Moleküler Biyoloji

Prokaryotik hücrelerde protein sentezi (translasyon) süreci, bu süreçte görev alan faktörler ve süreci inhibe eden ajanlarla ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Ökaryotik hücrelerde nükleozom organizasyonu, gen ekspresyonunun kontrolünde dinamik bir rol oynar. Bu süreçte histon proteinlerinin amino-terminal uçlarındaki lizin kalıntıları, histon asetiltransferaz (HAT) enzimleri tarafından asetillenerek kromatin yapısının gevşemesine (ökromatin) ve transkripsiyonel aktiviteye izin verir.

Histon lizin kalıntılarının asetillenmesi sonucu DNA-protein etkileşiminin zayıflamasının altında yatan temel biyokimyasal değişim aşağıdakilerden hangisidir?

Hücre döngüsü denetim noktalarında (checkpoints) görev alan bir regülatör protein, DNA hasarı varlığında $p53$ tarafından transkripsiyonel olarak indüklenir. Bu protein, $G_1/S$ ve $S$ fazı geçişlerinde kritik rol oynayan $Siklin-CDK$ komplekslerini (özellikle $Siklin E-CDK2$) inhibe etmesinin yanı sıra, DNA replikasyon çatalında DNA polimerazın "kayan kıskaç" ($sliding$ $clamp$) proteini olan PCNA ($Proliferating$ $Cell$ $Nuclear$ $Antigen$) ile doğrudan etkileşime girerek DNA elongasyonunu baskılar. Hem bir Cdk-inhibitörü (CKI) olarak görev yapan hem de PCNA üzerinden DNA replikasyonunu doğrudan durdurabilen bu protein aşağıdakilerden hangisidir?

Nükleotid eksizyon tamiri (NER) mekanizması; genomun tamamında işleyen 'Global Genom Tamiri' (GGR) ve aktif olarak transkripte edilen genlerdeki hasarları hızla onarmak üzere özelleşmiş 'Transkripsiyonla İlişkili Tamir' (Transcription-Coupled Repair - TCR) olmak üzere iki alt yolağa sahiptir. TCR yolağında görevli proteinlerdeki defekt sonucu gelişen, nörolojik dejenerasyon, gelişme geriliği ve erken yaşlanma ile karakterize olan klinik tablo aşağıdakilerden hangisidir?

Prokaryotik hücrelerde DNA replikasyonu sırasında, replikasyon çatalında yeni DNA zincirlerinin büyük bir kısmının sentezinden sorumlu olan ve yüksek işlem yeteneğine (prosessivite) sahip temel replikasyon enzimi aşağıdakilerden hangisidir?

Hücresel stres koşullarında (amino asit açlığı, viral enfeksiyon veya katlanmamış protein yanıtı gibi), spesifik kinazlar tarafından ökaryotik başlatma faktörü $2$'nin alfa alt biriminin ($eIF2\alpha$) Serin $51$ pozisyonundan fosforillenmesi, global protein sentezini hızla durdurur.

$eIF2\alpha$ fosforilasyonunun bu süreçteki temel moleküler mekanizması aşağıdakilerden hangisidir?

Ökaryotik hücrelerde gerçekleşen protein sentezi (translasyon) mekanizması ve bu süreci etkileyen faktörlerle ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Nükleer reseptör süperailesi üyeleri, ökaryotik hücrelerde gen ifadesinin ligand bağımlı kontrolünde kritik rol oynarlar. Bu reseptörlerden Tip II nükleer reseptörlerin (örneğin tiroid hormon reseptörü), Tip I nükleer reseptörlerden (örneğin glukokortikoid reseptörü) farklı olarak ligand yokluğunda hedef gen transkripsiyonunu aktif olarak baskıladığı bilinmektedir.

Buna göre, Tip II nükleer reseptörlerin ligand yokluğundaki bu baskılayıcı etkisi temel olarak hangi mekanizma ile gerçekleşir?

Hücre döngüsünün denetlenmesinde görev alan $p27^{Kip1}$ ($CDKN1B$) proteini, özellikle G1/S geçişinde kritik bir inhibitördür. Kanser hücrelerinde $p27^{Kip1}$ seviyelerinin düşük olması sıklıkla genetik mutasyonlardan ziyade proteinin kontrolsüz yıkımıyla ilişkilidir. Bu proteinin biyokimyasal regülasyonu ve fonksiyonu ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Moleküler biyoloji laboratuvarında çalışan bir biyokimyacı, bir hastadan alınan kas biyopsisi örneğinde distrofin proteininin varlığını ve moleküler ağırlığını değerlendirmek amacıyla Western Blot yöntemini tercih etmiştir.

Bu yöntemle ilgili olarak aşağıda verilen ifadelerden hangisi doğrudur?

