Amino Asitler ve Proteinler

Proteinlerin saflaştırılması ve yapısal özelliklerinin analizi amacıyla laboratuvar ortamında uygulanan kromatografik, elektroforetik ve kimyasal tekniklerin temel prensipleri dikkate alındığında, aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Proteinlerin doğru katlanmasını sağlayan şaperonin ($Hsp60$) kompleksleri (örn. $GroEL-GroES$), allosterik olarak düzenlenen bir 'moleküler zamanlayıcı' mekanizmasıyla çalışır. Bu sistemin döngüsel çalışma prensibi düşünüldüğünde, cis-halkasında katlanmasını tamamlamış polipeptid zincirinin boşluktan salınarak (release) dışarı bırakılmasını sağlayan kritik tetikleyici olay aşağıdakilerden hangisidir?

Kollajen ve elastin gibi fibröz proteinlerin biyosentez süreçleri; hücre içi post-translasyonel modifikasyonlar ve ekstraselüler matriksteki olgunlaşma basamaklarını içeren karmaşık bir dizidir. Bu proteinlerin yapısal organizasyonu, doku dağılımları ve sentez süreçleri dikkate alındığında, aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Proteinlerin hiyerarşik organizasyon düzeyleri incelendiğinde; amino asitlerin peptid bağları aracılığıyla uç uca eklenerek oluşturduğu özgün dizilimi ifade eden ve proteinin fonksiyonel üç boyutlu yapısı için gerekli tüm genetik bilgiyi barındıran yapı düzeyi aşağıdakilerden hangisidir?

Proteinlerin ve biyolojik aktif peptidlerin temel yapısal birimi olan peptid bağının ($\text{CONH}$) fizikokimyasal özellikleri ile organizmadaki spesifik peptid modifikasyonları hakkında verilen aşağıdaki bilgilerden hangisi yanlıştır?

48 yaşında bir erkek hasta, mekanik mitral kapak replasmanı sonrası gelişen kronik intravasküler hemoliz nedeniyle takip edilmektedir. Laboratuvar incelemelerinde plazma haptoglobin düzeyinin saptanamayacak kadar düşük ($< 5$ mg/dL) olduğu, serbest hemoglobinüri ve belirgin $LDH$ yüksekliği görülmüştür. Bu klinik tabloda, haptoglobinin tükenmesiyle birlikte serbest kalan 'hem' grubunun toksik etkilerini sınırlamak ve demiri geri kazanmak amacıyla devreye giren en önemli süpürücü (scavenger) sistem ile ilgili aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Akut bakteriyel pnömoni şüphesiyle acil servise başvuran $70$ yaşındaki bir hastada, inflamatuar sürecin takibinde kullanılan en duyarlı ve hızlı yanıt veren akut faz reaktanı ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Bağ dokusunun temel bileşenlerinden olan fibröz proteinlerin sentez süreçleri ve yapısal organizasyonları incelendiğinde; elastin molekülünün kollajenden farklı olarak belirli modifikasyonları içermediği ve kendine has çapraz bağlara sahip olduğu görülür.

Buna göre, elastinin biyokimyasal özellikleri ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Polipeptid zincirlerinin yapısal organizasyonunu belirleyen peptid birimlerinin ($CONH$) fizikokimyasal karakteristikleri ve biyolojik sistemlerde sinyal iletimi veya antioksidan savunma gibi kritik görevler üstlenen aktif peptidler ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi yanlıştır?

28 yaşında bir kadın hasta, ani gelişen halsizlik ve idrar renginde koyulaşma şikayetiyle acil servise başvuruyor. Fizik muayenesinde skleraların ikterik olduğu gözleniyor. Laboratuvar bulgularında hemoglobin düzeyi düşük, indirekt bilirubin seviyesi yüksek ve periferik yaymada şistositler izleniyor. Akut intravasküler hemoliz tanısı düşünülen bu hastada, serbest hemoglobini bağlayarak böbreklerden kaybını önleyen ve plazma konsantrasyonu hızla düşen protein aşağıdakilerden hangisidir?

Fibröz proteinlerin (kollajen, elastin ve keratin) yapısal stabilitesini sağlayan moleküler etkileşimler ve bu proteinlerin biyofiziksel özellikleri değerlendirildiğinde, aşağıdakilerden hangisi biyokimyasal açıdan en doğrudur?

