokta mutasyonunun (SNP) varlığını araştırmak amacıyla özel bir PCR protokolü tasarlanmıştır. Bu yöntemde kullanılan primerlerden birinin ucundaki son nükleotidi, hedef mutasyonun bulunduğu bölgeye tam karşılık gelecek (komplementer olacak) şekilde tasarlanmıştır. Deney sırasında, DNA polimerazın primerin ucunda kalıp DNA ile tam bir eşleşme (match) saptadığı durumda zinciri uzatabildiği, ancak tek bir bazlık uyumsuzluk (mismatch) durumunda polimerizasyonu gerçekleştiremediği gözlenmiştir.
Bu çalışma prensibine dayanan ve klinik laboratuvarlarda spesifik mutasyonların hızlı taranmasında kullanılan moleküler teknik aşağıdakilerden hangisidir?
- Allele-Specific PCR (Allele Özgü PCR / ARMS)Cevap
- BNested PCR (İç içe PCR)
- CInverse PCR (Ters PCR)
- DMultiplex PCR (Çoklu PCR)
Cevap
Allele-Specific PCR (Allele Özgü PCR / ARMS)
Allele-Specific PCR (AS-PCR), diğer adıyla ARMS (Amplification Refractory Mutation System), DNA polimerazın (özellikle proofreading aktivitesi olmayan Taq polimerazın) primerin en son nükleotidindeki bir uyumsuzluğu 'tamir edememesi' ve dolayısıyla yeni nükleotid ekleyememesi prensibine dayanır. Bu sayede, primerin ucu hedef mutasyona göre tasarlanırsa, sadece o mutasyonun varlığında çoğalma gerçekleşir.
Adım Adım Çözüm
Anahtar Kavram
Allele-Specific PCR (AS-PCR) veya ARMS tekniği, DNA polimerazın primerin ucundaki baz uyumsuzluklarını uzatamama (refrakterlik) özelliğine dayanır.
Daha Fazla Pratik
Bu yöntemin neden proofreading ( ekzonükleaz) aktivitesi olan polimerazlarla yapılamayacağını düşününüz.
Tahmini Süre:1m 30s