DNA molekülünün denatürasyonu sırasında çift sarmal yapının çözülmesiyle birlikte $260\text{ nm}$ dalga boyundaki ultraviyole ışık emiliminde (absorbans) yaklaşık $\%30-40$ oranında bir artış gözlenir. "Hiperkromik etki" (hiperkromisite) olarak adlandırılan bu fenomenin temel biyokimyasal nedeni aşağıdakilerden hangisidir?

Ökaryotik bir hücre sitozolünde, 50 amino asit uzunluğunda bir polipeptit zincirinin sentezlenmesi planlanmaktadır. Bu sürecin inisiyasyon (mRNA tarama/scanning basamağı hariç), elongasyon ve terminasyon evrelerinde tüketilen toplam yüksek enerjili fosfat bağı ($P \sim P$) sayısı ile translasyonu 60S ribozomal alt birimine bağlanarak inhibe eden ajanın eşleştirilmesi aşağıdakilerin hangisinde doğru verilmiştir?

Ökaryotik $DNA$ replikasyonu sırasında replikasyon çatalının stabilitesi ve ilerleyişi, prokaryotik sistemlerden farklı yapısal ve fonksiyonel özelliklere sahip protein kompleksleri tarafından kontrol edilir. Ökaryotik replikasyon çatalında görev alan proteinler ve özellikleri ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi yanlıştır?

Klinik viroloji laboratuvarlarında, bir hastadan alınan tek bir solunum yolu sürüntüsü örneğinde İnfluenza, RSV ve SARS-CoV-2 gibi farklı virüslerin varlığını eş zamanlı olarak araştırmak amacıyla; reaksiyon karışımına her bir hedef gen bölgesi için özgül farklı primer çiftlerinin eklendiği PCR yöntemi aşağıdakilerden hangisidir?

Transforme edici büyüme faktörü-$\beta$ (TGF-$\beta$), hücre proliferasyonunu denetleyen ve özellikle epitelyal kökenli hücrelerde antitümöral etkinlik gösteren önemli bir sitokindir. TGF-$\beta$ sinyal iletimi; serin/treonin kinaz aktivitesine sahip reseptörlerin aktivasyonu ve ardından Smad proteinlerinin fosforilasyonu ile gerçekleşir. Çekirdeğe transloke olan Smad kompleksleri, hücre döngüsünü G1 fazında durduran spesifik genlerin transkripsiyonunu indükler.

Buna göre, TGF-$\beta$ sinyal yolağı aktive olduğunda ekspresyonu artan ve doğrudan Siklin Bağımlı Kinaz 4 ve 6 (CDK4/6) enzimlerini inhibe ederek hücreyi G1 fazında tutan protein aşağıdakilerden hangisidir?

Nükleik asitlerin yapı taşları olan nükleotidler; bir azotlu baz, bir pentoz şekeri ve bir fosfat grubundan meydana gelir. Bu yapıda, nükleozid (baz + şeker) birimine fosfat grubunun eklenmesiyle nükleotit oluşur. Buna göre, standart bir nükleotit molekülünde fosfat grubunun pentoz şekerine bağlandığı karbon atomu aşağıdakilerden hangisidir?

Ökaryotik hücrelerde nükleus içerisinde gerçekleşen transkripsiyon sürecinde, protein sentezi için kalıp görevi gören mesajcı RNA ($mRNA$) öncüllerinin ($hnRNA$) sentezinden sorumlu olan ve $\alpha$-amanitin toksinine karşı en yüksek duyarlılığı göstererek düşük konsantrasyonlarda ($10^{-8}$ M) inhibe olan enzim aşağıdakilerden hangisidir?

Ökaryotik hücrelerde gen ifadesinin düzenlenmesinde görev alan transkripsiyon faktörlerinin yapısal motifleri, protein-protein etkileşimi ve DNA'ya bağlanma yeteneklerini belirler. Bu motiflerden biri olan 'lösin fermuar' (leucine zipper) motifi ile ilgili aşağıdaki ifadelerden hangisi doğrudur?

Klinik bir laboratuvarda, $RNA$ genomu taşıyan bir virüsün (örneğin İnfluenza veya $SARS-CoV-2$) tanısını koymak amacıyla moleküler bir test planlanmaktadır. Standart $PCR$ (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) yöntemi doğrudan $DNA$ kalıbı gerektirdiği için, virüse ait $RNA$ moleküllerinin amplifikasyon öncesinde bir $DNA$ kopyasına dönüştürülmesi gerekmektedir.

Bu dönüşüm işlemini gerçekleştiren enzim ve kullanılan moleküler teknik aşağıdakilerin hangisinde doğru olarak verilmiştir?

Ökaryotik hücrelerde genomik DNA, histon proteinleri ile birleşerek nükleozom adı verilen temel paketleme birimlerini oluşturur. Nükleozomun yapısal organizasyonu ve DNA ile proteinler arasındaki etkileşimlerin doğası düşünüldüğünde, aşağıdakilerden hangisi doğrudur?