Proteinlerin sekonder yapısının belirlenmesinde kısıtlayıcı bir rol oynayan peptid bağının biyokimyasal karakteristikleri ile vücutta önemli fizyolojik görevleri bulunan aktif peptidler birlikte değerlendirildiğinde, aşağıdakilerden hangisi doğrudur?

Laboratuvar ortamında gerçekleştirilen bir titrasyon deneyinde, üç iyonize gruba sahip bir amino asidin net elektriksel yükünün $+0,5$ olduğu $pH$ değerinin, bu amino asidin $\alpha$-amino grubuna ait $pK_{a2}$ değerine sayısal olarak eşit olduğu saptanmıştır. Buna göre, söz konusu amino asit ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Bir amino asidin titrasyonu sırasında, molekülün net elektriksel yükünün $+0,5$ olduğu $pH$ değerinin $2,1$ olduğu saptanmıştır. Bu amino asidin $\alpha$-amino grubuna ait $pK_a$ değeri $9,8$ ve yan zincir karboksil grubuna ait $pK_a$ değeri $3,9$ olduğuna göre, bu amino asidin izoelektrik noktası ($pI$) kaçtır?

İntravasküler hemoliz sürecinde, serbest kalan hemoglobinin ($Hb$) oksidasyonu sonucu oluşan methemoglobinden ayrılan ferrihem (hemin) moleküllerinin toksik etkilerini önlemek amacıyla devreye giren yüksek afiniteli temizleme mekanizmasıyla ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Bir biyokimya uzmanı, saflaştırdığı bir proteinin moleküler ağırlığını ve alt birim kompozisyonunu incelemek için SDS-PAGE (Sodyum Dodesil Sülfat - Poliakrilamid Jel Elektroforezi) analizini kullanmaktadır. Yapılan deneyde şu bulgular elde edilmiştir:

- Sadece SDS içeren ortamda yapılan elektroforezde: $120\,kDa$ ağırlığında tek bir bant.
- Hem SDS hem de $\beta$-merkaptoetanol ($\beta$-ME) içeren ortamda yapılan elektroforezde: $80\,kDa$ ve $40\,kDa$ ağırlığında iki farklı bant.

Bu deneysel verilere göre, incelenen proteinin yapısı ile ilgili aşağıdaki çıkarımlardan hangisi doğrudur?

Kollajen sentezi sürecinde gerçekleşen aşağıdaki biyokimyasal olaylardan hangisi, molekülün hücreden salgılanmasından sonra (ekstraselüler ortamda) meydana gelir?

Fetal hemoglobin ($HbF$, $\alpha_2\gamma_2$), maternal dolaşımdan fetus dolaşımına plasenta aracılığıyla oksijen transferini kolaylaştırmak için erişkin hemoglobinine ($HbA$, $\alpha_2\beta_2$) kıyasla daha yüksek oksijen afinitesine sahiptir. Bu afinite farkı, fetal eritrositlerdeki hemoglobinin $2,3$-bifosfogliserat ($2,3$-BPG) ile etkileşiminin daha zayıf olmasından kaynaklanır.

$HbF$'nin $2,3$-BPG'yi $HbA$'ya göre daha düşük afinite ile bağlamasının temel yapısal nedeni aşağıdakilerden hangisidir?

Amino asitlerin yapısal konfigürasyonları, stereokimyasal özellikleri ve metabolik akıbetleri dikkate alındığında; yan zinciri alifatik karakterde olup dallanma gösteren, molekül yapısında iki adet asimetrik ($kiral$) karbon atomu barındıran ve karbon iskeletinin yıkımı sonucunda hem glukojenik hem de ketojenik ara ürünler açığa çıkaran esansiyel amino asit aşağıdakilerden hangisidir?

Bir biyokimya laboratuvarında saflaştırılan ve özellikleri aşağıda verilen üç farklı protein içeren bir karışım bulunmaktadır:

Bu protein karışımı, pH $7.5$ değerindeki bir tampon çözelti içerisinde DEAE-selüloz (anyon değiştirici) kolonuna uygulanmıştır.

Buna göre, bu proteinlerin kromatografi kolonundaki davranışları ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?