Amino Asitler ve Proteinler

Alanin gibi iyonlaşabilen bir yan zinciri bulunmayan dipolar bir amino asidin bulunduğu çözeltinin $pH$ değeri, amino grubunun iyonizasyon sabitine ($pK_{a2}$) tam olarak eşitlendiğinde, bu amino asidin moleküler dağılımı ve net yükü ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Amino asitlerin birbirine kovalent olarak bağlanarak polipeptid zincirlerini oluşturduğu kondansasyon tepkimesinde, bir amino asidin $\alpha$-karboksil grubu ile diğer amino asidin hangi fonksiyonel grubu arasında amit (peptid) bağı kurulur?

Proteinlerin primer yapısını oluşturan amino asitlerin birbirine bağlanma şekli olan peptid bağının biyokimyasal özellikleri dikkate alındığında, aşağıdakilerden hangisi bu bağın karakteristik bir özelliği değildir?

Protein saflaştırma tekniklerinden biri olan jel filtrasyon (boyut dışlama) kromatografisinde, bir protein karışımı kolona uygulandığında kolonu ilk terk eden (en önce elüsyona uğrayan) proteinlerin genel özelliği aşağıdakilerden hangisidir?

Çok sayıda disülfid bağı içeren Ribonükleaz A enziminin denatürasyon ve renatürasyon süreçlerini inceleyen bir araştırmacı; enzimi önce $8 \text{ M}$ üre ve $\beta$-merkaptoetanol içeren bir çözeltide tamamen denatüre etmiştir. Daha sonra, enzimi aktif hale getirmek amacıyla ortamdan önce $\beta$-merkaptoetanolü uzaklaştırmış, üreyi ise ortamda bırakmıştır. Bu işlemin sonunda enzimin biyolojik aktivitesinin sadece $\%1$ oranında geri döndüğü saptanmıştır.

Bu durumun temel biyokimyasal nedeni aşağıdakilerden hangisidir?

Bir proteinin biyosentezinden fonksiyonel hale gelmesine kadar geçen süreçte gözlenen hiyerarşik yapısal organizasyon düzeylerinin, en basit birimden en karmaşık yapıya doğru doğru sıralanışı aşağıdakilerden hangisidir?

Hücre içerisinde yeni sentezlenen polipeptid zincirlerinin agregasyonunu (çökelmesini) önlemek ve uygun konformasyona katlanmalarına yardımcı olmak amacıyla görev yapan $Hsp70$ ($DnaK$) şaperon sisteminin moleküler çalışma mekanizması ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Kollajen polipeptid zincirlerinin primer yapısında her üç kalıntıdan birinde yer alan ve üçlü sarmalın ($triple$ $helix$) merkezindeki dar alana sığabilen yegane amino asit aşağıdakilerden hangisidir?

Amino asitlerin sınıflandırılmasında yan zincirlerin kimyasal yapısı ve besinsel değerleri (esansiyel olup olmamaları) önemli klinik ve biyokimyasal parametrelerdir. Buna göre, yan zincirinde hidroksil ($-OH$) grubu bulunduran ve insan vücudunda sentezlenemediği için diyetle dışarıdan alınması zorunlu olan (esansiyel) amino asit aşağıdakilerden hangisidir?

Hemoglobinin allosterik regülasyonunda rol oynayan T (gergin) ve R (gevşek) konformasyonel durumları arasındaki geçiş, doku düzeyinde oksijen afinitesini belirleyen temel mekanizmadır. Dokulardaki mikroçevrenin hemoglobinin tetramerik yapısı üzerindeki etkileri ve Bohr etkisi mekanizması dikkate alındığında, T konformasyonunun moleküler düzeyde stabilizasyonu ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Proteinlerin hücre içinde doğru şekilde katlanmasına yardımcı olan ve kümelenmeyi (agregasyonu) önleyen şaperonlar (örneğin $Hsp70$) ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Glisin amino asidinin iyonlaşabilen gruplarına ait $pK_a$ değerleri şöyledir:

* $\alpha$-karboksil grubu ($pK_{a1}$): $2,4$
* $\alpha$-amino grubu ($pK_{a2}$): $9,6$

Buna göre, bu amino asidin net elektriksel yükünün sıfır olduğu $pH$ değeri (izoelektrik nokta) aşağıdakilerden hangisidir?

Proteinlerin hiyerarşik organizasyonu sırasında oluşan yapısal düzeylerin stabilitesini sağlayan kuvvetler farklılık gösterir. Polipeptid omurgasındaki (backbone) karbonil oksijeni ve amino hidrojeni arasında kurulan düzenli hidrojen bağları ile karakterize olan ve kural olarak amino asit yan zincirlerinin (R grupları) doğrudan etkileşimlerini içermeyen yapısal düzey aşağıdakilerden hangisidir?

Fibröz proteinlerin biyokimyasal özellikleri ve sentez süreçleri değerlendirildiğinde; kollajen ve elastin liflerinin her ikisi de ekstraselüler matriste lizil oksidaz aracılı çapraz bağlarla stabilize edilir. Ancak bu iki protein, post-translasyonel modifikasyonlar ve yapısal organizasyon açısından temel farklılıklara sahiptir.

Buna göre, kollajen ve elastin proteinleri arasındaki farklar ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Proteinlerin yapısal organizasyon düzeyleri incelendiğinde; polipeptid omurgasında yer alan karbonil oksijenleri ($C=O$) ile amid hidrojenleri ($N-H$) arasında kurulan hidrojen bağları sayesinde stabilize edilen, amino asit yan zincirlerinin (R grupları) kimyasal özelliklerinden ziyade omurga atomlarının düzenli etkileşimine dayanan yapısal düzey aşağıdakilerden hangisidir?

Proteinlerin hiyerarşik yapısal organizasyonu dikkate alındığında, yapısal düzeylerin özellikleri ve stabilitesini sağlayan biyokimyasal kuvvetlerle ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Fibröz proteinlerin (kollajen ve elastin) biyosentezi, yapısal organizasyonu ve klinik ilişkileri göz önüne alındığında, aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Miyoglobin ve hemoglobinin oksijen bağlama özellikleri karşılaştırıldığında, miyoglobinin oksijen bağlama eğrisinin şekli ve fizyolojik rolü ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Laboratuvar ortamında üç farklı proteinin saflaştırılması ve analizi amacıyla uygulanan iki boyutlu elektroforez ($2D$-electrophoresis) düzeneğinde; pI değerleri sırasıyla $5.2$, $6.8$ ve $6.8$ olan, moleküler ağırlıkları ise sırasıyla $45$ kDa, $45$ kDa ve $90$ kDa olan Protein K, L ve M karışımı kullanılmaktadır. Bu karışımın önce pH gradyanı içeren bir jelde birinci boyut ayrımı, ardından bu jelden elde edilen bandın uygun reaktiflerle muamele edilerek ikinci boyutta yürütülmesi sonucunda elde edilecek bulgularla ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Hücre içerisinde sentezlenen proteinlerin primer yapısını belirleyen peptid bağlarının ($\text{CONH}$) fizikokimyasal özellikleri ve biyolojik aktif peptidlerin yapısal modifikasyonları ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?