RNA Sentezi (Transkripsiyon)

Ökaryotik hücrelerde $mRNA$ sentezi sırasında $\alpha$-amanitin'e yüksek duyarlılık gösteren $RNA$ polimeraz $II$’nin karboksi-terminal domaini ($CTD$), transkripsiyonun farklı aşamalarında dinamik fosforilasyon kalıpları sergiler. Transkripsiyonel başlangıç kompleksinin oluşumunu takiben, enzimin promotörün yaklaşık $20-60$ nükleotid ilerisinde duraksadığı ($promoter$ $proximal$ $pausing$) bilinmektedir. Bu duraksamayı ortadan kaldırarak transkripsiyonun üretken uzama ($productive$ $elongation$) aşamasına geçmesini sağlayan, $CTD$ üzerindeki serin 2 ($Ser2$) kalıntılarını fosforilleyen ve aynı zamanda ekleme ($splicing$) faktörlerinin katılımını koordine eden temel protein kompleksi aşağıdakilerden hangisidir?

Ökaryotik hücrelerde transkripsiyon süreçleri, RNA polimeraz enzimlerinin $\alpha$-amanitin toksinine karşı gösterdiği farklı duyarlılık dereceleri ile karakterize edilebilir. Laboratuvar ortamında yapılan bir analizde, $mRNA$ sentezinin pikomolar düzeylerde ($10^{-9}$ M) inhibe olduğu, $tRNA$ ve $5S$ rRNA sentezinin ise ancak mikromolar ($10^{-6}$ M) konsantrasyonlarda durduğu saptanmıştır. Buna karşın, nükleolusta gerçekleşen ribosomal RNA sentezinin bu toksinden etkilenmeden devam ettiği gözlenmiştir.

Buna göre, söz konusu toksine en dirençli olan RNA polimeraz tarafından sentezlenen ve sitoplazmada protein sentezi sırasında ribozomun küçük alt biriminin ($40S$) yapısına katılan molekül aşağıdakilerden hangisidir?

Hücre içerisinde genetik bilginin $DNA$'dan $RNA$'ya aktarıldığı transkripsiyon (RNA sentezi) sürecinde, $RNA$ polimeraz enziminin substrat olarak kullandığı ve sentezlenen zincire eklediği temel yapı taşları aşağıdakilerden hangisidir?

Hücrede gerçekleşen transkripsiyon sürecinde $RNA$ polimeraz enzimi, yeni $RNA$ zincirini $5' \rightarrow 3'$ yönünde sentezlemektedir. Bu işlemin gerçekleştirilebilmesi için enzimin kalıp ($template$) olarak kullandığı $DNA$ zinciri üzerindeki ilerleme (okuma) yönü aşağıdakilerden hangisidir?

Prokaryotik hücrelerde gen ifadesinin ilk basamağı olan transkripsiyonun başlatılması süreci karmaşık konformasyonel değişiklikleri içerir. RNA polimeraz holoenziminin promoter dizilerine bağlanmasıyla başlayan ve transkripsiyonun kararlı bir şekilde devam ettiği "uzama" (elongation) fazına geçişi kapsayan süreçle ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

RNA sentezini (transkripsiyon) inhibe eden ajanlar, etki mekanizmalarına göre doğrudan enzimi hedef alabilir veya DNA kalıbı ile etkileşime girebilirler. DNA çift sarmalındaki pürin-pirimidin bazları arasına girerek ($interkalasyon$) RNA polimerazın ilerlemesini fiziksel olarak engelleyen ve bu mekanizmayla hem prokaryotik hem de ökaryotik hücrelerde transkripsiyonu inhibe eden ajan aşağıdakilerden hangisidir?

Klinik pratikte tüberküloz tedavisinin temel ilaçlarından biri olan Rifampisin, bakteriyel RNA sentezini ($transkripsiyon$) aşağıdaki mekanizmalardan hangisi ile inhibe eder?

Ökaryotik hücrelerde $mRNA$ sentezinin başlatılması sürecinde; $DNA$ sarmalının açılmasından (helikaz aktivitesi) ve $RNA$ polimeraz $II$’nin karboksi-terminal ucunun fosforillenerek (kinaz aktivitesi) promotörden ayrılmasından sorumlu olan genel transkripsiyon faktörü aşağıdakilerden hangisidir?

Ökaryotik hücrelerde transkripsiyon süreci, farklı $RNA$ türlerinin sentezinden sorumlu olan ve çeşitli toksinlere karşı farklı duyarlılıklar gösteren polimeraz sistemleri tarafından yürütülür. *Amanita phalloides* (köy göçüren) mantarı zehirlenmelerinde görülen şiddetli karaciğer toksisitesinden sorumlu olan $\alpha$-amanitin, temel olarak $RNA$ polimerazlar üzerinde inhibitör etki gösterir.

Bu toksinin moleküler etki mekanizması ve ökaryotik $RNA$ polimerazlar üzerindeki seçiciliği ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Ökaryotik hücrelerde transkripsiyon süreci, farklı RNA türlerinin sentezinden sorumlu olan birden fazla RNA polimeraz enzimi tarafından yürütülür. Buna göre, nükleoplazmada yerleşmiş olan ve transfer RNA ($tRNA$) ile 5S ribozomal RNA ($5S rRNA$) sentezinden sorumlu olan temel enzim aşağıdakilerden hangisidir?

Ökaryotik hücrelerde $RNA$ polimeraz $II$ tarafından gerçekleştirilen transkripsiyon sürecinde, enzimin promotörden uzaklaşıp üretken uzama ($productive$ $elongation$) fazına geçişi sıkı bir şekilde düzenlenir. Transkripsiyonun başlatılmasından kısa bir süre sonra ($20-60$ nükleotid), enzimin duraksamasına ($promoter-proximal$ $pausing$) neden olan $NELF$ ve $DSIF$ gibi faktörlerin inhibisyonunu kaldırarak transkripsiyonun devam etmesini sağlayan, $RNA$ polimeraz $II$’nin karboksi terminal ucunu ($CTD$) $Serin-2$ pozisyonundan fosforilleyen temel protein kompleksi aşağıdakilerden hangisidir?

Ökaryotik hücrelerde $RNA$ polimeraz $III$ tarafından gerçekleştirilen transkripsiyon süreçleri ve bu enzimin promotör tanıma mekanizmaları ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Ökaryotik transkripsiyon sürecinde RNA polimeraz II, sentezlenen RNA zincirine hatalı bir nükleotid eklendiğinde duraksar ve enzim kalıp üzerinde geriye doğru kayarak (backtracking) sentez ucunu aktif bölgeden dışarı çıkarır. Bu süreçte, hatalı RNA segmentinin hidrolitik olarak kesilmesini (cleavage) uyararak transkripsiyonun doğru şekilde yeniden başlamasını sağlayan faktör aşağıdakilerden hangisidir?

Hücresel transkripsiyon süreçleri; kullanılan polimeraz tipleri, promotör tanıma mekanizmaları ve spesifik inhibitörlere olan duyarlılıkları açısından yüksek düzeyde özelleşmiştir. Transkripsiyon inhibitörlerinin moleküler etki mekanizmaları ve seçicilikleri ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Ökaryotik hücrelerde gen ifadesinin transkripsiyonel düzeyde düzenlenmesinde rol oynayan 'güçlendirici' (enhancer) dizileri ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Ökaryotik hücrelerde transkripsiyonun sonlanması, $mRNA$ öncülünün poliadenilasyon sinyal dizisi ($AAUAAA$) sentezlendikten sonra kesilmesiyle yakından ilişkilidir. Bu süreçte öne çıkan "Torpido Modeli"ne ($Torpedo$ $Model$) göre, transkripsiyonun fiziksel olarak sonlandırılmasını ve $RNA$ polimeraz $II$'nin kalıptan ayrılmasını sağlayan temel olay aşağıdakilerden hangisidir?

Prokaryotik ve ökaryotik transkripsiyon süreçleri arasındaki farklar ve ortak özellikler göz önüne alındığında, RNA sentezinin mekanizması ve inhibisyonu ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Ökaryotik hücrelerde nükleus içerisinde gerçekleşen transkripsiyon sürecinde, protein sentezi için kalıp görevi gören mesajcı RNA ($mRNA$) öncüllerinin ($hnRNA$) sentezinden sorumlu olan ve $\alpha$-amanitin toksinine karşı en yüksek duyarlılığı göstererek düşük konsantrasyonlarda ($10^{-8}$ M) inhibe olan enzim aşağıdakilerden hangisidir?

Ökaryotik hücrelerde RNA polimeraz II tarafından gerçekleştirilen transkripsiyon sürecinde, enzimin promotör bölgesinden uzaklaşarak uzama (elongasyon) fazına geçişini sağlayan ve aynı zamanda $5'$ şapka (capping) enzimlerinin sentezlenen RNA'ya dahil edilmesini koordine eden temel mekanizma aşağıdakilerden hangisidir?